Se estableció un banco de ADN a partir de 320 introducciones de Cucurbita moschata, 45 Cucurbita moschata var bicolor, 22 de Cucurbita moschata sp y una de Cucurbita máxima provenientes de la colección del Grupo de Hortalizas de la Universidad Nacional de Colombia sede Palmira. Se seleccionó 20 muestras de ADN de introducciones procedentes de México, Honduras, El Salvador, Costa Rica, Guatemala y Colombia para evaluar ocho marcadores moleculares, siete de origen ADNcp (AdhC, G3pdh, rpl32-trnL, ndhF-rpl32, 3’rps16–5’trnK(UUU), trnQ(UUG)- 5’rps16, psbA-trnH) y uno ADNnr (ITS4-ITS5A) como candidatos a código de barras de ADN para la autenticación de la especie. Todos los marcadores moleculares, excepto AdhC, rpl32-trnl y G3pdh, fueron evaluados por su capacidad de amplificación a través de la técnica de Reacción en Cadena de la Polimerasa (PCR). Se generaron 200 secuencias in silico para su edición, anclaje y alineamiento. Se midió su tasa de éxito en la amplificación y generación de secuencias, sitios polimórficos, divergencia intraespecífica e interespecífica y la capacidad de discriminación. El loci ITS4-ITS5A mostró un 100% de éxito en su amplificación, con 19 haplotipos siendo el más polimórfico entre los marcadores evaluados, su divergencia intraespecífica promedio fue de 0,020 y divergencia interespecífica del 0,077. Manifestó una identificación del 96% y 98% a nivel de género y especie respectivamente. El loci ITS4-ITS5A del cistròn 18S-5.8S-26S del ADN ribosomal, presentó la más alta eficiencia en la identificación a nivel de especies, postulando como un potente código de barras de ADN para C. moschata. Sin embargo, para validar la información se requiere información morfológica y taxonómica detallada que sustente la investigación, con el objetivo de no adoptar decisiones definitivas.//Abstract: It was established a DNA bank from 320 introductions of Cucurbita moschata, 45 Cucurbita moschata var. bicolor, 22 Cucurbita moschata sp. and Cucurbita maxima from collection of Hortalizas group from Universidad Nacional de Colombia sede Palmira. Was selected 20 samples of introductions from Mexico, Honduras, El Salvador, Costa Rica, Guatemala and Colombia to evaluate eight molecular markers, seven from cpDNA origin (AdhC, G3pdh, rpl32-trnL, ndhF-rpl32, 3’rps16– 5’trnK(UUU), trnQ(UUG)-5’rps16, psbA-trnH) and one DNAnr (ITS4-ITS5A) as candidates to DNA barcoding for authentication of the species. All molecular markers, except AdhC, rpl32-trnl and G3pdh, were evaluated for its amplification capacity through the technique of Polymerase Chain Reaction (PCR). 200 sequences were generated in silico for its editing, anchoring and alignment. It was measured the rate of success in amplification and sequence generation, polymorphic sites, intraspecific and interspecific divergence, and discrimination ability. The ITS4-ITS5A loci showed 100% success in its amplification, being the most polymorphic between markers evaluated with 19 haplotypes, its average intraspecific divergence was 0.020 and 0.077 of interspecific divergence. Was manifested an identification of 96% and 98% to genus and species levels, respectively. The loci ITS4-ITS5A of cistron 18S-5.8S-26S from ribosomal DNA, showed the highest efficiency in the identification to species level, postulating as a potent DNA barcode for C. moschata. However, to validate the information, it required detailed morphological and taxonomic information that supports the research, in order to not adopt final decisions.