Variabilidad genética de los genes P26 y P10 en aislamientos colombianos de Potato yellow vein virus y análisis estructural de las proteínas en ortólogos de Crinivirus

Abstract

Potato yellow vein virus es un virus reemergente, cuarentenario, perteneciente al género Crinivirus; familia Closteroviridae. Es el agente causal de la enfermedad conocida como amarillamiento de venas de la papa y puede llegar a reducir hasta un 50% la producción. Esta especie viral además afecta tomate, uchuva y puede permanecer de manera asintomática en estos cultivos. Su transmisión está mediada por semilla vegetativa (tubérculos), vector (Trialeurodes vaporariorum) e injertos. Dentro de su genoma codifica dos genes, el P26 y P10 que no han sido estudiados en PYVV y son ortólogos en el género Crinivirus, estos genes son importantes como factores de patogenicidad . En este estudio se analizó la variabilidad genética a partir de 42 y 45 secuencias de P26 y P10 respectivamente las cuales fueron obtenidas a partir de la extracción y amplificación por RT-PCR del RNA total de 45 muestras sintomáticas de diferentes variedades de papa procedentes de los departamentos de Nariño, Cundinamarca y Boyacá. Los análisis de variabilidad basado en análisis de haplotipos, índices de diversidad y recombinación, muestran que hay exceso de polimorfismos de baja frecuencia con tendencia a la selección negativa y revelan que P26 es más variable que P10 y a la vez ambos son más variables en papa Andígena que en Phureja. Por otro lado se encontró que las proteínas siendo tan diferentes a nivel de secuencia en todos los Crinvirus, presentan un patrón que es determinado por las estructuras secundarias y terciarias lo que indica que además de ser ortólogos las proteínas podrían ser homólogas. (Texto tomado de la fuente).

Potato yellow vein virus is a reemerging, quarantine virus, belonging to the genus Crinivirus; Closteroviridae family. It is the causal agent of the disease known as Potato Yellow Vein Disease and can reduce production by up to 50%. This viral species also affects tomato, and can remain asymptomatic in these crops. Its transmission is mediated by vegetative seed (tubers), vector (Trialeurodes vaporariorum) and grafts. Within its genome it encodes two genes, the P26 and P10 that have not been studied in PYVV and are orthologs in the genus Crinivirus, these genes are important as pathogenicity factors. In this study the genetic variability was analyzed from 42 and 45 sequences for P26 and P10 genes respectively, which were obtained from the extraction and amplification by RTPCR of the total RNA of 45 symptomatic samples of different potato varieties from the departments of Nariño, Cundinamarca and Boyacá. The analysis of variability based on haplotype analysis, diversity indices and recombination, showing that there are excess of low frequency polymorphisms with a tendency to negative selection and reveal that P26 is more variable than P10 and at the same time both are more variable in Andigena potato than in Phureja. On the other hand it was found that the proteins being so different at the level of sequence in all the Crinvirus, present a pattern that is determined by the secondary and tertiary structures which indicates that in addition to being orthologs the proteins could be homologous.