En Colombia, Cucurbita moschata es la especie domesticada de mayor importancia por su área de siembra, producción, versatilidad y consumo directo (Vallejo y Estrada, 2004). Como método de conservación, los bancos de ADN en plantas son el equivalente a las bibliotecas que contienen colecciones de alícuotas vegetales viables, con el propósito de mantener vivo este material y preservar sus características para el beneficio futuro de la humanidad y el medio ambiente (Painting et al., 1995). Actualmente para la autenticación de las especies conservadas existen limitaciones que no satisfacen las demandas complejas en el área. Los códigos de barras de ADN en plantas son una nueva herramienta biológica para la autenticación e identificación de especies, es una forma precisa, rápida y automatizada que utiliza un fragmento corto del ADN genómico, y ha sido ampliamente utilizado especialmente en la identificación de especies de plantas terrestres (Hebert et al., 2003). El objetivo principal de esta investigación es la formación de un banco de ADN en C. moschata y aplicación de un código de barras para su autenticación a través de ocho marcadores moleculares.