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Bird diversity in the urban system of Medellín (Colombia) and its surrounding non-urban landscape
(Universidad Nacional de Colombia, 2025-10-25) Garizábal Carmona, Jaime Andrés; Mancera Rodríguez, Nestor Javier; MacGregor Fors, Ian; Garizábal-Carmona, Jaime A. [0000000201772729]; Mancera-Rodríguez, Nestor Jarvier [0000000273259588}; MacGregor-Fors, Ian [0000000331987322]; Ecología y Conservación de Fauna Silvestre; Garizábal-Carmona, Jaime A. [57225197443]
Cities are highly complex, dynamic, and heterogeneous human-dominated systems that act as environmental filters for species assemblages at multiple spatiotemporal scales. Over the past decades, knowledge of ecological patterns across urbanized landscapes has significantly increased, including in Neotropical cities. However, urban contexts where environmental filtering operates under both high urbanization densities and high biodiversity remain poorly understood, particularly those dominated by native species. This thesis assessed how urbanization and the internal heterogeneity of Medellín (Colombia) shape bird diversity compared to other dominant systems in the surrounding landscape, using a city-wide sampling strategy and a space-for-time substitution approach. In Chapter One, bird species richness, abundance, composition and structure were compared between urban and non-urban systems (20 sites per system, 160 in total). Results suggest that birds inhabiting open areas (which also occur in non-urban sites) experience broad environmental filtering until a threshold at 76–100 % urbanization (based on the percentage of build cover at 50 m buffers), while forest-dependent species (primarily from non-urban sites) undergo narrower filtering at the urban fringe (urban limits). Chapters Two and Three analyzed drivers of bird diversity (species richness and abundance) within urban systems (212 sites), from taxonomic and functional perspectives, respectively. These chapters assessed the influence of urban infrastructure (e.g., built cover, buildings, cables), human-related hazards (e.g., noise, motorized vehicles, pedestrians), and vegetation-related factors (e.g., green cover, vertical vegetation layers, vegetation management). From the taxonomic perspective (Chapter Two), species abundance based-groups revealed that highly abundant species showed mostly positive relationships with human-related factors, but only at the abundance level. In contrast, moderately and lowly abundant species exhibited predominantly negative relationships with human-related factors at both richness and abundance levels, while showing positively association to vegetation-related factors (except vegetation management). From the functional perspective (Chapter Three), species richness and abundance declined in more urbanized areas across diet- and foraging strata-based groups. Even highly generalist species (i.e., omnivorous birds and those foraging across multiple strata) showed predominantly negative associations with human-related factors. Conversely, most diet and foraging strata categories were positively related to greater vegetation availability (green cover) and structural heterogeneity (number of vegetation layers). Overall, these results indicate that urbanization in Medellín imposes strong environmental filtering on most bird species, regardless of their geographical origin or ecological traits related to diet and foraging strata. Therefore, if mitigating urban biodiversity loss in highly dense Neotropical cities like Medellín is intended, urban planning and vegetation management should focus on reducing human-related constraints in areas with intermediate to low urbanization while safeguarding forest remnants and adjacent non-urban areas.
