Enki-db: sistema de información taxonómica y molecular de especies propias de la biodiversidad colombiana

Abstract

ENKI-DB, es un sistema de información taxonómica y molecular de especies propias de la biodiversidad colombiana, accesible vía Internet. Mediante ENKI-DB se tiene acceso inmediato a toda la información taxonómica y molecular presente en las bases de datos SPICA®, SIB, EMBL y UNIPROT para especies propias de la biodiversidad colombiana exclusivamente. Hasta la fecha el sistema ha logrado enlazar 10 808 registros de especies propias de la biodiversidad colombiana (presentes en las bases de datos SIB y SPICA®), para las que han encontrado 1 976 751 registros molecula­res, 96 337 provenientes de las bases de datos de información proteica (UniprotKb, Uniref y Uniparc) y 1 880 414 de la base de datos EMBL de DNA. Aunque esta información se encuentra presente también, de manera independiente, en cada una de estas bases de datos, a través de ENKI- DB los datos son accesibles desde una sola interfase y de manera integrada y depurada. El sistema permite además realizar alineamientos locales utilizando la implementación del algoritmo BLAST del NCBI. ENKI- DB ha sido desarrollado en su totalidad en PHP y PERL, haciendo uso de las librerías Bio-PHP, Bio-PERL y utilizando la base de datos MySQL como repositorio central de información. ENKI-DB es accesible vía Internet, de manera completamente gratuita y pública en la siguiente dirección: http://bioinf.ibun.unal.edu.co/enkidb/ Contacto: cenbio_nal@unal.edu.co Palabras clave: ENKI, molecular, taxonomía, biodiversidad colombiana, bioinformática.

ENKI-DB is a taxonomic and molecular integration system for Colombian species which is available on the internet. This system provides users with immediate access to all taxonomic and molecular data present in SPICA®, SIB, EMBL and UNIPROT databases for all Colombian species. To date, our system has been able to link 10,808 Colombian species (SIB and SPICA® databases) to 1 976 751 molecular entries, 96 337 from UniprotKb, Uniref and Uniparc and 1,880,414 from the EMBL DNA datábase. Although this information is also available on each datábase independently, ENKI-DB allows users to reach all that integrated information through one interface. We have also integrated the NCBI-BLAST programme with the ENKI-DB system which allows users to run pair-wise comparisons on the same ENKI-DB web interface. ENKI-DB has been developed with Bio-PHP and Bio-PERL and uses MySQL RDBMS as backup. Availability: http://bioinf.ibun.unal.edu.co/enkidb/ Contact: cenbio_nal@unal.edu.co Key words: ENKI, molecular integration system, taxonomy, Colombian biodiversity, bioinformatics.