Doctorado en Oncología
URI permanente para esta colecciónhttps://repositorio.unal.edu.co/handle/unal/82478
Examinar
Envíos recientes
Item type: Ítem , Perfiles de expresión génica con valor pronóstico para cáncer colorrectal en pacientes colombianos(Universidad Nacional de Colombia, 2026) Montero Ovalle, Wendy Johana; Serrano Gómez, Silvia Juliana; López Kleine, Liliana; https://orcid.org/0000-0001-5617-2686; Grupo de Investigación en Biología del CáncerEl cáncer colorrectal (CCR) representa un desafío creciente de salud pública en Colombia, ya que ocupa el tercer lugar en incidencia y se posiciona como la quinta causa de muerte por cáncer y se estima aumento en la mortalidad de 73.7% para el 2040. Aunque las clasificaciones moleculares basadas en expresión génica han permitido complementar la estratificación pronóstica, estas han sido desarrolladas principalmente en poblaciones no latinoamericanas, dejando subrepresentadas a poblaciones con alta diversidad genética como la colombiana. El objetivo de este trabajo fue identificar y caracterizar perfiles de expresión génica y evaluar su asociación con el pronóstico y la ancestría genética en pacientes colombianos con CCR, integrando variables sociodemográficas, clinicopatológicas y moleculares. Para esto fueron analizados 245 pacientes con CCR tratados en el Instituto Nacional de Cancerología, Bogotá, Colombia, entre 2010 y 2014, de los cuales se realizó secuenciación de ARN (RNA-seq) de muestras FFPE de tejido tumoral (n=35) y no tumoral (n=17). En las variables analizadas, el CCR derecho presentó mayor frecuencia de tumores pobremente diferenciados y estatus dMMR (p≤0,001), mientras que el CCR izquierdo mostró mayor proporción de márgenes positivos (p=0,040) y predominio de mutaciones en KRAS. Como factores independientes de supervivencia global se identificaron el estadio IV, la recurrencia y grados tumorales moderadamente y pobremente diferenciados, mientras que la obesidad y los márgenes quirúrgicos positivos se asociaron con mayor riesgo de recurrencia. Los perfiles de expresión fueron evaluados a partir de 1642 genes y isoformas expresados diferencialmente y de las muestras tumorales. Se identificaron tres clústeres como posibles subtipos. El clúster 1, enriquecido en procesos de síntesis y procesamiento de proteínas y en la activación de múltiples vías de señalización oncogénicas, configurando un fenotipo biosintético y proliferativo, se asoció con enfermedad más avanzada (p=0,019), tumores del lado derecho (p=0,026) y una mayor proporción de ancestría africana. El clúster 2 caracterizado por programas de desarrollo y diferenciación celular y mayor actividad de las vías EGFR y PI3K, presentaba todos los casos en estadios tempranos (I-III: 100%), tumores predominantemente izquierdos y una mayor proporción de ancestría europea. El clúster 3 que compartió con el clúster 1 procesos de biogénesis ribosomal y traducción, pero se distinguió por una mayor regulación de la vía de TGFβ y un perfil funcional intermedio, mostró una mediana de supervivencia libre de recurrencia más corta (p=0,026) y la menor mediana de supervivencia global. Mediante análisis de coexpresion, se identificaron 20 genes hub asociados a estos perfiles transcriptómicos, a partir de los cuales se construyó un Hub Gene Expression Score que mostró tendencia hacia menor supervivencia global y libre de recurrencia en los pacientes con puntajes más altos. ARHGEF6 (p=0,0439) y CCDC69 (p=0,0277) se asociaron significativamente con la supervivencia libre de recurrencia, mientras que CLOCK mostró una tendencia en supervivencia global (p=0,0711). Este primer perfil transcriptómico de pacientes colombianos con CCR revela posibles subtipos moleculares asociados con el pronóstico en nuestra población. (Texto tomado de la fuente)Item type: Ítem , Análisis de los perfiles moleculares, mutacionales, inmunológicos y clínico-patológicos de pacientes con cáncer de mama triple negativo de acuerdo con su clasificación genética (esporádico o hereditario) diagnosticadas en el Instituto Nacional de Cancerología(Universidad Nacional de Colombia, 2026-07-30) Zambrano Ordoñez, Yina Tatiana; Orozco Castaño, Carlos Alberto; Lopez Kleine, Liliana; Biología del cáncer - Instituto Nacional de CancerologíaEl cáncer de mama (BC por sus siglas en inglés) es el incidente a nivel mundial ocupando la primera causa de muerte por cáncer entre las mujeres en