El presente artículo pretende mostrar cuáles son los principales retos o desafíos que enfrentan los micro y pequeños empresarios de las ciudades de Bogotá y Medellín, así como el grado de cumplimiento de los doce pilares de competitividad e innovación que contempla el Foro Económico Mundial para analizar la competitividad de las naciones. Mediante un cuestionario estructurado que se aplicó a una muestra de micro y pequeños empresarios, así como a expertos académicos de las ciudades en mención se conoció la percepción que tienen los actores encuestados tanto en el nivel de cumplimiento de los pilares indagados, como los principales retos o desafíos que manifiestan para mejorar la competitividad e innovación en las mipymes de las ciudades objeto de estudio. Con la información obtenida se procedió a contrastar los resultados entre las ciudades y proponer alternativas para mejorar el actual escenario.