Brycon henni (sabaleta), es una especie nativa de la cuenca del río Magdalena y tributarios. En el departamento de Antioquia se distribuye en los ríos Nechí, Porce, Grande, Nus, Anorí, Nare y Guatapé, donde por décadas ha sido aprovechada por los campesinos y pescadores deportivos. Su sobre-explotación podría generar una pérdida de la variabilidad genética en sus poblaciones. En este estudio, fue determinada la variabilidad genética y la estructura poblacional en Brycon henni E. en la cuenca media de los ríos Nare y Guatapé. Se extrajo ADN genómico total de 195 ejemplares, para su evaluación con cebadores para amplificación de regiones de ADN microsatélite y con oligonucleótidos para la técnica RAPD (Random Amplifyed Polimorphic DNA). Con relación a las regiones de ADN microsatélite, no se obtuvieron amplificaciones de utilidad, solo múltiples bandeos inespecíficos y monomórficos con algunas de las secuencias, sin utilidad en la estimación de variabilidad y estructura genética. Por el contrario, con la amplificación de secuencias RAPD se hallaron 66 fragmentos diferentes, de los cuales un 63% fueron polimórficos. Mediante análisis de varianza molecular (AMOVA), se mostró estructuración poblacional para todos los sitios en las dos cuencas evaluadas y para la cuenca del río Nare (ΦST =0.297 y ΦST =0.163, p0.001; respectivamente). Se estimaron las distancias genéticas y se encontró que todas las poblaciones diferían entre sí (p0.01). La matriz de distancias genéticas permitió discriminar entre ejemplares provenientes de las dos cuencas. Se realizó un Test de Mantel y se halló correlación entre las distancias genéticas y geográficas (r=0,431; p0.001, ambas cuencas; r=0.377, p0.001, cuenca del río Nare ). Los hallazgos de este trabajo sugieren la ocurrencia de una población estructurada, y pueden tener implicaciones importantes para la conservación de la variabilidad genética de diferentes poblaciones naturales de Brycon henni.