todo el mundo. Dentro de este cáncer, el subtipo triple negativo es el más agresivo, su prevalencia es del 10% – 20% y se presenta con mayor frecuencia en mujeres jóvenes (<50 años) afroamericanas e hispanas/latinas. Clínicamente se caracteriza por presentarse con un alto grado histológico junto con un alto infiltrado inmune al momento del diagnóstico. Por otra parte, se ha descrito que del 5% al 10% de los cánceres de mama tienen variantes deletéreas de línea germinal en BRCA1/2 relacionándose así con el síndrome de cáncer de mama y ovario hereditario, además el 60% de los pacientes portadores de variantes en BRCA1 tienen un mayor riesgo de desarrollar TNBC (Triple Negative Breast Cancer). Adicionalmente, las mutaciones en estos genes ocasionan un déficit en el sistema de reparación por recombinación homóloga (HRD) asociándose a un fenotipo BRCAness, el cual también ha sido reportado en TNBC de origen esporádico. A la fecha, desconocemos si se presentan diferencias en el perfil mutacional e infiltrado inmune entre TNBC de origen hereditario y esporádico. Por tanto, en este estudio se evalúan las diferencias en los perfiles moleculares, mutacionales, inmunológicos y clínico-patológicos en pacientes con cáncer de mama triple negativo diagnosticados en el Instituto Nacional de Cancerología según su clasificación genética (esporádico o hereditario). Este estudio constituye una de las primeras caracterizaciones multiómicas integradas de TNBC hereditario y esporádico en población latinoamericana. Se realizó un estudio retrospectivo analítico que compraró 70 pacientes con diagnóstico confirmado de TNBC atendidas en el Instituto Nacional de Cancerología, La caracterización molecular se realizó mediante secuenciación del exoma completo (WES), panel de genes de susceptibilidad hereditaria de 105 genes (TruSight Hereditary Cancer, Illumina) y secuenciación de RNA total a partir de muestras de tejido fijado en formalina e incluido en parafina (FFPE). El análisis bioinformático incluyó análisis de marcadores de inestabilidad genómica (Firma SBS3, MSI y TMB), análisis de expresión diferencial, caracterización del microambiente tumoral (TME) y modelos de supervivencia multivariados. Los grupos analizados TNBC hereditario (H-TNBC) y esporádico (S-TNBC) mostraron un panorama mutacional altamente heterogéneo, con predominio de mutaciones frameshift, nonsense y splice-site, y afectación recurrente de genes asociados a reparación del ADN. La evaluación del estado de deficiencia en recombinación homóloga, basada en la firma mutacional SBS3, no evidenció diferencias significativas entre H-TNBC y S-TNBC. De manera similar, la inestabilidad microsatelital presentó una baja frecuencia global. En contraste, la carga mutacional tumoral fue significativamente mayor en los casos hereditarios. El análisis transcriptómico identificó genes diferencialmente expresados entre H- TNBC y S-TNBC, con enriquecimiento en procesos relacionados con remodelado de matriz extracelular, señalización celular e interacción con el microambiente tumoral. A nivel inmunológico, los tumores hereditarios mostraron un microambiente tumoral más inmunogénico, caracterizado por mayor infiltración de subpoblaciones inmunes efectoras, aunque sin diferencias significativas en el puntaje predictivo de respuesta a inmunoterapia. Finalmente, los modelos de supervivencia integrados sugirieron que la incorporación de variables moleculares, inmunes y genéticas mejora la capacidad predictiva frente a modelos exclusivamente clínicos. El estado premenopáusico emergió como un factor pronóstico adverso independiente, especialmente para supervivencia libre de enfermedad, mientras que MSI-high se asoció con un efecto protector en modelos completamente ajustados. En conjunto, estos resultados sugieren que el TNBC se organiza en fenotipos funcionales complejos que trascienden la clasificación estricta hereditaria o esporádica. (Texto tomado de la fuente)Item type: Ítem , Predicción de la sobrevida global y libre de recaída en pacientes con cáncer de mama triple negativo a través de agrupaciones basadas en aprendizaje de máquina sobre datos clínicos(Universidad Nacional de Colombia, 2025) Alzate Granados, Juan Pablo; Niño Vasquez, Luis FernandoIntroducción: El cáncer de mama triple negativo (CMTN) se caracteriza por la ausencia de expresión de los receptores de estrógeno, progesterona y HER2, y presenta un pronóstico