Tipificación de aislados clínicos de mycobacterium tuberculosis obtenidos en Bogotá mediante la técnica molecular MIRUs-VNTR

Abstract

Objetivo: Genotipificar aislamientos clínicos de M. tuberculosis obtenidos en Bogotá entre 1995 y 2007, por medio de la técnica molecular MIRUs-VNTR. Metodología: Se genotipificaron152 aislamientos clínicos de M. tuberculosis, utilizando el método molecular MIRUs-VNTR (set 12 loci MIRUs). Luego de obtener los patrones MIRU, se determinó el porcentaje de patrones únicos y cepas agrupadas, se calculó el poder discriminatorio de la técnica usando el índice discriminatorio de Hunter Gaston (HGDI) y se comparó con RFLP IS-6110 y Spoligotyping. Posteriormente se compararon los resultados con la base SpolDB4 obteniendo las frecuencias de Miru International Type (MIT) con el fin conocer su distribución geográfica. Resultados: Se obtuvieron 73 patrones únicos (47.4%) y 81 cepas agrupadas en 21 clusters (52.6%). MIRU-VNTR (HGDI: 0.983) mostró un poder discriminatorio menor al RFLP IS-6110 (HGDI: 0.996) y mayor al Spoligotyping (HGDI: 0.892), al analizar los aislamientos con Spoligotyping como método de tipificación primario seguido de MIRU-VNTR el poder discriminatorio fue similar al RFLP: HGDI: 0.993. Al comparar los resultados con la base de Datos SpolDB4 se obtuvieron 43 patrones huérfanos y 111 cepas con 51 MIT asignados, el MIT más frecuente fue el 190 , seguido del MIT 45 10 y el MIT 25, que habían sido previamente reportados en Norte América, Centro América, Europa y Brasil como país suramericano. Conclusiones: La mayoría de las cepas que se encontraron agrupadas no mostraron ningún vinculo epidemiológico, MIRUs-VNTR es un método adecuado de tipificación, que puede ser utilizado de elección para estudios poblacionales, es capaz de detectar infecciones policlonales y es útil en el seguimiento de pacientes con infección crónica y reactivaciones endógenas ofreciendo un poder discriminatorio adecuado y sin inconvenientes técnicos que hagan difícil la utilización de la prueba. / Abstract. Objetive: Genotyping clinical isolates of Mycobacterium tuberculosis obtained in Bogota between 1995 and 2007 by using molecular MIRUs-VNTR method. Methodology: 152 clinical isolates of M. tuberculosis were genotyped by molecular MIRUS-VNTR method (12 loci MIRU set). After obtaining MIRUs patterns, we determined the percentage of unique patterns and clustered strains and we calculated the discriminatory power of the technique by using the Hunter Gaston discriminatory index. It was compared with the discriminatory index of RFLP IS 6110 and Spoligotyping. Subsequently the results were compared with the database SpolDB4 obtained the frequencies of Miru International Types (MIT), in order to obtain their geographical distribution. Results: We were obtained 73 unique patterns (47.4%) and 81 strains grouped into 21 clusters (52.6%). MIRUs-VNTR (HGDI: 0,983) showed a lower discriminatory power than RFLP IS-6110 (HGDI: 0,996) and greater than Spoligotyping (HGDI: 0,892). Analyzing the isolates with Spoligotyping as a primary typing method followed by the MIRUs-VNTR the discriminatory power was similar to RFLP: HGDI: 0.993. By comparing the results with the database SpolDB4 We obtained 43 orphans patterns and 111 strains with assigned MIT; the most frequent MIT was the 190th followed by MIT 45th and MIT 25th, which had been previously reported in North America, Central America, Europe and Brazil (South American country). Conclusions: The most of the grouped strains founded didn’t show epidemiological linkage. MIRU-VNTR is a suitable method of typing, which can be used for population studies of choice, is able to detect polyclonal infections and is useful in monitoring patients with chronic infections and endogenous reactivation, providing adequate discriminatory power and no technical problems that make easy the use of the test to perform.