Caracterización genómica de las poblaciones de Petiveria alliacea L. y Lippia alba (Mill.) de diferentes departamentos de Colombia utilizando Radseq

Abstract

Las investigaciones sobre la genética de plantas medicinales que pueden ser de interés por su potencial farmacológico son escazas, se realizó una revisión bibliográfica donde se destaca el uso de tecnologías Ómicas en la investigación de plantas medicinales en Colombia, y sobre la información existente de la etnobotánica, genómica, fitocompuestos y medicina tradicional que se les conoce. Las especies Lippia alba y Petiveria alliacea, son de interés para el programa GAT por el potencial anticancerígeno que pueden tener, por lo que es importante conocer su diversidad genética y estructura poblacional. Se colectaron muestras foliares de 31 individuos de P. alliacea y 17 de L. alba en diferentes regiones de Colombia. Se extrajo el ADN y se construyeron librerías RADseq utilizando la enzima de restricción PstI para su secuenciación, posteriormente se siguió un flujo bioinformático para la canalización de los archivos fasta obtenidos, que permitió identificar miles de polimorfismos de un solo nucleótido (SNPs) para cada una. Con los cuales se identificó que en las poblaciones de L. alba existe una variación genética entre poblaciones de 3.4%, con un FST de 0.062, mientras que P. alliacea tuvo un 75% de variación entre poblaciones y un FST de 0.747. Adicionalmente los valores de diversidad genética obtenidos incluyendo valores de Ho y He y el valor r de la prueba de mantel podrían permitir pensar que los diferentes modos reproductivos que tienen estas especies, así como el aprovechamiento antropogénico de estas influyeron en la variación genética y la estructura de la población obtenida. (Texto tomado de la fuente)

Research on the genetics of medicinal plants, which may be of interest due to their pharmacological potential, is scarce. A literature review was conducted highlighting the use of Omics technologies in medicinal plant research in Colombia, along with existing information on ethnobotany, genomics, phytochemicals, and traditional medicine associated with these plants. The species Lippia alba and Petiveria alliacea are of interest to the GAT program due to their potential anticancer properties, making it important to understand their genetic diversity and population structure. Leaf samples were collected from 31 individuals of P. alliacea and 17 of L. alba in different regions of Colombia. DNA was extracted, and RADseq libraries were constructed using the restriction enzyme PstI for sequencing. Subsequently, a bioinformatics workflow was followed to process the obtained fasta files, allowing for the identification of thousands of single nucleotide polymorphisms (SNPs) for each species. It was identified that in L. alba populations, there is a genetic variation of 3.4% between populations, with an FST of 0.062, while P. alliacea exhibited a 75% variation between populations and an FST of 0.747. Additionally, the values of genetic diversity obtained, including Ho and He values, and the r value of the Mantel test, could suggest that the different reproductive modes of these species, as well as their anthropogenic exploitation, influenced the genetic variation and population structure observed.