Las amenazas sobre las poblaciones naturales de musgos y líquenes se evaluaron con baseen particularidades de sus rasgos corológicos, en la calidad del hábitat y en las posibilidadesde transformación y aún de desaparición de porciones considerables del espacio físicoen las regiones naturales de Colombia. En la categorización del riesgo-amenaza, sesiguieron parcialmente los lineamientos metodológicos de la Unión Internacional parala Conservación de la Naturaleza (UICN) incluyendo las categorías en peligro crítico(CR), en alto riesgo de extinción (EN), vulnerable (VU) y casi amenazado (NT). Losresultados de esta aproximación inicial permitieron calificar bajo algún tipo de amenazaen sus poblaciones naturales a 388 especies de 145 géneros y 46 familias de musgos;Pottiaceae y Pilotrichaceae son las familias que tienen especies amenazadas en la mayoríade las regiones naturales y en los ramales cordilleranos. Según categorías de amenaza, enpeligro crítico (CR) se calificaron a 125 especies; en peligro (EN) a 21, como vulnerables(VU) se calificaron a 173 especies y en la condición casi amenazado (NT) a 69 especies.Sphagnaceae, Pilotrichaceae, Orthotrichaceae y Pottiaceae presentaron especies en todaslas categorías de amenaza. En la Amazonia hay 24 especies de musgos con algún tipo deamenazas y la categoría con mayor representación es vulnerable (VU) con doce especies;en el Chocó biogeográfico 15 especies sufren algún tipo de amenaza y la categoría conmayor significancia es vulnerable (VU) con siete especies. En la región Caribe, en elmacizo montañoso de la Sierra Nevada de Santa Marta 15 especies figuraron comoamenazadas y la condición más frecuente fue en estado crítico (CR) con ocho especies.En el sistema montañoso (gradiente cordillerano) se calificaron a 285 especies bajo algúntipo de amenaza; Pottiaceae, Pilotrichaceae, Sematophyllaceae e Hypnaceae presentaronespecies amenazadas a lo largo del gradiente altitudinal. En Colombia bajo algún tipo deamenaza en sus poblaciones naturales se calificaron a 841 especies de líquenes de 201géneros y 64 familias, Parmeliaceae es la única familia con especies amenazadas en lamayoría de las regiones naturales y en los ramales cordilleranos. Según categorías deamenazas se calificaron a 432 especies en peligro crítico (CR); en peligro (EN) a 180,como vulnerables (VU) a 159 especies y en la condición casi amenazado (NT) figuran69 especies. Parmeliaceae, Graphidaceae, Physciaceae y Thelotremataceae presentaronespecies en todas las categorías de amenazas. En la Amazonia se calificaron a 112 especiesde líquenes bajo algún tipo de amenaza; en la categoría en peligro (EN) se encontraron a 41 especies; en el Chocó biogeográfico aparecen 44especies con algún tipo de amenazay la categoría con mayor significancia es en peligro (EN) con 19 especies. En el Caribeen la zona de planicies se presentaron 15 especies amenazadas y en la Sierra Nevada de Santa Marta 14, la categoría con mayor significancia es crítico (CR) con 13 especies.En el sistema andino (gradiente cordillerano) se calificaron 541 especies bajo algún tipode amenaza; las familias Parmeliaceae, Thelotremataceae, Pyrenulaceae, Lecideaceae yLobariaceae tienen especies amenazadas a lo largo del gradiente altitudinal