Predicción de péptidos de unión a células eritrocíticas usando herramientas computacionales

Abstract

En la Fundación Instituto de Inmunología de Colombia (FIDIC) existe una estrategia para el diseño de vacunas sintéticas. Ésta se basa en la identificación de fragmentos peptídicos de más o menos 20 aminoácidos provenientes de las proteínas involucradas en la invasión de diferentes patógenos a sus respectivas células objetivo (hospederas). Se quiere, para una proteína dada, identificar los fragmentos que tengan una alta capacidad de unión específica (del inglés High Activity Binding Peptides, HABP) a células eritrocíticas, sin tener que examinarlos experimentalmente, exclusivamente en cortes de 20 aminoácidos, para de esta manera poder recorrer cada elemento de la cadena como punto de partida para su predicción. Se emplean diferentes herramientas computacionales para intentar predecir los HABP y se utiliza una peptidoteca revisada del resultado experimental de 63 proteínas y un pseudogén, la cual contiene 2483 péptidos debidamente clasificados como HABP o no HABP. Los resultados no permiten aún predecir con precisión un HABP, pero sirven de acercamiento para seguir explorando alternativas computacionales que permitan reducir los tiempos y los costos de las fases experimentales en la elaboración de vacunas sintéticas.

Abstract. In the Fundación Instituto de Inmunología de Colombia (FIDIC), a strategy for the design of synthetic vaccines has been implemented. It is based on the identification of peptide fragments of about 20 amino acids from the proteins involved in the invasion of various pathogens to their respective target cells (host). It wants, for a given protein, to identify fragments with a high specific binding ability (High Activity Binding Peptides, HABP) to an erythrocyte cell, without having to examine experimentally, only 20 amino acid cuts, in this way to explore every string element as a starting point for your prediction. Different computational tools are used as an attempt to predict the HABP, also a revised peptide library containing previous experimental results is used The peptide library contains a collection of 63 proteins and 2483 properly classified peptides, as HABP or not HABP, and a pseudogene. The results do not accurately predict a peptide being HABP yet. However, they serve as a starting point to continue exploring alternative approaches to reduce the computational time and cost represented by the experimental phases in the development of synthetic vaccines.