La finalidad de este trabajo de tesis fue estudiar la producción de biodiesel y bioetanol a partir de microalgas ricas en aceite y almidón a bajo costo. Todo esto respetando la tierra cultivable para alimentos, siendo amigable con el ambiente. A lo largo de esta propuesta se muestran técnicas de cultivo de biomasa de microalgas en sistemas abiertos y cerrados, métodos de recolección, extracción de metabolitos y dos caminos para la obtención de biocombustibles, al caso, etanol y biodiesel. Se busca evaluar el potencial de las microalgas a nivel industrial vía modelación y simulación. Para esto se evalúa el proceso de producción y su impacto económico, ambiental y social. Todo lo anterior fue analizado desde la óptica de procesos multiproducto aproximados a biorefinerías. Además de examinar a nivel experimental el cultivo de biomasa de microalga en sistemas heterotróficos adecuados a las necesidades de monitoreo y en sistemas cerrados tipo fotoreactor / Abstract: The purpose of this thesis was to study the production of bioethanol and biodiesel from microalgae rich in oil and starch at low cost. All this while respecting the arable land for food being environmentally friendly. Throughout this proposal are culture techniques microalgae biomass in open and closed systems, methods of collection, extraction of metabolites and two ways to obtain biofuels, the case, ethanol and biodiesel. It seeks to assess the potential of microalgae industrial level via modeling and simulation. For that evaluates the process of production and its economic, environmental and social. All this was discussed from the viewpoint of multiproduct process approximate to biorefineries. In addition to examining experimentally the cultivation of microalgae biomass of X heterotrophic systems appropriate to the needs of monitoring and type photoreactor in closed systems.