Los gases de efecto invernadero (GEI), entre ellos el CO2 y el CH4, emitidos desde la superficie terrestre hacia la atmósfera a partir de fuentes naturales y antrópicas son considerados como una prioridad por sus efectos en el calentamiento global. En 2001 el Panel Intergubernamental de Cambio Climático (IPCC) enfocó sus estudios en el análisis de estos gases producidos por fuentes antrópicas, mientras que para las emisiones de origen natural quedan muchas dudas que impiden modelar de una forma acertada la dinámica del carbono a nivel terrestre. En efecto, en los balances globales de carbono presentados por el IPCC, los únicos ecosistemas acuáticos considerados son los ríos, que se comportan como drenajes naturales de carbono orgánico e inorgánico que corren desde los continentes hacia el océano, subestimando el aporte de otros ecosistemas acuáticos como lagos, embalses, ciénagas y zonas húmedas, capaces de almacenar o emitir gran cantidad de carbono en forma de CO2 y CH4. Las incertidumbres en relación con las emisiones de origen natural que tienen lugar en diferentes cuerpos de agua continentales, están ligadas principalmente al desconocimiento del comportamiento de la actividad primaria, así como de los procesos de aporte y degradación de materia orgánica (alóctona y autóctona), que a su vez son condicionados por factores de origen climático, ciclo hidrológico y, para el caso concreto de la Amazonia, de las dinámicas de los bosques inundables. Esta debilidad hace que la cuantificación de los aportes de CO2 y CH4 hacia la atmósfera, generados a partir de estos ecosistemas acuáticos, sea aún incierta. Este trabajo tuvo como objetivo analizar la dinámica de las emisiones de CO2 y CH4 en los lagos del Yahuarcaca en términos de flujos difusivos (entre el espejo de agua y la atmósfera), flujos de ebullición (CH4 generado en los sedimentos) y concentraciones de gases en el cuerpo de agua.