Una de las metas principales de la biología es descubrir los principios fundamentales que determinan la estructura y función de las células y los microorganismos. En este sentido, los proyectos de secuenciación a gran escala no solo han proveído la información de genomas completos de un gran número de organismos, sino, que han permitido el desarrollo de bases de datos que integran rutas metabólicas asociadas a su información genética, las cuales proveen la conectividad especifica de mapas metabólicos, así como otro tipo de redes celulares. En el presente trabajo empleó la teoría de grafos para analizar la reconstrucción de redes metabólicas de tres metatranscriptomas obtenidos de muestras de suelo rizosférico de Solanum phureja, bajo condiciones de manejo orgánico en tres diferentes estados fenológicos (emergencia, aporque y floración). A las redes reconstruidas se les realizó un análisis topológico para describir sus características estructurales, encontrándose un omportamiento de escala libre. En cuanto a la composición taxonómica, se encontró diferenciación entre los estados fenológicos a nivel de género especialmente en emergencia y, siendo menos o en algunos casos tendiente a desaparecer entre aporque y floración. A nivel funcional el metabolismo de Carbohidratos, Aminoácidos, Lípidos y Biosíntesis de Vitaminas fueron los que presentaron el mayor porcentaje de funciones enzimáticas asociadas, no obstante, los patrones observados a nivel funcional fueron muy globales y homogéneos entre los tres metatranscriptomas.Abstract One of the most important goal in biology is to uncover the fundamental design principles that provide the common underlying structure and function in all cells and microorganisms. In this sense, large-scale sequencing projects have not only provided complete sequence information for a number of genomes, but also allowed the development of integrated pathway genome databases that provide organism specific connectivity maps of metabolic and, to a lesser extent, other cellular networks. Here, we use graph theory to analyze metabolic network reconstruction of three metatranscriptomics from rhizosphere of Solanum phureja, under organic management at three time points corresponding to distinct stages of plant development (seedling, hilling and flowering) The reconstructed networks were analyzed topologically to describe their structural characteristics, being found a scale free behaviour. Regarding to taxonomic composition, it was observed that the rhizosphere microbial communities varied with plant development and that microbial communities in early plant development were more distinct to the hilling and flowering and that this difference decreased with plant age. The metabolism of carbohydrates, amino acids, lipids and biosynthesis of vitamins were those with the highest percentage of enzymatic functions associated, however, the observed patterns at functional level were global and homogeneous among the three metatranscriptomics.