Estudio genómico del aerobioma y del virus SARS-CoV-2 en la ciudad de Medellín
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Resumen
La mala calidad del aire en Medellín y la emergencia sanitaria del COVID-19 representaron retos de salud pública importantes para la región. Este estudio analizó la diversidad del aerobioma asociado al PM2.5 en Medellín y la evolución del SARS-CoV-2 en Antioquia como elementos de un sistema de vigilancia genómica, buscando comprender sus implicaciones en la salud pública. Se caracterizó la comunidad de microorganismos asociados al PM2.5 mediante secuenciación del gen 16S-rARN usando tecnología Oxford Nanopore, identificando la presencia de patógenos oportunistas como Exiguobacterium, Leuconostoc, Weissella y Chryseobacterium. Se evidenció que la contaminación por PM2.5 afectó la estabilidad de las interacciones microbianas, mientras que la radiación solar y el aire proveniente de zonas urbanas aumentó la presencia de microorganismos potencialmente patogénicos. Estos hallazgos resaltan la necesidad de integrar el análisis del aerobioma en los estudios de calidad del aire. Por otro lado, se caracterizó la evolución genómica del SARS-CoV-2 en Antioquia mediante modelos filodinámicos y de selección natural. La variante Mu presentó altos niveles de diversidad genética e impactó en la incidencia y mortalidad. Se hallaron mutaciones clave que favorecieron la infectividad y evasión a respuesta inmune. Estos estudios evidencian la importancia de integrar análisis metagenómicos y genómicos en los sistemas de vigilancia epidemiológica y ambiental como herramientas para futuras emergencias sanitarias. (Texto tomado de la fuente)
Abstract
Poor air quality in Medellín and the COVID-19 health emergency posed significant public health challenges in the region. This study analyzed the diversity of the aerobiome associated with PM2.5 in Medellín and the evolution of SARS-CoV-2 in Antioquia as components of a genomic surveillance system, aiming to understand their implications for public health. The microbial community associated with PM2.5 was characterized through 16S rRNA gene sequencing using Oxford Nanopore technology, identifying the presence of opportunistic pathogens such as Exiguobacterium, Leuconostoc, Weissella, and Chryseobacterium. It was found that PM2.5 pollution affected the stability of microbial interactions, while solar radiation and air from urban areas increased the presence of potentially pathogenic microorganisms. These findings highlight the need to integrate aerobiome analysis into air quality studies. Additionally, the genomic evolution of SARS-CoV-2 in Antioquia was characterized using phylodynamic and natural selection models. The Mu variant exhibited high levels of genetic diversity and had a significant impact on incidence and mortality. Key mutations were identified that enhanced infectivity and immune evasion. These studies underscore the importance of incorporating metagenomic and genomic analyses into epidemiological and environmental surveillance systems as essential tools for future health emergencies.
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