Las ardillas colombianas pertenecientes a la familia Sciuridae (género Sciurus) se encuentran ampliamente distribuidas en el país pero son escasos los estudios biológicos en relación a parámetros morfológicos, sistemáticos, biogeográficos y genéticos. Citogenéticamente a las ardillas colombianas, presentan un número cromosómico de 2n = 42 y variaciones citogenéticas en el par cromosómico 16 y 17 generando hasta 6 citotipos. La variación en los gradientes de coloración del manto de cada ejemplar diferenció dos morfotipos: Morfotipo A, de individuos con tonalidades rojizas, amarillas o agouti al dorso, sin banda negra y Morfotipo B, de individuos con banda negra al dorso. Las bandas Q y las bandas R permitieron detectar por primera vez características cromosómicas importantes como por ejemplo la ausencia de fluorescencia significativa mediante bandeo Q, en la totalidad del set cromosómico y patrones de inactivación no esperados en los brazos largos de los cromosomas 1, 2, 3, 4, 5, 9 y 17. Igualmente son descritas por vez primera las características citogenéticas en bandeo C y NOR, detectando señales positivas de heterocromatina centromérica aumentada en el brazo largo de los cromosomas 3, una inversión pericentromérica en los cromosomas 14 y señal intersticial de heterocromatina centromérica en el cromosoma 5. Las Regiones Organizadores Nucleorales se observaron en las zonas terminales de los cromosomas 1, 3, 4 y 20. El análisis comparativo entre las ardillas colombianas y la ardilla norteamericana Sciurus carolinensis, detectó una alta homeología entre ambas especies a nivel de citogenética convencional y de citogenética molecular – ZooFish. /Abstract Colombian squirrels are widely distributed in the country but there are few biological studies regarding morphological, systematic, biogeographic and genetic characteristics. Cytogenetically, Colombian squirrels, shows a diploid number of 42 and cytogenetic changes in pair 16 and 17 forming up to 6 cytotypes. Variation in color fur allows to establish two morphotypes: Morphotype A, with color fur between red, yellow or agouti but no black band on the back and Morphotype B, with color fur with black band on the back. For the first time, Q and R banding allows us to detect major chromosomal features such as the absence of significant fluorescence in the karyotype and unexpected entire chromosome inactivation patterns in long arms of chromosomes 1, 2, 3, 4, 5, 9 and 17. It’s also first described positive signals in C-band technique such an increased centromeric heterochromatin on the long arm of chromosome 3, a pericentromeric inversion in chromosome 14 and an interstitial centromeric heterochromatin signal on chromosome 5. Nucleorales Organizer Regions were observed in terminal arms of chromosomes 1, 3, 4 and 20. Comparative analysis between Colombian and North american squirrels (Sciurus carolinensis), shows a high homology between the two species at level of conventional and molecular cytogenetics – (ZooFish).