El café producido en Colombia se incorpora como valor agregado de los productos de otras industrias y al mercado de los cafés especiales. Uno de los principales productos de exportación de COLCAFÉ S.A.S. es el extracto líquido de café, el cual debe cumplir unos parámetros de calidad microbiológica, fisicoquímica y sensorial, bastante exigentes para los mercados internacionales, que permitan garantizar su conservación durante su almacenamiento y transporte por varias horas o días. El objetivo de este trabajo fue evaluar el uso de las microondas y la nisina en la inactivación de Bacillus licheniformis de un microorganismo termo resistente en el extracto líquido de café. Cuando se sometió el extracto de café a un proceso dieléctrico utilizando un microondas doméstico con una frecuencia de operación de 2,45GHz., se obtuvo que la mayor disminución de UFC/mL de 2 ciclos logarítmicos sin afectar las propiedades sensoriales del producto, ocurre cuando el sistema es operado bajo un tiempo de 19 segundos, volumen de la muestra de 11 mL y nivel de potencia de seis. Con relación al uso de la nisina, se logró determinar que la concentración del péptido que se debe usar en el extracto líquido de café es 500 IU/mL y que su acción depende directamente del tiempo de incubación y la concentración inicial de bacterias de Bacillus licheniformis.