El Estado colombiano, al entrar en la era de las negociaciones de tratados de libre comercio (TLC), se ha visto conminado a realizar “todos los esfuerzos racionales” para adherir a varios instrumentos internacionales relacionados con derechos de propiedad industrial. En este sentido, la aprobación del Tratado de Budapest, para el depósito internacional de microorganismos a fines de trámites de patentes, constituye, en principio, una herramienta para facilitar el trámite de solicitud de patentes que versen sobre un producto o un procedimiento relativo a un material biológico. No obstante lo anterior, en ningún momento se analizó la compatibilidad del contenido del Tratado de Budapest con relación al régimen de propiedad industrial aplicable en Colombia en conexión con la normativa de acceso a recursos genéticos, pues ese instrumento internacional consolida una herramienta para evadir las imposiciones relacionadas con la celebración de contratos de acceso, lo cual lleva al no cumplimiento del principio de repartición justa y equitativa de beneficios económicos derivados de la explotación de recursos genéticos. En estas condiciones, la aprobación del Tratado de Budapest configura una incompatibilidad con la legislación de propiedad industrial aplicable en Colombia, esto es, la Decisión Andina 486 de 2000, situación que podría dar origen a la imposición de sanciones económicas al Estado colombiano por parte del Tribunal Andino de Justicia.Abstract. The Republic of Colombia, at entering into the era of negotiations of free trade agreements (FTAs), has been confined to make "all reasonable efforts" to sign to various international instruments relating to intellectual property rights. In this sense, the adoption of the Budapest Treaty for the International Deposit of Microorganisms for the purposes of patent procedure, configure at first sight, a tool to simplify the patent applications related to a product or a process obtained from a biological material. Notwithstanding the foregoing, the Government of Colombia had never analyzed the compatibility of the content of the Budapest Treaty regarding the industrial property legislation applicable in Colombia in connection with the regulation of access to genetic resources, skipping the fact that this international instrument consolidates a tool to avoidthe legal imposition of entering into a contract with the state, in compliance with the genetic resources access legislation,in observance of the principle denominated as the fair and equitable sharing of economic benefits derived from the commercialization of genetic resources. Under these conditions, the adoption of the Budapest Treaty may setan incompatibility with the industrial property legislation applicable in Colombia, that is, the Andean Decision 486 of 2000.