En Colombia hay sembradas cerca de 36.350 hectáreas de caucho las cualesproveen apenas el 5% del volumen total de látex que se requiere para suplir la demanda de la industria nacional (Fuente: MADR- Agronet, 2010), razón por la cual, el gobierno Nacional ha venido estimulando la ampliación de áreas dentro del sector heveícola, con el consiguiente establecimiento de viveros y jardines clonales sujetos a ser afectados por el Mal Suramericano de las Hojas de Caucho o SALB (South American Leaf Bligth of Rubber), enfermedad causada por el hongo ascomiceto Microcyclus ulei. Este patógeno constituye el principal limitante fitosanitario del caucho de América Central y América del Sur. En el curso de la presente investigación se aislaron 57 cepas de Microcyclus ulei, procedentes de diferentes cultivos ubicados en los Llanos Orientales de Colombia, a los cuales se les aplicó un protocolo estandarizado de extracción de ADN y se les realizó un análisis de diversidad genética, utilizando diferentes aplicaciones estadísticas a los resultados de la amplificación por PCR (AFLPs) de las combinaciones de cebadores EcoRI-C/MseI-CA, EcoRI-AT/MseI-A, EcoRI-AT/MseI-C, EcoRI-AT/ MseI-C. La técnica de AFLPs aplicada permitió la ampliación de 102 bandas, donde 60,78 % fueron polimórficas y 19.2 % exclusivas de las localidades de obtención de los aislamientos. Los análisis realizados permitieron la agrupación de los aislamientos en tres grandes grupos, los cuales mostraron una amplia divergencia. Sin embargo, se observó baja diversidad genética entre los aislamientos, de los cuales solamente once asilamientos (19.3 %) fueron identificados como ampliamente divergentes de estos grupos. No se encontró correspondencia entre los grupos determinados y la localidad de origen. / Abstract: Considering that in Colombia there are near 36350 hectares of rubber, and so far only provides 5% of the volumen of latex that is required to meet the demand of domestic industry (Source: MADR-Agronet, 2010) the government aims to stimulate the sector National Heveicola to increase the number of hectares planted, this requires the establishment of clonal nurseries and gardens that are not exempt from being affected by evil South American Rubber Leaves or SALB, a disease causaed by the ascomycete Microcyclus ulei, this pathogen is the main limitation of the rubber plant in Centro and South America. In the present study were isolated 57 strains of Microcyclus ulei, for which standariaed a protocol for DNA extraction and analysis was performed of genetic variability, using combinations of primers MseI-CA/EcoRI-C, EcoRI-AT/MseI-A, EcoRI-AT/MseI-C, EcoRI-AT/MseI-C AFLP technique, we obtained 102 bands, where a polymorphic 60.78% and 19.2% were exclusive to the localities. Low genetic variability was observed among isolates of the causal agent of South American Bad Rubber Sheets analyzed. It was possible to observe the formation of three major groups to eleven isolation (19.3%) of the sample, with wide divergence of these groups. There was no correspondence between particular groups and geographic origin.