Análisis genómico comparativo de aislamientos clínicos de Klebsiella pneumoniae productores de carbapenemasas en pacientes con y sin SARS-CoV2 de la ciudad de Bogotá durante el periodo de pandemia

Abstract

Durante la pandemia de COVID-19 se detectaron en los pacientes afectados por SARS-CoV-2 K. pneumoniae resistentes a carbapenémicos, lo que conduce a desenlaces fatales y desafíos para la resistencia antimicrobiana. En nuestro estudio, realizado en un hospital durante un periodo de la pandemia, se obtuvo la comparación epidemiológica y genómica de dos grupos de CRKP: 14 y 25, aisladas respectivamente de 10 y 19 pacientes COVID-19 y sin COVID-19; resaltando que las primeras CRKP fueron más resistentes frente a β-lactámicos como cefoxitina, pero menos resistentes frente a trimetoprim/sulfametoxazol y ciprofloxacina que las segundas CRKP. Fueron detectados 75 genes en todos los aislamientos del estudio; se presentaron coproducciones de genes relacionados con carbapenemasas en algunos de los genomas, la Kp082 tenía: NDM-1, KPC-3, GES-2, OXA-2 una combinación no reportada en K. pneumoniae. Se observó la diversidad genética de los dos grupos de aislamientos del estudio, dada por la presencia de variedad de STs y el árbol filogenético basado en los SNPs del core, donde se evidenció que 43,6% de las CRKP pertenecientes a los dos grupos de estudio presentes en el clado IV se asignaron a ST1082. Además, reveló que los pacientes 7, 19 y 8 presentaban aislamientos distribuidos en diferentes clados y como el resistoma presente en las CRKP aun de un mismo clon era variable. Estos hallazgos resaltan la necesidad de dirigir acciones para mejorar continuamente los protocolos de prevención, control de infecciones y programas de administración de antimicrobianos a fin de frenar la expansión de CRKP. (Texto tomado de la fuente)

During the COVID-19 pandemic, carbapenem-resistant K. pneumoniae were detected in SARS-CoV-2-affected patients, leading to fatal outcomes and challenges to antimicrobial resistance. In our study, carried out in a hospital during a period of the pandemic, the epidemiological and genomic comparison of two groups of CRKP was obtained: 14 and 25, isolated respectively from 10 and 19 COVID-19 and non-COVID-19 patients; highlighting that the first CRKPs were more resistant against β-lactams such as cefoxitin, but less resistant against trimethoprim/sulfamethoxazole and ciprofloxacin than the second CRKPs. 75 genes were detected in all the study isolates; co-productions of genes related to carbapenemases were present in some of the genomes, Kp082 had: NDM-1, KPC-3, GES-2, OXA-2, a combination not reported in K. pneumoniae. The genetic diversity of the two groups of isolates in the study was observed, given the presence of a variety of STs and the phylogenetic tree based on the SNPs of the core, where it was evidenced that 43.6% of the CRKPs belonging to the two groups of study present in clade IV were assigned to ST1082. In addition, it revealed that patients 7, 19 and 8 had isolates distributed in different clades and that the resistome present in the CRKP even from the same clone was variable. These findings highlight the need for targeted actions to continually improve infection prevention, control protocols, and antimicrobial stewardship programs to curb the spread of CRKP.