Se realizó un reconocimiento taxonómico y estimación de la densidad en el ensamblaje de rotíferos en el lago Largo, del sistema de lagos Yahuarcaca, en la ribera colombiana del río Amazonas, a partir de muestreos en las fases hidrológicas de aguas bajas, ascenso y descenso. Se identificaron 68 especies, 28 de ellas son nuevos registros para ambientes colombianos. Se encontró aumento en la riqueza en las épocas de ascenso y descenso, siendo mayor en la zona litoral respecto de la limnética, y la tendencia a mayor similitud taxonómica entre ambas zonas en el periodo de aguas bajas, debido al mínimo desarrollo de macrófitas en esta fase y la consecuente menor heterogeneidad espacial. Se observó el predominio de rotíferos con trofi adaptados para moler y triturar partículas (maleado y maleorramado) en las épocas de aguas bajas (Brachionus ahlstromi) y descenso (Filina saltator) y en la época de ascenso de Polyarthra vulgaris, con trofi adaptado para perforar y succionar fluidos de algas y otros organismos (virgado) y apéndices que favorecen la rápida natación. En general, se establecieron posibles relaciones entre la riqueza y la densidad de rotíferos con cambios en características como el desarrollo de vegetación acuática en el litoral, profundidad del lago, nivel de conectividad con los otros lagos del sistema Yahuarcaca, influencia de aguas blancas del Amazonas y negras de origen local, potenciales recursos nutricionales y depredadores, y posible efecto de arrastre por la corriente.