Análisis de retención de intrones y de la expresión de isoformas de p53 en fibroblastos de pacientes con Síndrome de Wiedemann-Rautenstrauch
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Tipo de contenido
Trabajo de grado - Maestría
Idioma del documento
EspañolFecha de publicación
2022-12-16Resumen
Objetivo: El objetivo de esta investigación fue evaluar el impacto de variantes patogénicas en la ARN Polimerasa III subunidad A (POLR3A) sobre la retención de intrones y la expresión relativa del ARN corto nuclear U6 y de diferentes isoformas de p53 en fibroblastos derivados de pacientes con Síndrome de Wiedemann-Rautenstrauch (SWR). Metodología: Se realizó un cultivo primario de fibroblastos de dos pacientes con Síndrome de Wiedemann-Rautenstrauch (SWR) y de un control sano. Se extrajo el ARN de los fibroblastos por medio de TRIzol. A partir del ARN extraído se midió la expresión de 6 isoformas de p53, del ARN corto nuclear U6 y de genes relacionados con la senescencia celular por medio de RT-PCR. Adicionalmente se realizó un secuenciamiento global de ARN mensajero (RNA-Seq) y se analizó la retención de intrones utilizando el programa IRFinder. Resultados y conclusiones: En el análisis de retención de intrones no se encontraron diferencias marcadas en el porcentaje de retención de intrones (control: 7.8%, WRS1: 6.3% y WRS2: 8.14%). Los genes con mayor retención de intrones están relacionados principalmente con vías relacionadas con la unión al ARN, la regulación del ciclo celular, regulación positiva de la transcripción, regulación positiva de vías relacionadas con la inflamación, regulación negativa de la apoptosis, transcripción del ARN, mitocondria y regulación del inicio de la traducción. Los genes con mayor retención de intrones en los pacientes se relacionan con la respuesta inmune y la función mitocondrial, mientras que los que retuvieron más intrones en el control se relacionan con la respuesta al estrés oxidativo. La paciente WRS1 mostró una mayor expresión de ARN corto nuclear U6 comparada con el control y con la paciente WRS2. Los fibroblastos de las pacientes con SWR expresaron un mayor porcentaje de p53 y un menor porcentaje de 133p53 concordante con una mayor expresión de los marcadores de senescencia celular p16 y p21. Estos resultados resaltan la importancia de la función de la ARN polimerasa III en el mantenimiento de la homeostasis celular, principalmente en los procesos de empalme y de reparación del ADN. (Texto tomado de la fuente)Abstract
Aim: The aim of this study was to evaluate the impact of pathogenic variants in RNA Polymerase III subunit A (POLR3A) on intron retention and on the relative expression of the short nuclear RNA U6 and of different p53 isoforms in fibroblasts derived from patients with Wiedemann-Rautenstrauch Syndrome (WRS). Methods: Primary culture of fibroblasts from two patients with Wiedemann-Rautenstrauch Syndrome (WWS) and a healthy control was performed. RNA was extracted from fibroblasts using TRIzol. The expression of six p53 isoforms, the short nuclear RNA U6 and genes related to cell senescence were measured by RT-PCR. Additionally, global mRNA sequencing (RNA-Seq) was performed, and intron retention was analyzed using IRFinder. Results and conclusions: In the intron retention analysis, no significant differences were found in the percentage of intron retention (control: 7.8%, WRS1: 6.3% and WRS2: 8.14%). The genes with more intron retention are mainly related to pathways related to RNA binding, cell cycle regulation, positive regulation of transcription, positive regulation of pathways related to inflammation, negative regulation of apoptosis, RNA transcription, mitochondria, and regulation of translation initiation. The genes with more intron retention in WRS patients are related to the immune response and mitochondrial function, while those with more retained introns in the control are related to the response to oxidative stress. Patient WRS1 showed a higher expression of short nuclear RNA U6 compared to control and patient WRS2. Fibroblasts from patients with WRS express a higher percentage of p53 and a lower percentage of 133p53, consistent with a higher expression of the cellular senescence markers p16 and p21. These results highlight the importance of an adequate function of RNA polymerase III in the maintenance of cellular homeostasis, mainly in the splicing and DNA repair processes.Palabras clave
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