Objetivo Analizar el proceso de toma de decisión en asuntos de salud pública en el contexto del Sistema General de Seguridad Social en Salud Colombiano, el cual está fundamentado en el enfoque de economía de mercado.Metodología Se utilizó la Teoría Fundamentada como método de investigación cualitativa. El estudio se realizó en seis ciudades colombianas (Bogotá, Barranquilla, Bucaramanga, Leticia, Medellín y Pasto) en el 2012 y 2013. Se entrevistaron 120 profesionales de la salud involucrados en procesos de toma de decisiones de nivel directivo y operativo, de vigilancia y control en salud pública, de instituciones públicas y privadas. También se realizaron 14 grupos focales con líderes comunitarios.Resultados Los hallazgos sugieren que hay una débil capacidad de rectoría y una inefectiva gobernanza por parte de las autoridades de salud nacional y municipal en los asuntos de salud pública, lo cual se relaciona con la falta de personal idóneo en este campo. Esto a su vez se articula con la interferencia de los partidos políticos y los intereses particulares de aseguradoras privadas, la fragmentación estructural de las funciones y actores en el sistema de salud, lo que limita la gestión y el desarrollo de la salud pública.Conclusiones Para lograr una cooperación entre los actores del SGSSS, es decir una gobernanza efectiva, se requiere de una nueva axiología que supere los asuntos de competencia y ánimo de lucro que predominan en el sistema.