clínico complejo. La heterogeneidad molecular y clínica de este subtipo dificulta la predicción de desenlaces como la mortalidad y la recaída. En este contexto, las técnicas de aprendizaje de máquina brindan oportunidades para identificar patrones y subgrupos de pacientes que compartan características pronósticas similares. Objetivo: Desarrollar modelos de agrupamiento (aprendizaje no supervisado) y de predicción (aprendizaje supervisado) que permitan estimar la sobrevida global y la sobrevida libre de recaída en pacientes con CMTN, a partir de variables clínicas, demográficas y biomarcadores, con el fin de orientar estrategias terapéuticas más personalizadas. Métodos: Se llevó a cabo un estudio de cohorte retrospectiva con 4,808 pacientes mayores de 18 años diagnosticadas de CMTN. Se recolectaron datos sobre características sociodemográficas, estado funcional (Karnofsky, ECOG), comorbilidades (índice de Charlson), marcadores tumorales (BRCA1/2, Ki67, PD-L1, entre otros) y tratamientos recibidos. Agrupamiento – aprendizaje no supervisado: se aplicó el algoritmo k-prototipos (k-prototypes) para variables mixtas (categóricas y continuas). El número óptimo de conglomerados se determinó mediante el método del codo. Modelos de predicción: se entrenó un bosque aleatorio de sobrevida (survival random forest) para estimar la probabilidad de mortalidad y recaída, validando su desempeño mediante validación cruzada estratificada (k-fold cross-validation). Se emplearon métricas de exactitud, curva ROC, precisión, exhaustividad (recall) y puntaje F1 (F1-score). Resultados: Agrupamiento: se identificaron cuatro conglomerados con perfiles diferenciados en cuanto a edad, carga de comorbilidades, estado funcional e inmunomarcadores. Los grupos con mayor comorbilidad y peor ECOG presentaron tasas más altas tanto de mortalidad (hasta 42.3%) como de recaída (54.25%). Predicción: el modelo de bosque aleatorio obtuvo una exactitud cercana al 80% para mortalidad (área bajo la curva ROC, AUC=0.78) y al 75% para recaída (AUC=0.76). Las variables más influyentes fueron el índice de Charlson, el estado funcional (ECOG), la presencia de mutaciones BRCA1/2, la expresión de PD-L1 y factores antropométricos (peso, talla, IMC). Conclusiones: La combinación de algoritmos de agrupamiento y modelos predictivos basados en aprendizaje de máquina permitió estratificar el riesgo de manera más precisa en CMTN. Estos hallazgos resaltan la importancia de considerar tanto la heterogeneidad clínica como la molecular para optimizar las decisiones terapéuticas y el seguimiento, avanzando hacia una medicina personalizada en cáncer de mama triple negativo. (Texto tomado de la fuente)Item type: Ítem , Evaluación del efecto de metabolitos de Cannabis sativa y Piper nigrum sobre la expresión y señalización celular de GPR55 y PINK1 en modelos de glioblastoma multiforme(Universidad Nacional de Colombia, 2025) Turizo Smith, Andres David; Arboleda Bustos, Gonzalo Humberto; Marín Loaiza, Juan Camilo; Turizo Smith, Andres David [0000071294]; Turizo Smith, Andres David [0000000303584008]; Karen Lizzette Velasquez Mendez; Jean Carlos Martinez Perez; Luis Alejandro García Rairán; Jaime Arias Guatibonza; Nicolás Montoya Moreno,; Josefa Antonia Rodríguez García,; Turizo Smith, Andres David [Andres-D-Turizo-Smith]; Giffun-Grupo de Investigación en Fitoquímica y Farmacognosia de la Universidad Nacional de Colombia; Muerte CelularEl glioblastoma multiforme (GB) es un tumor astrocítico maligno que se caracteriza por un crecimiento rápido, gran invasividad y alta vascularización. A pesar de los avances en las técnicas quirúrgicas y en el desarrollo de nuevos protocolos en radio y quimioterapia, el pronóstico de los pacientes que padecen esta neoplasia sigue siendo precario. En algunos estudios epidemiológicos, la proteína PINK1 se ha vinculado a una reducción del riesgo de ciertos tipos de cáncer en pacientes con enfermedades neurodegenerativas y viceversa. Esta proteína interactúa en varios niveles con el eje de señalización oncogénicas PI3-quinasa/AKT/mTOR y controla funciones mitocondriales y metabólicas críticas que regulan la supervivencia en cáncer, la resistencia al estrés y el ciclo celular. Por otro lado, se ha informado que GPR55 y su ligando endógeno L-α-lisofosfatidilinositol (LPI) desempeñan un papel en varios tipos de cánceres. Se ha descrito un efecto potenciador de la proliferación de