Análisis de la subsidencia asociada a explotaciones mineras subterráneas
(Universidad Nacional de Colombia, 2025-04-21) Aguilar Hernández, Jose Juan; Bustamante Rúa, Moisés Oswaldo; Giraldo, Omar Edison; Bustamante Rua, Moises Oswaldo [000000021692991X]; Instituto de Minerales Cimex
Una de las consecuencias del agotamiento de una reserva mineral por aprovechamiento mediante la extracción por cualquier sistema de explotación subterránea es la subsidencia, la cual es derivada de reajuste del macizo rocoso ante un nuevo estado de esfuerzos geo mecánicos producto de la actividad minera realizada. En el presente trabajo se efectúa una recopilación y análisis de modelos de subsidencia existentes que permiten hacer una estimación de los valores de subsidencia inherentes al cualquier proyecto subterráneo, para lo anterior de realiza una línea base de métodos desde los empíricos hasta los métodos basados en modelos teóricos, los cuales según las características de macizo rocoso y/o sistema de explotación son aplicables. A partir de los modelos definidos se realiza una estimación de subsidencia a partir de datos de un caso específico, lo cual representa un insumo para la toma de decisiones de diseño a partir de la predicción del comportamiento de un macizo rocoso frente a las explotaciones mineras. El uso de modelos de predicción de subsidencia permite implementar estrategias para su control realizando una prevención y monitoreo que permitan la aplicación de medidas que puedan disminuir el impacto asociado a la subsidencia, como lo es el diseño geométrico adecuado y el establecimiento de zonas de amortiguamiento. (Texto tomado de la fuente)
Producción social del espacio público recreo-deportivo en barrios populares
(Universidad Nacional de Colombia, 2025) Abadía Vanegas, María Fernanda; Zuluaga Giraldo, Lina María; Giraldo Ospina, Tania
Esta investigación analiza la producción social del espacio público recreo-deportivo en los barrios populares de la Comuna Nuevo Horizonte de Manizales (Villahermosa y Solferino) entre 1975 y 2024. El objetivo principal es comprender cómo las comunidades se han apropiado y transformado estos espacios a través de procesos de autogestión, co-gestión e interacción cotidiana, y cómo estas prácticas se vinculan con la construcción de identidad barrial. Se empleó una metodología mixta con diseño explicativo secuencial. En la fase cuantitativa se recolectaron datos sobre el crecimiento urbano, el inventario del espacio público y transformaciones físicas del territorio. En la fase cualitativa se realizaron entrevistas semiestructuradas a habitantes y actores claves, observación participativa y análisis normativo y documental. El análisis se fundamentó teóricamente en la triada espacial de Henri Lefebvre, lo que permitió interpretar el espacio como una construcción simultáneamente concebida, percibida y vivida. Los resultados evidencian que los espacios recreo-deportivos han sido fundamentales para la consolidación barrial, funcionando como escenarios para el encuentro, la construcción de vínculos comunitarios y la organización social. Se identificaron transformaciones significativas derivadas tanto a prácticas locales como a intervenciones institucionales. Las actividades cotidianas, como el deporte, la recreación, el comercio y el cuidado han resignificado estos espacios, otorgándoles un valor simbólico y funcional. Se concluye que el reconocimiento de estas dinámicas constituye un aporte clave para el diseño de políticas públicas más inclusivas y contextualizadas en los barrios populares (Texto tomado de la fuente)
Estudio genómico y transcriptómico de la resistencia a cadmio(II) de Serratia sp. 5b
(Universidad Nacional de Colombia, 2025) Nonsocua Triviño, Kevin Stiven; de Brito Brandão, Pedro Filipe; Nonsocua Triviño, Kevin Stiven [000900005105447X]; Grupo de Estudios para la Remediación y Mitigación de Impactos Negativos al Ambiente Germina
