El presente artículo desarrolla una propuesta de diálogo interdisciplinar a través del uso de herramientas SIG (Sistemas de Información Geográfica) para la construcción de una metodología de identificación del Potencial de Restauración Ecológica (PRE), en áreas de borde urbano que hacen parte de la Estructura Ecológica Principal de Bogotá, según el ordenamiento territorial. Estas áreas suscriben problemáticas socio ambientales particulares propias de la interacción entre naturaleza y cultura. En tal sentido, se describen los pasos metodológicos para la identificación del PRE: caracterización biótica, física y social; identificación y espacialización de variables; ponderación y cruces para el cálculo del potencial final. Luego se discute sobre los alcances y limitaciones del uso de herramientas SIG como posibilidad metodológica para la interacción entre disciplinas como la biología, la geografía física y la sociología durante el proceso de restauración ecológica.