GPR55 en varias líneas de células cancerosas y se ha encontrado que el LPI está elevado en pacientes con cáncer; este aumento de la expresión del receptor se ha correlacionado con la agresividad tumoral y el aumento de la activación de la cascada de la cinasa ERK. El objetivo de este trabajo fue establecer, mediante una serie de ensayos y análisis in silico e in vitro, la acción de los metabolitos presentes en Cannabis sativa y Piper nigrum sobre las proteínas GPR55 y PINK1; y determinar su efecto citotóxico y las vías de señalización relacionadas, en líneas celulares y muestras de pacientes con GB. (Texto tomado de la fuente)Item type: Ítem , Identificación de biomarcadores predictivos de respuesta a la quimioterapia neoadyuvante en pacientes con cáncer de mama invasivo(Universidad Nacional de Colombia, 2025-04-21) Guevara Nieto, Hedda Michelle; Combita Rojas, Alba Lucía; López-Kleine, Liliana; Grupo de Investigación en Biología del cáncer – Instituto Nacional de Cancerología; Grupo de Investigación traslacional en oncología – Instituto Nacional de Cancerología; Grupo de Investigación en Bioinformática y Biología de SistemasEsta tesis doctoral investiga los mecanismos moleculares de resistencia a la quimioterapia neoadyuvante (QNA) en mujeres colombianas con cáncer de mama en estadios II y III, mediante tres enfoques complementarios. El primer enfoque analizó muestras emparejadas pre y post-tratamiento de pacientes no respondedores mediante secuenciación de ARN. Se identificaron genes diferencialmente expresados clave como FOS y NR4A1 en todos los subtipos moleculares (Luminal A, Luminal B/HER2+, Luminal B/HER2- y Triple Negativo). El análisis reveló que la QNA modula vías moleculares asociadas con la resistencia, incluyendo la respuesta inmunológica, señalización celular, biosíntesis de estrógenos y organización de la matriz extracelular. Se observó además un aumento en la infiltración de células inmunitarias específicas en el microambiente tumoral post-tratamiento. El segundo enfoque comparó muestras pre-tratamiento entre respondedores y no respondedores, identificando genes como APOD, CCL19, GPR132, FGF10 y HBB. Destacó APOD como biomarcador potencial con efecto protector en pacientes Luminal B/HER2-. Las vías inmunológicas aparecieron enriquecidas en no respondedores, sugiriendo su papel crítico en los resultados del tratamiento. El tercer enfoque examinó la ascendencia genética, encontrando que, aunque globalmente no hubo asociación significativa con la respuesta, existieron variaciones específicas en las proporciones de ascendencia africana e indígena americana en subtipos particulares. Se validaron FGF10, WT1 y HLF como biomarcadores pronósticos. La investigación enfatiza la importancia de integrar análisis transcriptómico, dinámica del microambiente tumoral y ascendencia genética para desarrollar estrategias terapéuticas personalizadas que mejoren los resultados clínicos en poblaciones diversas. (Texto tomado de la fuente).Item type: Ítem , Detección temprana de cáncer en población sintomática: desarrollo de un modelo multivariante y un modelo de aprendizaje de máquinas basados en bases de datos administrativas del sistema de salud colombiano y aplicados al cáncer gástrico(Universidad Nacional de Colombia, 2024-05) Murillo Moreno, Raúl Hernando; Buitrago Gutierrez, Giancarlo; Patiño Guevara, Diego Alejandro; Murillo, Raúl Hernando [https://scienti.minciencias.gov.co/cvlac/visualizador/generarCurriculoCv.do?cod_rh=0000264474]; Murillo, Raúl [0000000171879946]; Investigaciones Clínicas en CáncerEn Colombia, el cáncer gástrico es la primera causa de muerte por cáncer. En el momento no existen estrategias de tamización con eficacia demostrada para esta enfermedad y mejorar la oportunidad diagnóstica en sintomáticos representaría menor esfuerzo para sistemas de salud y pacientes. Diversos modelos utilizan síntomas y factores de riesgo restringidos a variables con muy alto valor predictivo positivo. La inteligencia artificial posibilita la búsqueda de nuevas alternativas, pero los estudios en este campo se orientan a mejorar la interpretación de imágenes endoscópicas o a mejorar modelos epidemiológicos preexistentes. Adicionalmente, no se conocen trabajos desarrollados en Latinoamérica. Utilizando bases de datos del sistema de salud, este trabajo abordó la problemática descrita mediante el análisis de la asociación del diagnóstico de cáncer