En Cucurbitas, se presenta una gama de variantes para el color de la semilla: desde blanco al café, que pueden tener significado evolutivo y de distribución geográfica. Se evaluó la variabilidad en la semilla de 295 introducciones de Cucurbita moschata Duch., y 99 de Cucurbita argyrosperma subsp. sororia, todas procedentes de semillas a libre polinización. El análisis de conglomerados evidenció 11 grupos para cada una de las especies, las cuales expresaron alta variabilidad entre y dentro de las introducciones para los caracteres en estudio: porcentaje de extracto etéreo en semilla (EE), peso de semilla por fruto (PSPF) y número de frutos por planta (NFP). En C. moschata, dos grupos (5 y 9) se destacaron por presentar altos promedios para producción por planta (PPL), peso de semilla por fruto (PSPF) y extracto etéreo por planta (EEPP), con coeficientes de variación (CV) entre 52% y 93%. En C. argyrosperma subsp. sororia, se destacaron para mismos caracteres los grupos 5 y 11, con un CV entre 53 y 79%. Los elevados coeficientes de variación evidenciaron amplia variabilidad, entre y dentro de introducciones, para los caracteres de importancia agronómica y agroindustrial. Teniendo en cuenta el análisis de agrupamiento y el índice de selección ponderado (ISP) se seleccionaron las seis mejores introducciones en cada especie.