Objetivo Identificar los principales objetivos y énfasis de los proyectos de investigación en malaria financiada por Colciencias entre 1995 y 2005.Métodos Para la identificación del énfasis de los proyectos de investigación en malaria se utilizó el sistema de clasificación en investigación en salud desarrollado por la Colaboración de Investigación Clínica de Gran Bretaña: “Health Research Classification System” (HRCS).Resultados Se encontró que la investigación en malaria durante este periodo tiene énfasis en determinantes y causas, las principales ciudades beneficiadas con la financiación de proyectos de investigación en malaria son instituciones pertenecientes a Bogotá, Medellín y Cali.Conclusiones Estos proyectos permitieron el fortalecimiento en núcleos de investigación en malaria en las líneas de biología molecular, producción de vacunas, identificación de resistencia a antimaláricos y estudios relacionados con el cambio climático; algunos de sus resultados con capacidad de afectar políticas en malaria y formación de recurso humano.Objective To identify the main focus of research projects on malaria funded by Colciencias between 1995 and 2005.Methodology The Health Research Classification System (HRCS), developed by The UK Clinical Research Collaboration (UKCRC), was used for identifying the emphasis of research works on Malaria.Results During this period, research on malaria was mainly directed to etiology; the main cities benefited by the funding of research projects on malaria are institutions from Bogotá, Medellín and Cali.Conclusions These type of projects improve the strengthening of malaria research centers in areas such as molecular biology, production of vaccines, identification of resistance to antimalarial treatment, and climate change; some of the results obtained can affect policies and training of human resources on malaria.