Para el sistema cenagoso ciénaga Grande del Bajo Sinú, ciénaga de Ayapel y elcomplejo cenagoso de Arcial-El Porro-Cintura, departamento de Córdoba, Colombia,registramos 44 especies de reptiles distribuidas en 16 familias. Las familias másdiversas fueron Colubridae (Serpentes) y Polychrotidae (Sauria). El humedal conmayor diversidad Alfa fue el complejo cenagoso de Arcial-El Porro-Cintura con 37especies, seguido de Ayapel con 27 y la Ciénaga Grande del Bajo Sinú con 25. Lascurvas de acumulación de especies y los estimadores no paramétricos, ICE y Chao 2,indicaron un inventario representativo para la Ciénaga Grande del Bajo Sinú y Ayapely un leve submuestreo para el complejo cenagoso de Arcial-El Porro-Cintura (APC).Se evidenció un bajo grado de complementariedad entre las ciénagas. Concluimos queel complejo cenagoso APC es un área prioritaria para conservación dado que soportaalta riqueza y un alto número de especies únicas y raras; sin embargo, es necesariogenerar planes de manejo y conservación en las tres ciénagas si se desea mantener unaalta diversidad beta y asegurar la representatividad de los reptiles en los humedalesde la planicie del departamento de Córdoba.