Análisis de diversidad de aislados latinoamericanos del virus del mosaico común de la yuca (CsCMV; Género Potexvirus) caracterización biológica, diagnóstico molecular y obtención de genoma completo

Abstract

La enfermedad del mosaico común de la yuca CCMD puede causar pérdidas de hasta el 30% en la producción. Esta enfermedad es causada por el virus del mosaico común de la yuca (CsCMV; familia: Alphaflexiviridae) que ha sido registrado en varios países de Suramérica; sin embargo, la diversidad genética y el estado actual del virus en Colombia es desconocido. El objetivo de este trabajo fue determinar la diversidad genética en este virus y el estado actual del CsCMV en dos departamentos de Colombia (Sucre y Amazonas). En este estudio se evaluaron 217 genotipos de yuca procedentes del campo y 61 accesiones de la colección del Centro Internacional de Agricultura Tropical (CIAT). Se realizaron pruebas biológicas observándose variabilidad de síntomas propios del CsCMV, pruebas serológicas y moleculares con las cuales se detectó la presencia de este virus en infecciones simples y en infección mixta con otros virus en plantas de yuca, estableciéndose un nuevo método de diagnóstico por RT-PCR para el CsCMV. Se caracterizaron dos genomas virales completos y se reportaron secuencias virales parciales correspondientes a la replicasa viral (RdRp) y la proteína de la cubierta (CP). De acuerdo con los análisis filogenéticos sobre las secuencias de la RdRp, se evidenció una alta diversidad nucleotídica (π=0,08863) que demarca variabilidad. Las evidencias halladas en este estudio sugieren que existe una amplia diversidad en el CsCMV y que la presión ambiental juega un importante papel en la evolución de este virus.

//Abstract: Cassava common mosaic disease (CCMD) can cause up to 30% of yield lost. This disease is caused by the common mosaic Cassava virus (CsCMV; family: Alphaflexiviridae) which has been registered in several South American countries. However, the genetic diversity and the current status of the virus in Colombia is still unknown. The objective of this study was to assess the genetic diversity of this virus and the current status of the CsCMV in two Colombian departments (Sucre and Amazonas). We evaluated 278 cassava genotypes collected from the field, 61 of them from the International Center of Tropical Agriculture (CIAT) collection. We inoculated the virus in susceptible host plants, and observed variability in the CsCMV characteristic symptoms, suggesting that there is variability in the virus. Also, we evaluated the presence of the virus in single and mixed infections with other virus in cassava genotypes by performing serological and molecular tests, and aCsCMV new diagnostic method based on with RTPCR was developed. We characterized two complete viral genomes and reported partial virus sequences corresponding to the viral replicase (RdRp) and the coat protein (CP). The phylogenetic analysis with the viral RdRp sequences and the high nucleotide diversity (π=0.08863) suggested a high virus genetic diversity, and an overall tendency for high mutation rate, which does not affect the function of the protein (X/Y=Z). We suggest that the selection force acting on the virus from the CIAT‟s collection is neutral, meanwhile the for field genotypes they have a selection purifying tendency. This difference in type of selection may be possibly due to environmental pressure.