Detección e identificación de virus RNA que afectan el cultivo de Capsicum spp., en el Valle del Cauca

Abstract

El objetivo de este trabajo fue actualizar la virosfera RNA que se encuentra en el cultivo del ají en Valle del Cauca. Para esto se realizaron tres colectas de cuatro variedades comerciales de ají (tabasco, habanero, cayena y jalapeño) en 12 municipios del Valle del Cauca en los años 2016, 2017 y 2018. Se purificó el RNA total y mediante RT-PCR se detectó la presencia de virus de los géneros Potyvirus, Tobamovirus (TMV), Tospovirus (TSWV) y Cucomovirus (CMV). Para conocer la identidad de los virus detectados, se clonaron los fragmentos virales, se secuenciaron y se analizaron empleando herramientas bioinformáticas. Finalmente, se diseñaron oligos específicos para los nuevos virus y se evaluaron en las muestras de ají colectadas. Se colectaron 176 muestras de ají, encontrándose presencia de un potyvirus en el 71% de las muestras; este virus fue caracterizado y se identificó como un nuevo virus que se denominó virus del moteado severo del ají aislado Colombia (Pepper severe mottle virus isolate Colombia – PepSMV-Col). También se detectó la presencia de CMV en el 62,5% de las muestras, este resultado constituye la primera detección con técnicas moleculares de CMV en cultivos de ají. Los análisis de secuencia lo identificaron como un aislado relacionado estrechamente con CMV que infecta banano. Con respecto a los virus de los géneros Tobamovirus (TMV), Tospovirus (TSWV), no se detectó la presencia de ellos en las muestras de ají evaluadas. Finalmente, sobre la secuencia de PepSMV-Col y CMV-ají se diseñaron oligos específicos. Se encontró la presencia de PepSMV-Col y CMV-ají en infecciones simples, dobles y triples con un virus DNA, un begomovirus; estas últimas fueron las más frecuentes con un 64,8% en ají habanero, y 40-41% en ají tabasco y cayena, respectivamente. La sintomatología por la triple infección fue la más fuerte y devastadora que la verificada en otro tipo de infecciones. Estos resultados indicarían que posiblemente estas interacciones virales establecen relaciones sinérgicas que exacerban la sintomatología y generar mayores pérdidas en los cultivos de ají, tal y como se observa en campo.

//Abstract: The objective of this work was to update the RNA virosphere found in the pepper crop in Valle del Cauca. For this, a sampling of four commercial varieties of pepper (tabasco, habanero, cayenne and jalapeño) was carried out in 12 municipalities of Valle del Cauca in the years 2016, 2017 and 2018. The total RNA was purified and by means of RT-PCR the presence of Potyvirus, Tobamovirus (TMV), Tospovirus (TSWV) and cucumovirus (CMV) was detected. To know the identity of the detected viruses, the viral fragments were cloned, sequenced and analyzed using bioinformatic tools. Subsequently, specific primers were designed for these new viruses and were evaluated in all the pepper samples. 176 pepper samples were collected, with the presence of a potyvirus in 71% of the samples; this virus was characterized and identified as a new virus that was called Pepper severe mottle virus isolate Colombia (PepSMV-Col). The presence of CMV was also detected in 62.5% of the samples, this result constitutes the first detection with molecular techniques of CMV in pepper crops. Sequence analyzes identified it as an isolate closely related to CMV that infects bananas. Regarding to the viruses of the genera tobamovirus (TMV) and tospovirus (TSWV), the presence of them was not detected in the pepper samples evaluated. Finally, with the sequence of PepSMV-Col and CMV-ají, were design specific primers. The presence of simple, double and triple infections with a DNA virus, a begomovirus, was found; the latter were the most frequent with 64.8% in habanero pepper and 40-42% in Tabasco and cayenne pepper, respectively. The symptomatology caused by the triple infections were stronger and more devastating than those seen in other type of infections. These results would indicate that possibly these viral establish synergistic relationships, that exacerbate the symptomatology and generate greater losses in pepper crops, as observer in the field.