gástrico con diagnósticos y procedimientos registrados en todas las atenciones previas al diagnóstico de cáncer, sobre la idea de que el registro sistemático de todas las atenciones permite identificar el rastro que deja el paciente durante el desarrollo de la patología oncológica. Se realizó un estudio con dos componentes: modelo multivariado de predicción clínica (prospectivo) y modelos de predicción basados en aprendizaje de máquinas (retrospectivo). Se utilizó la base de datos para cálculo de la Unidad de Pago por Capitación en el régimen contributivo del sistema de salud y la información de defunciones del sistema de estadísticas vitales. Se seleccionaron periodos de análisis con base en la disponibilidad, suficiencia, comparabilidad y consistencia de los datos. Modelo multivariante: Se incluyeron pacientes de 40 a 90 años que usaron servicios en 2011. Se excluyeron pacientes con diagnóstico de cáncer o fallecidos ese año. Se utilizó regresión logística LASSO para seleccionar variables predictoras. Las anemias carenciales se definieron como variable de exposición, y el índice de comorbilidad de Charlson modificado como covariable. En total conformaron la cohorte 14.399 individuos con anemia (expuestos) y 44.961 sin anemia (no expuestos). Se analizó el riesgo de diagnóstico de cáncer gástrico mediante una función de incidencia acumulada. Posteriormente se utilizó un modelo de riesgos competitivos. Se observaron diferencias en edad, sexo y lugar de residencia entre expuestos y no expuestos. El riesgo relativo para el diagnóstico de cáncer gástrico fue 1,53 (IC95% 1,51-1,54), con fracción atribuible 47,1 y fracción atribuible poblacional 17,8. La mediana de tiempo al diagnóstico fue 28,2 y 36,7 meses para expuestos y no expuestos. La incidencia de cáncer gástrico a 60 meses con anemia fue 7,6 por 1.000 (IC95% 6,1-9,1) y sin anemia 2,4 por 1.000 (IC95% 1,9-2,8). En el modelo de riesgos competitivos la anemia mostró la mayor fuerza de asociación. Modelo de aprendizaje de máquinas: Se seleccionaron pacientes de 30 a 90 años con y sin diagnóstico de cáncer gástrico entre septiembre y diciembre de 2017. Se utilizaron dos periodos de análisis: próximo al desenlace (enero-agosto 2017) y dos años previos al desenlace (septiembre 2015-agosto 2017). En el último caso se dejó un periodo de lavado de seis meses para reducir el efecto de diagnósticos y procedimientos cercanos al desenlace. Se filtraron variables predictoras (CIE10 diagnósticos y CUPS procedimientos). Se incluyeron 1.426 y 1.462 variables para los análisis a uno y dos años, respectivamente. Se utilizaron tres modelos: regresión logística LASSO, bosques aleatorios y potenciación del gradiente. Se evaluó el desempeño mediante el área bajo la curva (AUROC), exactitud (accuracy), sensibilidad, especificidad, valor predictivo positivo (VPP) y valor predictivo negativo (VPN). Se calculó el número necesario a seguir (NNT) en función de la probabilidad de diagnóstico de cáncer. Se incluyeron 4.965.931 y 5.175.620 individuos para el seguimiento a uno y dos años, dentro de los cuales hubo 1.426 y 1.462 casos de cáncer gástrico, respectivamente. La mayoría fueron mujeres, la edad promedio 58 y 53 años en pacientes con y sin cáncer gástrico, el número de atenciones fue mayor en pacientes con cáncer gástrico. Los coeficientes para las variables predictivas fueron mayores en el análisis de un año. A su vez, los diagnósticos mostraron mayor capacidad predictiva en ambos periodos de análisis. El AUROC no mostró diferencias entre modelos en el análisis a dos años; sin embargo, al utilizar el mejor punto de corte de cada modelo, la sensibilidad para LASSO fue mayor que para bosques aleatorios y potenciación de gradiente (65,4%; 27,8% y 57,9%). La especificidad fue mayor en los bosques aleatorios. La mayor capacidad predictiva la tuvo la regresión logística LASSO en el año previo al diagnóstico. En todos los modelos, el desempeño se mejoró con el incremento del punto de corte (mayor probabilidad de predicción del desenlace), esencialmente por un incremento de la especificidad. Los VPP en todos los modelos fueron menores de 1% en razón a la baja prevalencia de la enfermedad. El AUROC no mostró diferencias entre el ejercicio de validación interno (entrenamiento) y la validación externa. Consistentemente, municipios ubicados en la zona de montaña estuvieron dentro de las variables con coeficientes más altos