El maracuyá amarillo es un cultivo de importancia económica para el Valle del Cauca, pero en los últimos años ha presentado una reducción de hasta un 80% en la producción debido a problemas virales. El objetivo de este estudio fue detectar y caracterizar molecularmente un Begomovirus que está afectando cultivos de maracuyá amarillo localizados en dos zonas del Valle del Cauca, La Unión y Palmira. Se colectaron hojas de maracuyá con síntomas típicos de enfermedad viral, se purificó su DNA genómico y se identificó la presencia de Begomovirus bipartitas mediante PCR empleando cebadores degenerados. Cuatro genomas virales parciales obtenidos de muestras vegetales colectadas en La Unión y Palmira fueron clonados, secuenciados y analizados. El análisis de secuencia del Begomovirus que está afectando maracuyá amarillo en Colombia con otros reportados en la base de datos, indica que éste es un  Begomovirus bipartita nuevo que tiene una relación cercana con un Begomovirus aislado de frijol y no tiene ninguna relación con Passionfruit severe leaf distortion virus, un Begomovirus reportado previamente afectando maracuyá amarillo en Brasil. Para nuestro conocimiento, este es el primer reporte de un nuevo Begomovirus bipartita que afecta maracuyá amarillo en Colombia y es diferente de otros Begomovirus previamente reportados a nivel mundial afectando este cultivo.The yellow passion fruit is a crop of economic importance to the Valle del Cauca, but in recent years has been a reduction of up to 80% in production due to viral problems. The aim of this study was to detect and characterize partially begomovirus that could be affecting crops of yellow passionfruit located in two growing areas of the Valle del Cauca (La Union and Palmira). Passionfruit leaves with typical symptoms of viral disease were collected, purified genomic DNA and its bipartite begomovirus were detected by PCR using primers specific for component A and B, respectively. Five DNA fragments corresponding to geminiviral A and B genome were cloned, sequenced and analyzed with bioinformatics tools. The results show for the first time in Colombia the presence of a begomovirus in yellow passionfruit. The analysis of the nucleotide sequences indicates that this begomovirus is more related to bean BDMV, a geminivirus affecting beans in Colombia, not PSLDV, which was reported affecting yellow passionfruit in Brazil. To date, this result would be the first report of a begomovirus (belonging to the family Geminiviridae) affecting yellow passion fruit in Colombia, and that might be different from other begomovirus previously reported worldwide affecting this crop.Key words: Geminivirus; Passiflora edulis f. flavicarpa; PSLDV.