Evaluación de los perfiles genómicos de resistencia a antibióticos de aislamientos colombianos de Acinetobacter Baumannii mediante secuenciación del genoma completo

Abstract

Acinetobacter baumannii ha sido reportada con una alta prevalencia en los ambientes clínicos colombianos . Las cepas multirresistentes son una causa importante de infecciones asociadas a la atención en salud, las cuales aumentan la resistencia y los costos debido a la hospitalización prolongada y al mantenimiento de los pacientes en estos sitios. Debido a este problema de salud pública , el objetivo de este estudio fue identificar y evaluar la variación de elementos genómicos asociados con la resistencia a antibióticos en aislamientos colombianos de Acinetobacter baumannii . Para ello se secuenció el genoma completo mediante la tecnología Illumina (Hiseq2000) de 89 aislamientos obtenidos de 14 departamentos en el periodo 2012 – 2015 . Asimismo se tipificaron los aislamientos, se generaron los perfiles genómicos de resistencia por medio de un flujo de trabajo bioinformático , y se hizo un análisis epidemiológico. Como resultado se obtuvieron 13 ST y 22 rST, de los cuales 3 ST y 19 rST fueron nuevos. Se encontró que el ST79 (65.2%) y el rST 9802(58.4%) fueron dominantes. También se identificaron 93 génes mediadores de resistencia a antibióticos y 69 perfiles genómicos, el perfil más prevalente (13.5%) tiene 44 elementos genómicos, representativos de los 4 mecanismos de resistencia. Finalmente se realizó el pangenoma para ver los genes core y accesorios y la relación filogenética. La secuenciación del genoma completo mostró una alta resolución que permitió tipificar los aislamientos y determinar los perfiles genómicos de resistencia . Igualmente los perfiles generados demostraron ser un determinante importante para caracterizar los aislamientos con base en el resistoma.

Abstract: Acinetobacter baumannii has been reported with a high prevalence in colombian clinical settings. Multiresistant strains are an important cause of health care - associated infections , which increase resistance and costs due to prolonged hospitalization and maintenance of patients at these si tes . Due to this public health problem, the objective of this study was to identify and evaluate the variation of genomic elements associated with antibiotic resistance in c olombian isolates of Acinetobacter baumannii . To achieve this, whole genome was sequenced through the Illumina (Hiseq2000) technology of 89 isolates obtained from 14 departments in the period 2012 – 2015. Likewise, isolates were typified, genomic resistance profiles were generated through a bioinforma tic workflow, and an epidemiological analysis was made. As a result, 13 ST and 22 rST were obtained, of which 3 ST and 19 rST were novel. It was found that ST79 (65.2%) and rST 9802 (58.4%) were dominant. It was also identified 93 antibiotic resistance med iator genes and 69 genomic profiles; the most prevalent profile (13.5%) has 4 4 genomic elements, representative of the 4 resistance mechanisms. Finally, the pangenome was performed to see the core and accessory genes and the phylogenetic relationship. Whol e genome sequence showed a high resolution that allowed typifying the isolates and determines the genomic profiles of resistance . Also, the profiles generated proved to be an important determinant to characterize the i solations based on the resistome.