Los plaguicidas son los contaminantes de origen antrópico con mayor frecuencia de aplicación en los ambientes naturales. Una vez en el ambiente, factores naturales como la biodegradación, la fotodegradación y la hidrólisis química disminuyen su persistencia y por lo tanto su ecotoxicidad. Sin embargo, algunos productos de transformación pueden tener mayor potencial de bioacumulación y de toxicidad que los compuestos parentales. Por lo anterior, el conocimiento de los procesos de degradación en el ambiente es determinante en los estudios de la dinámica de los plaguicidas en la fase ambiental y su impacto sobre los ecosistemas acuáticos y terrestres. Esta revisión pretende mostrar la influencia de los procesos de degradación natural sobre la persistencia de los plaguicidas, su ecotoxicidad y su dinámica. Además, pretende complementar el conocimiento de la aplicación de los procesos de degradación de plaguicidas, en el tratamiento de las aguas contaminadas. Mientras algunas metodologías en los procesos de biodegradación han aplicado la manipulación genética de microorganismos, en la fotodegradación se han aplicado tecnologías avanzadas de oxidación (TAOs) en el tratamiento de aguas contaminadas con plaguicidas.