El presente documento surgió de investigar los efectos de la modificación del hábitat sobre la diversidad, composición, estructura y función de los murciélagos en la Reserva Forestal Natural de Yotoco. Entre agosto y diciembre del 2009 se realizaron capturas de murciélagos en tres zonas seleccionadas por su cercanía al borde (interior, amortiguamiento y borde), y se colectaron las heces dejadas por los murciélagos en el momento de la captura. Además se construyeron dos parcelas de germinación para ver el efecto de los murciélagos sobre las semillas consumidas. En total fueron registradas 21 especies de murciélagos, 15 géneros y dos familias. El interior del bosque presentó la mayor abundancia y diversidad de especies; sin embargo no hubo diferencias estadísticas con respecto a las otras zonas muestreadas. Artibeus lituratus fue la especie más abundante en borde y Dermanura phaeotis en el interior del bosque y la zona de amortiguamiento, registrando como raras a la mayoría de las especies capturadas. En cuanto a la estructura trófica se encontró que aunque la abundancia de las semillas no mostró diferencias significativas entre zonas, fue superior en la zona de amortiguamiento, zona que presentó la mayor riqueza de especies de plantas. Por último el experimento de germinación mostro que las semillas de algunas especies aumentaron su capacidad y velocidad de germinación al ser consumidas por los murciélagos; además se registró que el sitio y la especie consumidora también inciden en la germinación de las semillas. / Abstract. This paper grew out of researching the effects of habitat modification on diversity, composition, structure and function of bats in Yotoco Natural Forest Reserve. Between August and December 2009 to capture bats in three areas selected for its proximity to edge (inner, buffer and edge), and collected the feces left by the bats at the time of capture. In addition, two parcels of germination built to see the effect of bats on seed consumed. In total there we registered 21 species of bats, 15 genera and 2 families. The forest inner had the highest abundance and species diversity, but there were no statistical differences with respect to the other areas sampled. Artibeus lituratus was the most abundant species on the edge and Dermanura phaeotis inside the forest and buffer zone, recorded as rare in most species caught. On the trophic structure was found that although no significant difference in the abundance of seeds between areas, in buffer zone seed abundance was higher and also had the highest plant species richness. Finally, the experiment showed that seed germination of some species increased their capacity and speed of germination to be eaten by bats, plus the site was registered and consumer species also affect the germination of seeds.