Hasta hace muy poco, la energía hidroeléctrica comparada con las energías térmicas era considerada como una energía limpia desde el punto de vista de los gases de efecto invernadero (GEI). Ahora, la construcción y la explotación de sistemas de embalses se enmarcan en el contexto de una importante modificación de uso del suelo a causa de una actividad que es básicamente antrópica. En efecto, las barreras de estos sistemas modifican la distribución de los ecosistemas al transformar un ecosistema fluvial y terrestre en uno acuático lacustre. Los flujos resultantes de los GEI, como el dióxido de carbono (CO2) y el metano (CH4), entre las superficies continentales, las aguas continentales y la atmósfera son completamente modificados: se suprime la absorción de CO2 por la vegetación continental (deforestación y muerte de árboles ahogados, eliminación de la vegetación del fondo del reservorio), la materia orgánica (M.O.) presente en los suelos ahogados es mineralizada siguiendo nuevas dinámicas (por ejemplo, mineralización anaerobia) generando GEI que son emitidos hacia la atmósfera y, finalmente, la M.O. particular que es transportada por los ríos desde los continentes hacia los océanos es atrapada por las barreras de los embalses. A lo largo de la última década, las retenciones de estos sistemas han sido identificados como fuentes de CO2 y CH4 para la atmósfera, bien sea en zona boreal, intermedia o tropical (Abril et al., 2005 y Tremblay y Bastien, 2009). A escala global, los embalses contribuyen entre un 4% y 12% de emisiones de origen antrópico de CO2 y CH4 respectivamente. Un 90% de estas emisiones de CH4 tendrían lugar en la región tropical (Lima et al., 2008). Estas estimaciones están basadas en un número limitado de datos adquiridos únicamente en embalses y represas tropicales de América del Sur, así como una estimación de superficies inundadas poco precisas (Downing et al., 2006). Diferentes estudios liderados por el Instituto de Investigación para el Desarrollo de Francia – IRD y la Universidad Nacional de Colombia sede Palmira han propuesto el análisis de las fuentes de carbono, así como los procesos físicos y biológicos que están al origen de las emisiones de GEI sobre diferentes sistemas de embalses de la zona tropical en Colombia. Nuestras experiencias en este dominio de la ciencia nos han permitido desarrollar y adaptar cada uno de los aspectos metodológicos que deben ser tenidos en cuenta para la cuantificación de emisiones de GEI con origen en estos tipos de ecosistemas y que ahora presentamos de manera sintetizada en este documento.