mientras que municipios de la Costa Atlántica estuvieron dentro de las variables con coeficientes más bajos. En el análisis a dos años, la proporción de individuos que requieren seguimiento para detectar al menos el 70% de los casos de cáncer gástrico es 16,1%; 16,5%; y 20,4% según LASSO, bosques aleatorios y potenciación del gradiente, respectivamente; esto equivale a un NNT de 1.170, 1.230, y 1.498. La regresión logística LASSO a un año muestra que se debe seguir el 10,6% de la población para detectar al menos el 70% de los casos de cáncer gástrico (NNT 790). Conclusiones: El presente estudio representa un abordaje innovador del aprendizaje de máquinas al utilizar información no sesgada de toda expresión sintomática de la enfermedad en su fase previa al diagnóstico. La regresión logística LASSO mostró mejor desempeño que los modelos restantes incluido el modelo multivariante. El desempeño observado puede mejorarse en población de mayor riesgo como los residentes en los municipios de alta montaña. Los resultados tienen potencial de uso en la práctica clínica dada su capacidad discriminativa y el NNT, pero su uso en la rutina de los servicios debe estar precedido de su correcta validación clínica (Texto tomado de la fuente).Item type: Ítem , Caracterización molecular y farmacogenética en una muestra de pacientes con leucemia mieloide aguda y su correlación con la estratificación del riesgo y respuesta al tratamiento. Una aproximación hacia los patrones moleculares de la leucemia mieloide aguda pediátrica en población colombiana(Universidad Nacional de Colombia, 2024) Yunis Hazbun, Luz Karime; Yunis Londoño, Juan José; Linares Ballesteros, Teresa Adriana Elvira; Yunis Hazbun, Luz Karime [0000000333655196]; Patología Molecular; Oncohematologia PediatricaIntroducción y objetivo: Existen pocos estudios describiendo las alteraciones genómicas en pacientes pediátricos con leucemia mieloide aguda (LMA) en países latinoamericanos. El objetivo fue identificar alteraciones genómicas, características clínicas y desenlaces en una cohorte de pacientes pediátricos con LMA no promielocítica de Bogotá D.C. Diferentes estudios han demostrado variantes farmacogenéticas relacionadas con la toxicidad de fármacos en pacientes con leucemia mieloide aguda. El desarrollo de resistencia a la quimioterapia es un factor relevante en el tratamiento de la LMA y es responsable en parte de las recaídas y el aumento de la toxicidad en las terapias de segunda línea. Por otro lado, siendo Colombia un país multiétnico y pluricultural, compuesto por tres grupos étnicos principales: población mixta derivada de Europa (Adm-Col), afrodescendientes (Afr-Col) y población amerindia (Amer), es importante determinar los componentes de ancestría en los pacientes pediátricos con LMA, así como en una muestra representativa de los tres grupos étnicos principales del país para conocer si la ancestría podría estar asociada a desenlaces en la muestra analizada. El objetivo fue identificar la frecuencia de alteraciones genómicas (cromosómicas, y genéticas) mediante estudios de citogenómica, pruebas rápidas por PCR-electroforesis capilar y análisis mediante secuencia de próxima generación con un panel de 30 genes recurrentemente alterados en LMA, así como la frecuencia alélica y genotípica de las variantes de algunos genes asociados a respuesta terapéutica o toxicidad como ABCB1, CDA, DCK, GSTT1 y GSTM1 en pacientes pediátricos con LMA y en una muestra representativa de la población colombiana y el análisis de ancestría mediante 46 marcadores informativos de ancestría tipo Indel (AIM-Indel) y evaluar la asociación de estas variantes genéticas con los resultados clínicos y la toxicidad en pacientes pediátricos con leucemia mieloide aguda. Materiales y métodos: Estudio observacional descriptivo de cohorte, se incluyeron 51 pacientes con LMA de novo (no promielocítica) hasta los 18 años de edad. Se realizó análisis de citogenética convencional y FISH, secuencia de nueva generación (ABL1, ASXL1, BRAF, CALR, CBL, CEBPA, CSF3R, DNMT3A, ETV6, EZH2, FLT3, HRAS, IDH1, IDH2, JAK2, KIT, KRAS, MPL, NPM1, NRAS, PTPN11, RUNX1, SETBP1, SF3B1, SRSF2, TET2, TP53, U2AF1, WT1, ZRSR2) utilizando el panel Myeloid Plus kit de SOPHIA Genetics (Sophia Genetics SA, Saint Sulpice, Suiza) y pruebas rápidas de PCR-EC para FLT3, NPM1 y CEBPA. Se evaluó la correlación entre los datos genómicos, la respuesta al tratamiento