Atribución-NoComercial-SinDerivadas 4.0 InternacionalLópez Kleine, LilianaLópez Carrascal, Camilo ErnestoBastidas Pardo, Margelly Andrea2025-04-032025-04-032024https://repositorio.unal.edu.co/handle/unal/87830ilustraciones, diagramas, tablasLa inmunidad de las plantas depende del reconocimiento efectivo de los patógenos, lo que se logra a través de receptores proteicos especializados. Entre estos, se encuentran las proteínas con un dominio NB-ARC (del inglés Nucleotide Binding - adaptor shared by APAF- 1 R proteins, and CED-4), que están involucradas en el reconocimiento directo o indirecto de las proteínas del patógeno conocidas como efectores. La expresión de los genes que codifican estas proteínas NB suele ser constitutiva y baja. La yuca, un cultivo clave en regiones tropicales del mundo, es vulnerable a enfermedades causadas por patógenos como Xanthomonas phaseoli pv. manihotis (Xpm) y mantiene interacciones con numerosos microorganismos presentes tanto en el suelo como en las hojas. Sin embargo, son pocos los estudios que han abordado el repertorio de estas proteínas en yuca. De igual manera no se ha profundizado sobre su expresión la cual puede ser modulada por factores tanto bióticos como abióticos. La presente investigación tiene como objetivo caracterizar a nivel de secuencia y expresión las proteínas que poseen el dominio NB-ARC de yuca implicadas en respuesta a diferentes estímulos bióticos y abióticos. El estudio se divide en tres fases, la primera es la de identificación de las proteínas de resistencia NB de la yuca mediante curación manual de las secuencias y la determinación del número de polimorfismos, utilizando bases de datos de secuencias y programas bioinformáticos. La segunda fase es la obtención del perfil de expresión de genes codificadores de proteínas NB en la yuca a partir de datos de expresión públicos (RNA-seq) obtenidos de la base de datos GEO del NCBI y el análisis diferencial de expresión (DEGs). Además, se construyeron redes de coexpresión para identificar interacciones entre los genes y se realizó un análisis filogenético mediante alineamientos de secuencias y la construcción de un árbol filogenético. Finalmente, la tercera fase incluye la integración de la información de expresión y polimorfismos y tiene como fin ahondar el conocimiento sobre procesos moleculares conocidos asociados a la interacción con Xpm, así como emitir nuevas hipótesis biológicas sobre esta interacción planta-patógeno a través de análisis descriptivos multivariados (Texto tomado de la fuente).Plant immunity relies on the effective recognition of pathogens, achieved through specialized protein receptors. Among these, NB-ARC domain-containing proteins (Nucleotide Binding - adaptor shared by APAF-1, R proteins, and CED-4) are involved in the direct or indirect recognition of pathogen proteins known as effectors. The expression of genes encoding these NB proteins is typically constitutive and low. Cassava (Manihot esculenta), a key crop in tropical regions, is vulnerable to diseases caused by pathogens such as Xanthomonas phaseoli pv. manihotis (Xpm) and interacts with numerous microorganisms present in both soil and leaves. However, few studies have explored the repertoire of these proteins in cassava, and little is known about how their expression might be modulated by biotic and abiotic factors. This research aims to characterize cassava NB-ARC proteins at the sequence and expression levels in response to various biotic and abiotic stimuli. The study is divided into three phases, the first being the identification of cassava NB resistance proteins through manual sequence curation and polymorphism analysis using sequence databases and bioinformatics tools. The second phase focuses on obtaining the expression profiles of NB-encoding genes in cassava using public RNA-seq data from the GEO database (NCBI), applying differential expression (DEG) analysis. Additionally, co-expression networks were constructed to identify gene interactions, and a phylogenetic analysis was performed through sequence alignments and a phylogenetic tree construction. Finally, the third phase integrates expression and polymorphism data to deepen the understanding of molecular processes associated with interactions with Xpm, and, to generate new biological hypotheses about plant-pathogen interactions through multivariate descriptive analyses.106 páginasapplication/pdfspahttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/570 - Biología::576 - Genética y evolución570 - Biología::577 - Ecología630 - Agricultura y tecnologías relacionadas::633 - Cultivos de campo y de plantaciónTrabajo de grado - MaestríaUniversidad Nacional de ColombiaRepositorio Institucional Universidad Nacional de Colombiahttps://repositorio.unal.edu.co/info:eu-repo/semantics/openAccessPLANTAS-RESISTENCIA A ENFERMEDADES Y PLAGASPlants - disease and pest resistanceNUTRICION DE LAS PLANTASPlants - nutritionYUCACassavaMANIHOTManihotEUFORBIACEASEuphorbiaceaeYucaXanthomonas phaseoli pv. manihotisProteínas NBBacteriosis vascularProteínas NBCassavaVascular bacteriosisNB proteins