Nuevos biomarcadores moleculares para la detección del cáncer de pulmón: una aproximación desde la oncogenómica funcional

Abstract

En las últimas dos décadas, el avance en el conocimiento de la biología del cáncer ha llevado a la identificación de circuitos moleculares diferenciales en tumores sólidos. Estos reflejan alteraciones en vías de señalización específicas que podrían estar involucradas en la progresión maligna. El conocimiento de estas alteraciones ha generado un gran panel de posibles biomarcadores que requieren ser probados y validados para ser utilizados en el entorno clínico. En este capítulo se describe un abordaje bioinformático de análisis transcriptómico “metasignature” obtenido a partir de 40 estudios de expresión génica en muestras clínicas de cáncer de pulmón (CP) disponibles en las bases de datos en línea GeneSigDB y MolSigDB, en un esfuerzo por identificar genes como potenciales biomarcadores.Los datos generados evidenciaron un grupo de 34 genes que podrían ser utilizados para discriminar entre fenotipo tumoral y normal (p<0.01), según el grupo de datos “dataset” de Bittner, y para diferenciar entre los tipos histopatológicos de CP, según el grupo de datos de Takeuchi y col., 2006 (1). Además, el metasignature es capaz de discriminar los adenocarcinomas pulmonares de buen y mal pronóstico (p=0,028) y un subconjunto de 13 genes del metasignature asociados con buen pronóstico de sobrevida (p=0,0037). Se identificaron tres módulos funcionales significativamente afectados en el metasignature, relacionados con alteraciones en el ciclo celular, remodelación de la matriz extracelular, procesos metabólicos, transducción de señales y reparación del ADN.