y los desenlaces. Adicionalmente, se incluyeron 457 muestras de los tres grupos étnicos principales de Colombia (Adm-Col, Afr-Col y Amer). Se utilizó una prueba de SNaPshot™ y una PCR convencional para evaluar las variantes ABCB1 rs1045642 (3435G>A), rs1128503 (1236G>A), rs2032582 (2677C>A/T); CDA rs2072671 (79A>C), rs532545 (-451C>T); DCK rs2306744 (-201C>T), rs3771182313 (72C>T) como control, y genotipo nulo en GSTT1 y GSTM1. El análisis de ancestría se realizó mediante la amplificación de 46 AIM-Indel mediante PCR múltiplex, seguido de electroforesis capilar y comparación con poblaciones de referencia. Los resultados clínicos y las asociaciones de toxicidad se evaluaron utilizando odds ratio y análisis de chi-cuadrado, adicionalmente se evaluó la supervivencia libre de evento. El componente de ancestría se evaluó mediante el programa STRUCTURE. Resultados: El 67,4% de la cohorte presentó una alteración citogenética y el 74,5% variantes genéticas. Se identificaron variantes en FLT3 en el 27,4 %, seguidas de NRAS (21,6 %), KRAS (13,7 %), WT1 y KIT (11,8 %). El 66% de los pacientes fueron estratificados como alto riesgo al final de la inducción. FLT3-ITD presentó una probabilidad mayor a recaída 11,25 OR (IC 95 % 1,89-66,72, p 0,006) y NRAS con muerte durante la inducción 16,71 OR (IC 95 % 1,51-184,59, p 0,022). Los pacientes portadores del genotipo GG en ABCB1 (1236G>A, rs1128503) tuvieron un mayor probabilidad a presentar cardiotoxicidad OR de 6,8 (IC 95 % 1,08-42,73, p 0,044) en comparación con los pacientes portadores de los genotipos AA o GA 0,14 OR (IC 95 % 0,023- 0,92, p 0,044). Para ABCB1 (1236G>A rs1128503/ 2677C>A/T rs2032582/ 3435G>A rs1045642) los genotipos combinados AA/AA/AA tuvieron con una mayor probabilidad a presentar muerte después del trasplante de precursores hematopoyéticos OR 13,73 (IC 95% 1,94-97,17, p 0,009). Los genotipos combinados GG/CC/GG con genotipo CA de CDA (79A>C, rs2072671) o el genotipo CT en CDA (-451C>T rs532545), tuvieron un OR de 4,11 (IC 95% 2,32-725, p 0,007) y OR de 3,8 (IC 95% 2,23-6,47, p 0,027) con enfermedad residual medible >0,1% después del primer ciclo de quimioterapia, respectivamente. Se encontraron frecuencias alélicas y genotípicas diferentes para las variantes genéticas analizadas en los tres principales grupos étnicos de Colombia. En general, se encontraron frecuencias más altas de genotipos asociados con riesgo de toxicidad en Afr-Col en comparación con Adm-Col y población Amer. Por otro lado, el análisis de ancestría en las muestras de pacientes pediátricos con LMA mostró una distribución similar de mezcla étnica a la encontrada en la población Adm-Col. Este resultado por el momento descarta que el componente de ancestría en la muestra de pacientes pediátricos con LMA en esta cohorte esté asociado a un mayor riesgo de eventos adversos y toxicidad en la muestra analizada. Conclusiones: Nuestro estudio destaca la importancia de una rápida incorporación de las pruebas genéticas en el diagnóstico y tratamiento de la LMA pediátrica en Colombia, ya que incide directamente en la estratificación del riesgo y el tratamiento. Por otro lado, estos resultados resaltan la importancia del análisis farmacogenético en la LMA pediátrica, particularmente en poblaciones con un alto grado de mezcla, los cuales podrían ser útiles como una herramienta futura en la estratificación de pacientes para el tratamiento. Por último, los resultados de ancestría obtenidos en la muestra de pacientes pediátricos analizados son similares a los obtenidos para la muestra de población colombiana mezclada derivada de europeos (Adm-Col) de la región andina colombiana, y descartarían la contribución de un componente de ancestría específico (Adm-Col) asociado a eventos adversos o toxicidad (Texto tomado de la fuente).Item type: Ítem , Caracterización del contenido de exosomas asociados a tumor en una población con cáncer gástrico(Universidad Nacional de Colombia, 2023-11-23) Rincón-Riveros, Walter Andrés; López Kleine, Liliana; Villegas Galvez, Victoria Eugenia; Rodríguez, Josefa Antonia; Rincón Riveros Walter Andrés; 0000-0002-6654-0195; Grupo de Investigación en Bioinformática y Biología de Sistemas; Moléculas Biológicas y Actividad Celular (Universidad del Rosario); Biología del Cáncer (Instituto Nacional de Cancerología)A nivel mundial, uno de los tipos de cáncer con mayor incidencia y mortalidad es el cáncer gástrico, que ocupa el quinto lugar en incidencia con más de 1. 