Serratia sp. 5b es una cepa previamente aislada de suelos agrícolas contaminados con cadmio (Cd(II)), a la que se le ha determinado experimentalmente una concentración mínima inhibitoria (CMI) de 4 mM y la capacidad para reducir la concentración del metal en solución. No obstante, no se conocía su identidad taxonómica a nivel de especie ni se había determinado cuáles genes están implicados en la resistencia a Cd(II). En este estudio se integraron de forma transversal aproximaciones filogenómicas, genómicas y transcriptómicas con el propósito de identificar taxonómicamente la cepa y dilucidar los mecanismos moleculares que sustentan su resistencia al Cd(II). El análisis filogenómico, basado en 1.052 genes ortólogos de copia única, indicó que la especie de Serratia sp. 5b corresponde a Serratia surfactantfaciens, al formar un clado monofilético con soporte bootstrap del 100 %, lo cual fue ratificado por un valor ANI del 99,18 %. A nivel genómico, el ensamblaje presentó 18 contigs, una longitud total de 4,99 Mbp y una completitud estimada en 99,88 %. Se identificaron diez genes putativos relacionados con resistencia a Cd(II), dsbA, dsbB, fieF, mntH, robA, ychH, ygiW, zinT, zitB y zntA, todos ubicados en el cromosoma y sin asociación a plásmidos ni elementos genéticos móviles. Asimismo, el análisis de variantes detectó mutaciones no sinónimas en fieF y zntA, siendo este último el único con alteraciones estructurales localizadas en regiones flexibles. Por otro lado, el análisis transcriptómico reveló una respuesta génica dependiente de la concentración de Cd(II), con 428, 1.852 y 638 genes diferencialmente expresados (DEGs) al comparar las condiciones control vs 0,15 mM Cd(II), control vs 0,50 mM Cd(II), y 0,15 mM Cd(II) vs 0,50 mM Cd(II), respectivamente. Se observó una sobreexpresión progresiva de genes asociados al transporte de cationes, defensa antioxidante y reparación del ADN, destacándose zntA, zinT, mntA, znuC, trxB y recA. El análisis funcional evidenció una activación gradual de rutas implicadas en metabolismo energético, transporte activo y organización de membranas, con procesos exclusivos bajo condiciones de alta exposición. La validación experimental mediante RT-qPCR de genes seleccionados reprodujo la tendencia observada en RNA-seq, indicando la confiabilidad de los resultados transcriptómicos. En conjunto, estos hallazgos demuestran que Serratia surfactantfaciens 5b presenta una respuesta transcripcional compleja y coordinada frente a Cd(II), basada en mecanismos de exclusión, secuestro intracelular y adaptación fisiológica. (Texto tomado de la fuente).
Identificación y análisis funcional de determinantes asociados a los mecanismos de acción de la cepa de BAFE IBUN 2755 en el biocontrol de Burkholderia glumae en plantas de arroz
(Universidad Nacional de Colombia, 2025-10-23) Pedraza Herrera, Luz Adriana; Uribe Vélez, Daniel; López Carrascal, Camilo Ernesto; Microbiología Agrícola
Bacillus velezensis IBUN 2755 es una cepa biocontroladora de Burkholderia glumae en plantas de arroz. Este trabajo buscó determinar el mecanismo de acción de la cepa IBUN 2755 contra dicho patógeno. El genoma de la cepa fue secuenciado encontrando 214 genes asociados a biocontrol y el 16,8% del tamaño del genoma dedicado a compuestos antimicrobianos. Ensayos de transformación dirigidos a mutar el gen sfp revelaron la recalcitrancia a la transformación genética la cepa IBUN 26755 y en consecuencia una estrategia de mutagénesis aleatoria por irradiación con luz UV fue desarrollada. Un tamizaje funcional de los mutantes mostró que células y sobrenadante de la cepa 130B (mutante de IBUN 2755), carecen de actividad antagónica contra B. glumae. Además, este mutante presenta una biopelícula cuya arquitectura difiere de la cepa silvestre y es incapaz inducir resistencia en plántulas de arroz. En contraste, la cepa IBUN 2755 silvestre induce la sobreexpresión del gen Npr1 y reprime el gen Ospr10 en plántulas expuestas a la biomasa o a los compuestos orgánicos volátiles, lo que conduce a la disminución de la incidencia de la enfermedad. Además, el mutante 130B deja de producir algunos compuestos de tipo surfactina en comparación con la cepa silvestre. El genoma del mutante 130B muestra una mutación en el gen spo0A que podría explicar el fenotipo de esta cepa. Así, los principales mecanismos de acción de la cepa IBUN 2755 contra B. glumae son la producción de compuestos tipo surfactinas y la inducción de resistencia sistémica por contacto y la producción de compuestos orgánicos volátiles. (Texto tomado de la fuente).