Objetivo Priorizar los grupos de enfermedades, población y métodos de análisis en salud pública según las preferencias de los actores de la red de conocimiento del Observatorio Nacional de Salud.Método Se utilizó el método de Análisis Conjunto (AC), que consiste en la construcción de un modelo factorial completo tomando una muestra aleatoria de sujetos que deben, según un orden de importancia pre-establecido, identificar las preferencias delos atributos de determinado constructo. Los actores de la red de conocimiento que participaron fueron profesionales de universidades públicas, miembros de EPS, IPS, secretarias de salud departamental, organizaciones sin ánimo de lucro enfocadas ensalud, centros de investigación especializados, de alcaldías, y corporaciones.Resultados Los grupos de enfermedades prioritarios fueron: trastornos mentales y del comportamiento (13,8 %), enfermedades cardiovasculares y circulatorias (13 %), neoplasmas (10 %) Diarrea, infecciones respiratorias, meningitis y otras enfermedadesinfecciosas comunes (6,7 %) y deficiencias nutricionales (6,3 %). Los criterios de priorización preferidos fueron la carga de enfermedad derivada y la dinámica epidemiológica del alto impacto. La información prioritaria de análisis fue la de determinantessociales. El grupo poblacional de mayor preferencia fue la población general.Conclusiones Se evidenció que los participantes perciben como prioritarias tanto las enfermedades crónicas como infecciosas concordante con la transición epidemiológica del país. La prioridad más sentida del sistema sanitario colombiano es la construcciónde capacidad del recurso humano y el fortalecimiento delObjective To prioritize diseases, population and methods of analysis in public health according to the preferences of the stakeholders of the knowledge network of the NationalHealth Observatory.Method The Conjoint Analysis methodology (AC) was used; it consists on the construction of a complete factorial model taking a random sample of subjects that must identify the preferences of the attributes of a given construct according to a pre-establishedorder of importance. The stakeholders of the knowledge network who participated were professionals from public universities, members of health promotion entities, health provision services, health departments, non-profit health organizations, specialized research centers, mayor’s offices, and corporations.Results The groups of priority diseases were mental and behavioral disorders (13.8 %), cardiovascular and circulatory diseases (13 %), neoplasms (10 %), diarrhea, respiratory infections, meningitis and other common infectious diseases (6.7 %), and nutritional deficiencies (6.3 %). The preferred prioritization criteria were the burden of disease and high-impact epidemiological dynamics. The analysis of priority information was the analysis of social determinants. The most preferred population was the general population.Conclusions Participants perceive both chronic and infectious diseases as a priority, which is consistent with the epidemiologicaltransition of the country. The priority for the Colombian health system is to strengthen the capacity of human resourcesand the surveillance system in different areas to have a better decision-making process in relation to public health.