Se estudió la distribución de las diatomeas en un río de alta montaña de la cordilleraoriental de los Andes colombianos durante diciembre de 2006 a octubre 2007, medianteel análisis de la comunidad asociada a los coriotopos hojarasca, tronco y roca en trespuntos del sector medio del río Tota (Boyacá, Colombia). El objetivo fue establecerla estructura de las diatomeas bénticas y los factores ambientales que la determinanen diferentes tramos y sustratos ubicados a lo largo de un gradiente longitudinal. Seanalizó la composición y se contrastó a partir de pruebas de comparación múltiple,ANOVA y análisis de ordenación. Solo el caudal y la temperatura del agua secomportaron de manera sincrónica con la variación hidroclimática, mientras que elpH y la concentración de nutrientes respondieron de manera particular. Durante laépoca de bajo caudal se observó la dominancia de Melosira varians en la parte altadel río, mientras que en los tramos de zonas mas bajas se registró la dominancia deRhoicosphenia abbreviata. En la temporada de altos caudales en las tres estacionesRhoicosphenia abbreviata fue el taxón dominante. Estacionalmente se midió unincremento en la diversidad, con mayores valores en la temporada de aguas altas.Los tramos presentaron respuesta diferencial a la acción del caudal, siendo el tramoTota el menos infl uenciado, mientras que el tramo Iza se relacionó positivamentecon esta variable. Las diatomeas asociadas a los diferentes coriotopos no presentarondiferencias en diversidad o composición. El río Tota es un sistema de diversidad baja,con leves variaciones longitudinales y entre coriotopos y la comunidad de diatomeasresponde a la variación estacional hidrológica y a los gradientes en los nutrientes.