La obra titulada La batalla de los siglos. Estado, Iglesia y religión en Colombia en el siglo xix. De la Independencia a la Regeneración del profesor José David Cortés Guerrero, constituye un exhaustivo análisis y una nueva lectura de las relaciones Estado-Iglesia en Colombia durante el siglo xix. El libro se encuentra compuesto por una introducción, cinco partes y las conclusiones. En el capítulo introductorio, Cortés explica cómo el Estado y la Iglesia se reconformaron desde la Independencia hasta la Regeneración a medida que fueron presentándose nuevas realidades políticas, ideológicas, económicas y culturales que influyeron en la Iglesia Católica. Desarrolla las cinco partes de su obra partir de seis hipótesis. La primera tiene que ver con las interpretaciones que elaboraron los historiadores liberales y conservadores del siglo xix sobre la Iglesia, el Estado y la religión, las cuales para Cortés aún no han sido superadas por los historiadores contemporáneos. La segunda, muy cercana a la primera, hace referencia a la periodicidad de los hitos fundacionales elaborados por los historiadores decimonónicos. La tercera muestra la imposibilidad de entender el Estado y la Iglesia sin profundizar en el patronato republicano y la aceptación de la independencia por parte de la Santa Sede. La cuarta argumenta que el naciente Estado, al querer ser moderno, se enfrentó a un mundo tradicional en el que la Iglesia jugaba un papel primordial en el control sociopolítico y económico. La quinta muestra el papel de la religión. Según Cortés, los procesos de la romanización y el ultramontanismo, entre otros, contradicen la interpretación de que en el siglo xix la religión fue desplazada de su función de fuente de identidad y de sentimiento. La sexta argumenta que existe una conexión entre los procesos históricos internos de Colombia y los que sucedían en Occidente.