000.000 de casos nuevos en 2020, lo que correspondió al 5.6% del total de casos de cáncer a nivel mundial, y con una mortalidad que supera los 750.000 decesos, de acuerdo con lo reportado en Globocan 2020. El cáncer gástrico es 50% más común en hombres que en mujeres. Según Cancer Today de la Agencia Internacional para la investigación en cáncer (IARC), el cáncer gástrico es la principal causa de muerte por cáncer en hombres en Colombia, con aproximadamente 3.963 muertes y la quinta causa de muerte en mujeres con más de 2.488 muertes, por lo cual es considerado como un problema de salud pública. Su alta mortalidad es debida en parte, a la dificultad para realizar un diagnóstico oportuno, y aunque la prueba de oro para el diagnóstico de este cáncer es la endoscopia-biopsia, esta prueba no es costo-efectiva para ser implementada como prueba de tamizaje en países que están en vías de desarrollo. Los exosomas son vesículas de entre 30 y 100nm de diámetro, secretadas por las células cuya síntesis, en el sistema endosomal, es mediada por la formación de cuerpos multivesiculares (MVB) que se fusionan con la membrana celular para liberarlas al ambiente extracelular. Poseen una membrana bi-lipídica rica en colesterol, ceramidas, y residuos de fosfatidilserina; y transportan una amplia variedad de DNA, RNA, proteínas y lípidos que les confieren una gran variedad de funciones en diferentes escenarios, que abarcan desde el transporte de moléculas y la comunicación célula-célula a nivel local o sistémico, hasta la regulación inmunológica. Los exosomas derivados de células tumorales juegan un papel fundamental en el microambiente tumoral al favorecer la comunicación entre las células tumorales, o entre éstas y las células del sistema inmune. Se considera que su secreción es un mecanismo mediante el cual el tumor es capaz de favorecer su propio desarrollo al transportar moléculas moduladoras del sistema inmune tales como HLA-G, PD1, PD-L1, CTLA-4, oncoproteínas y factores de crecimiento. También se ha descrito su papel en la transferencia horizontal de diversos tipos de RNA capaces de incrementar la agresividad de las células tumorales. Dada la importancia de los exosomas en el desarrollo y progresión del cáncer gástrico, este estudio tuvo como objetivo identificar y caracterizar los contenidos biológicos de los exosomas asociados a tumor, con el fin de obtener información relevante acerca del papel de los exosomas en el desarrollo y establecimiento de la enfermedad. La investigación fue desarrollada en dos fases: inicialmente se realizó un estudio in-silico en el cual se ejecutó un metaanálisis con 7 bases de datos de miRNAs provenientes de exosomas aislados de diferentes tipos de cáncer, en búsqueda de un patrón molecular común a todos ellos. Posteriormente se desarrolló la fase experimental, en la cual se incluyeron exosomas aislados del plasma de 30 pacientes: 20 con cáncer gástrico y 10 con enfermedades gástricas benignas. La metodología empleada para desarrollar la etapa experimental incluyó un protocolo ajustado para la obtención de los exosomas a partir de plasma humano, su caracterización por microscopía electrónica de barrido, análisis de nano-partículas y detección de la expresión de proteínas propias de los exosomas. Una vez caracterizados los exosomas, se realizó la extracción de los miRNAs y las proteínas, y luego, mediante el uso de técnicas de nueva generación como RNA-seq y espectrometría de masas, se determinó su composición en cuanto a miRNAs y proteínas. Se identificó una firma de 9 miRNAs y 35 proteínas con expresión diferencial entre los pacientes con cáncer gástrico y aquellos con enfermedades gástricas benignas, asociadas con procesos biológicos y rutas metabólicas involucradas en la carcinogénesis. En cuanto a la caracterización a nivel de proteínas, se identificaron más de 700 proteínas en los exosomas de pacientes con cáncer gástrico y con enfermedades gástricas benignas. Se determino 5 proteínas con implicaciones en el desarrollo del cáncer y que pueden ser estudiadas con el fin de establecer su utilidad como biomarcadores. Los resultados aquí presentados pueden ser tomados como punto de partida para el descubrimiento de nuevos biomarcadores para el diagnóstico y seguimiento del cáncer gástrico a partir de exosomas aislados en biopsia liquida. (Texto tomado de la fuente)