Genetic assessment of the natural populations of the American Crocodile (Crocodylus acutus) of the Caribbean Region and Magdalena River Basin in Colombia and an ex-situ population

Abstract

El Caimán Aguja (Crocodylus acutus) en Colombia ha experimentado importantes disminuciones en su población debido a la sobreexplotación histórica y la pérdida de hábitat, lo que ha generado la necesidad de estrategias de conservación específicas. Esta tesis presenta un análisis genético integral de las poblaciones silvestres y un programa de reproducción en cautiverio de C. acutus en Colombia para evaluar la diversidad genética, la estructura poblacional y la conectividad, con implicaciones para los esfuerzos de cría en cautiverio y reintroducción. Se analizaron datos genéticos de poblaciones silvestres de diversas regiones clave y de un grupo de individuos parentales del zoocriadero Nelly Sierra & CIA utilizando 14 marcadores microsatélites. Los resultados revelaron que existen al menos ocho grupos genéticamente distintos dentro de Colombia, con un flujo génico mínimo y baja diversidad genética entre las poblaciones. Los tamaños efectivos de la población fueron alarmantemente pequeños (Ne = 2-34), lo que indica un alto riesgo de sufrir los efectos de la deriva génica. El estudio también examinó la composición genética de la población cautiva, la cual mostró una mezcla de dos poblaciones silvestres distintas, lo que resalta preocupaciones sobre la endogamia y la pérdida de diversidad genética. Se desarrolló una herramienta de apoyo a la toma de decisiones para optimizar las estrategias de cría seleccionando cruces óptimos, asegurando que los individuos cautivos mantengan su integridad genética y sean aptos para la reintroducción en sus respectivas poblaciones silvestres. Esta investigación proporciona una base para refinar las unidades de conservación y mejorar la gestión de la cría en cautiverio para potenciar la recuperación de C. acutus en Colombia, garantizando la sostenibilidad genética a largo plazo tanto en el medio natural como en cautiverio. (Texto tomado de la fuente)

The American Crocodile (Crocodylus acutus) in Colombia has experienced significant population declines due to historical overexploitation and habitat loss, prompting the need for targeted conservation strategies. This thesis presents a comprehensive genetic analysis of both wild populations and a captive breeding program of C. acutus in Colombia to assess genetic diversity, population structure, and connectivity, with implications for captive breeding and reintroduction efforts. Genetic data from wild populations across key regions and a cohort of captive individuals from a conservation farm were analyzed using 14 microsatellite markers. Results revealed eight genetically distinct clusters among the sampled areas, with minimal gene flow and low genetic diversity across populations. Effective population sizes were alarmingly small indicating a high risk of genetic drift. The study also examined the genetic composition of a captive population, which showed admixture from two distinct wild populations and highlighted concerns regarding inbreeding and the loss of genetic diversity. A decision-support tool was developed to optimize breeding strategies, ensuring that captive individuals maintain genetic integrity and are suitable for reintroduction into their respective wild populations. This research provides a foundation for refining conservation units and improving captive breeding management to enhance the recovery of C. acutus in Colombia, ensuring long-term genetic sustainability both in the wild and captivity.