No existe una clasificación única y definitiva del género Capsicum. Varias investigaciones han contribuido al conocimiento en la diversidad genética de este género mediante caracteres morfológicos; sin embargo, la morfología floral en la diferenciación de especies de este género es poco efectiva (Pickersgill, 1980) y no permite diferenciar las especies C. annuum, C. chinense, C. frutescens (Palacios, 2007). El acompañamiento de técnicas de ADN polimórfico amplificado al azar (RAPD) ha permitido la identificación de genotipos y la formación de grupos con base en caracteres morfológicos y moleculares en Capsicum. La secuenciación y la bioinformática aplicada al campo de la taxonomía han proporcionado un modo de identificar especies más allá de los caracteres morfológicos, es así como surgen los códigos de barras (DNA Barcoding) que permiten la identificación de especies, mediante la utilización de una o más secuencias cortas de genes de una porción estandarizada del genoma.(Kress, 2005). Complementa los estudios morfológicos y puede facilitar la identificación taxonómica, la conservación y la gestión de recursos genéticos almacenados en bancos de germoplasma. En este estudio se evaluaron siete regiones loci cloroplásticas: AdhC, G3pdh, rpl32-trnL, ndhF-rpl32, 3’rps16–5’trnK(UUU), trnQ(UUG)-5’rps16, psbA-trnH y una región loci nuclear ITS4, ITS5A como posibles candidatos a la identificación del complejo Capsicum.