Antecedentes. Es importante mantener un control de la calidadmicrobiológica del agua utilizada en los procedimientosodontológicos.Objetivo. Evaluar la calidad bacteriológica del agua empleadaen las unidades odontológicas de una clínica universitaria enel oriente de Colombia.Materiales y métodos. Muestreo de seis unidadesodontológicas escogidas aleatoriamente que contaban consistema cerrado; de cada una de ellas se tomaron tres muestrasde instrumentos diferentes: pieza de mano de alta velocidad,jeringa triple y tanque. La técnica utilizada para el recuentobacteriológico fue filtración por membrana y la identificaciónde los microorganismos se realizó con pruebas bioquímicasrápidas Crystal BBL®.Resultados. La investigación reveló un alto grado decontaminación bacteriana que no cumple con los parámetrosmicrobiológicos establecidos en la Resolución 2115 de 2007y en la Norma Técnica Colombiana para agua potable. Seevidenció la presencia de Coliformes totales en un 94,4%,Escherichia coli en un 16,6% y Enterococcus spp. en un88,8% de las 18 muestras analizadas. Los recuentos deColiformes totales, Escherichia coli y Enterococcus spp. pormedio de UFC/100mL no mostraron diferencias estadísticasen los tres instrumentos analizados P=0,927, P=0,996 yP=0,0396 (Kruskal-Wallis). Adicionalmente se identificóPseudomonas spp., microorganismo oportunista en pacientesinmunosuprimidos.Conclusiones. La clínica debe mejorar sus protocolos o adoptarotros, para así disminuir el riesgo de contraer cualquier tipode infección.