Sin duda una de las prácticas más delicadas y difíciles con que tropieza el agricultor consciente, es la adecuada y perfecta poda de sus árboles, abundando los diversos sistemas preconizados tanto para árboles frutales como para el café y el cacao. Todos o casi todos los sistemas tienden a abarcar dos puntos principales; la mayor producción en cantidad y calidad aceptable sin debilitamiento de la planta y la búsqueda de economía en su ejecución. Sus principios, normas, implementos, épocas y demás factores varían con la planta y los puntos de vista del preconizador de los diferentes sistemas, pero todos están acordes en cuanto a la necesidad de proteger los cortes hechos durante las prácticas. De la misma manera como los animales están sujetos a adquirir infecciones por las heridas o desgarramientos de su piel, las plantas también lo están por la infección al practicar cortes en sus ramas o simplemente al través de los desperfectos y desgarraduras en sus tejidos protectores, la corteza de las ramas, tallos y raíces.