Este artículo analiza las principales implicaciones que el nuevo contexto histórico y, en especial, la constitución de mercados o cuasimercados de educación superior, tienen para el análisis organizacional de universidades.Para ello revisa, primero, la discusión actual en torno a las teorías neoinstitucionalistas en el estudio de las organizaciones, usando la perspectiva de la elección racional como medio de contraste. Luego, analiza las implicancias teóricas de la creación de mercados o cuasi mercados en el nivel educativo terciario. Finalmente, plantea una serie de hipótesis tendientes a incrementar la viabilidad del análisis de organizaciones universitarias desde una perspectiva neoinstitucional.