En el Tolima (Colombia) se sembraron 4088 hectáreas de algodón genéticamente modificado en el 2009. Con base en esta información y con el fin de fortalecer las medidas de bioseguridad que garanticen el uso seguro de los cultivos genéticamente modificados (CGM), se realizó un monitoreo del flujo de genes, con el objeto de detectar si existe flujo de transgenes vía semilla y polen desde variedades transgénicas hacia algodón convencional y/o individuos asilvestrados de algodón en la Agremiación Remolino S.A., en el municipio del Espinal (Tolima). El estudio se desarrolló en el primer semestre de 2010 y se muestrearon lotes cultivados con algodón convencional, zonas refugio de lotes cultivados con algodón transgénico e individuos de algodón asilvestrados. En cada lote se tomaron 9 puntos de muestreo, en donde se colectaron hojas y semillas de una planta individual. Para detectar el flujo de genes se utilizaron las técnicas de InmunostripTM, PCR y Elisa. Se analizaron 56 refugios (14,3%) y 27 lotes cultivados con algodón convencional (62,8%). Se encontró evidencia de flujo de genes vía semilla en 26 lotes cultivados con algodón convencional (96%) y en 45 refugios (80,4%). Se evidenció flujo de genes vía polen en 1 lote cultivado con algodón convencional y en 9 refugios. En todos los lotes cultivados con algodón convencional se evidenció flujo de genes, solo en 2 refugios y en los individuos asilvestrados no se evidenció ningún tipo de flujo de genes. / Abstract. In 2009, 4088 hectares of GM cotton in Tolima (Colombia) were planted. Based on this information and to strengthen biosecurity measures to ensure the safe use of genetically modified crops (GMC), we performed gene flow monitoring with a view to detecting seed and pollen mediated transgene flow from transgenic cotton varieties to conventional cotton varieties and/or wild species of cotton in the Remolino S.A. unionization, in the municipality of Espinal (Tolima). The study was realized in the first half of 2010 and sampled fields with conventional cotton, refuge areas of fields with transgenic cotton and one feral species. In each field were taken 9 sampling points, leaves and seeds were collected from a single plant. To detect gene flow were used InmunostripTM, PCR and ELISA techniques. 56 refuge (14.3%) and 27 fields with conventional cotton (62.8%) were analyzed. We found evidence of seed mediated gene flow in 26 fields with conventional cotton (96%) and in 45 refuges (80.4%). We were evidence of pollen mediated gene flow in 1 field with conventional cotton and 9 refuges. All fields cultivated with conventional cotton showed gene flow, only 2 refuges and feral species did not reveal any gene flow.