Moniliophthora perniciosa, agente causante de la ‘escoba de bruja’ en cacao (Theobroma cacao), presenta una elevada variabilidad genética y discrepancias en su taxonomía y es una de las enfermedades más importantes en plantaciones cacaoteras que ocasiona pérdidas económicas a nivel mundial cercanas a 70%, y de 40% a nivel nacional. La caracterización de la diversidad genética de los biotipos es importante para la ejecución de proyectos encaminados al manejo de este patógeno y el desarrollo de materiales resistentes de cacao. En este estudio se analizaron 12 aislamientos del hongo obtenidos de diferentes materiales de cacao. Cada una de las muestras se evaluó con marcadores moleculares que tienen como blanco una región del ADN ribosomal (ADNr) nuclear conocida como ITS (Internal Transcribed Spacer), una región intergénica (IGS-1) y cinco secuencias simples repetidas (SSR). El marcador IGS-1 permitió la determinación del biotipo C, no obstante se encontró una variabilidad genética evidente dentro de este biotipo, aún no registrada. El análisis de la diversidad genética de M. perniciosa por medio de marcadores microsatélite arrojó un valor total de 0.4260, una heterocigosidad total de alto para los aislamientos estudiados y que estiman la variabilidad genética presente en M. perniciosa.Moniliophthora perniciosa, the founder agent of the ‘witch’s broom’ on cocoa (Theobroma cacao L.) is one of the most important diseases in cocoa plantations, causing economic losses close to 70% worldwide and 40% nationwide. It shows a high genetic variability and discrepancies in its taxonomy. Characterization of the genetic diversity of biotypes is important for projects aimed towards the handling of this pathogen and the development of resistant cocoa materials. Twelve isolations of the fungus were analyzed in this study from different cocoa material. Each sample was evaluated with molecular markers directed towards a nuclear ribosomal DNA (rDNA) region known as ITS (Internal Transcribed Spacer), an intergenic region (IGS-1), and five simple sequence repeats (SSR). The IGS-1 allowed the determination of biotype C, however, an evident genetic variability was found within this biotype that has not been yet reported. The genetic diversity analysis of M. perniciosa by microsatellite markers gave a total value of 0.4260, a total heterozygosity of 0.6143, and a polymorphism information content (PIC) of 0.3407; these values are considered to be within a medium to high range for the studied isolations, and are an estimation of the genetic variability present in M. perniciosa.