Maestría en Ciencias - Microbiología

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Evaluación de la exposición al virus de leucosis bovina en pacientes con leucemia linfoblástica aguda de precursores B : estudio de casos y controles
(Universidad Nacional de Colombia, 2026) Núñez Gutiérrez, Kerlimber Cristina; Corredor Figueroa, Adriana Patricia; Jaime Correa, Jairo; Núñez Gutiérrez, Kerlimber Cristina [0009000744732827]; Corredor Figueroa, Adriana Patricia [0000000198396151]; Enciso Olivera Leonardo José; Centro de Investigación en Infectología e Inmunología Veterinaria (Ci3V)
El virus de le leucosis bovina (VLB) es un deltaretrovirus oncogénico con tropismo por células B de rumiantes, cuya posible actividad zoonótica hacia los humanos ha generado creciente interés. El presente estudio involucró 58 participantes humanos, incluyendo 11 pacientes con leucemia linfoblástica aguda de precursores B (LLA-B) (casos) y 47 individuos sanos (controles). En esta población se estableció la presencia de anticuerpos anti-gp51 y ADN proviral de VLB en sangre periférica y médula ósea respectivamente. La seropositividad se encontró únicamente en el grupo con LLA-B (18.2%; 2/11), mientras que todos los controles fueron negativos. La qPCR del gen pol detectó ADN proviral en el 74.1% de las muestras, con frecuencias similares entre casos y controles, mientras que la carga proviral fue mayor en los controles que en los casos, aunque sin significancia estadística. La detección de otros genes virales mediante PCR convencional y anidada mostró un patrón diferencial entre los grupos de estudio: la amplificación del gen tax se asoció significativamente con el estado de LLA-B, mientras que gag y env no presentaron diferencias significativas entre casos y controles. Las redes bayesianas de Chow–Liu evidenciaron dependencias entre los distintos genes virales evaluados y sugirieron que variables contextuales, como el trabajo de campo, podrían influir en la relación entre la positividad molecular y la presencia de LLA-B. Las secuencias obtenidas en este estudio presentaron alta identidad con cepas de VLB detectadas en bovinos y se agruparon dentro del genotipo 1, junto con secuencias bovinas y humanas previamente reportadas en Colombia. En conjunto, estos hallazgos respaldan la exposición humana al VLB y sugieren la susceptibilidad de células humanas a su infección, planteando interrogantes sobre su persistencia viral y su posible papel como factor asociado en enfermedades hematológicas. (Texto tomado de la fuente)
Identificación y caracterización de las regiones de unión de la proteína de alto peso molecular 3 de roptrias de Plasmodium vivax (PvRhopH3) a reticulocitos humanos
(Universidad Nacional de Colombia, 2026) Gutierrez Ortegon, Daniel Eduardo; Arévalo Pinzón, Gabriela; Patarroyo Gutiérrez, Manuel Alfonso; Enfermedades Infecciosas - Pontificia Universidad Javeriana; Grupo de Investigación Básica en Biología Molecular e Inmunología (GIBBMI); Fundación para la Investigación Traslacional Manuel Elkin Patarroyo (FITMEP)
Plasmodium vivax representa un desafío importante en los esfuerzos de erradicación de la malaria debido a sus particularidades biológicas, su amplia distribución geográfica y la limitada disponibilidad de herramientas experimentales. A diferencia de Plasmodium falciparum, no existe una vacuna aprobada contra P. vivax, y solo un número reducido de antígenos han sido evaluados. En este estudio, se evalúo la diversidad genética, selección natural, capacidad de unión a eritrocitos humanos y antigenicidad de la proteína RhopH3 de P. vivax. Se identificaron tres regiones (R1, R2 y R3) sobre la base de la conservación de secuencias y señales de selección, las cuales fueron clonadas, expresadas en dos sistemas de expresión para su análisis funcional. Las regiones R1 y R3 mostraron capacidad de unión a eritrocitos en ensayos de inmunoprecipitación y formación de rosetas, siendo R1, la región con mayores porcentajes de adhesión a la célula blanco. Frente a los resultados de antigenicidad, se encontró una baja reactividad de los sueros de pacientes infectados naturalmente contra las regiones R1 y R3, en concordancia con reportes previos para proteínas localizadas en organelos apicales como PfRhopH3. En conjunto, estos resultados sugieren que PvRhopH3 es una proteína conservada con capacidad de unión a eritrocitos y baja inmunogenicidad natural, propiedades que podrían ser aprovechadas y optimizadas para el diseño de estrategias de control contra P. vivax. (Texto tomado de la fuente)
Estudio de la diversidad bacteriana asociada a la fermentación de cacao en fincas de Arauca
(Universidad Nacional de Colombia, 2026) Rodríguez Alfonso, María Alejandra; Caro Quintero, Alejandro; Amaya Gómez, Carol Viviana; Grupo de investigación en el Estudio de la Evolución del Holobionte
El perfil sensorial del chocolate, atributo distintivo del cacao fino y de aroma, emerge de la interacción entre la genética de la planta, la sucesión microbiana durante la fermentación y las condiciones agroclimáticas del cultivo. Aunque la contribución de la genética vegetal y de la dinámica microbiana ha sido ampliamente documentada, el efecto del entorno agroclimático sobre la estructuración genética de los microorganismos fermentativos y la generación de perfiles volátiles diferenciados permanece insuficientemente explorado. En este estudio se evaluó la estructura taxonómica y la diferenciación intraespecífica de comunidades bacterianas asociadas a fermentaciones espontáneas de cacao provenientes de nueve zonas agroclimáticas del departamento de Arauca, Colombia. Las fermentaciones se realizaron al mismo tiempo y en el mismo lugar, bajo un protocolo homogéneo, con tres réplicas por zona y monitoreo durante 96 horas. La temperatura y el pH estuvieron significativamente influenciados por el tiempo, la zona agroclimática y su interacción (p < 0,001), evidenciando una dinámica espacio-temporal diferenciada. El análisis del gen 16S ARNr reveló sucesiones microbianas consistentes, pero con diferencias significativas en la composición comunitaria entre zonas. Para alcanzar mayor resolución, se amplificaron genes ortólogos codificadores de proteínas en grupos funcionales dominantes, evidenciando diferenciación intraespecífica y estructuración poblacional asociada al territorio. El análisis del volatiloma, realizado para las mismas muestras, mostró el mayor acoplamiento microbiota–clima–volátiles a las 48 h (r = 0,653 y r = 0,664). Aunque este acoplamiento disminuyó posteriormente, las zonas mantuvieron separaciones persistentes, indicando dependencia de trayectoria y diferenciación metabólica territorial. Estos resultados proporcionan evidencia de una firma microbiana territorial y fortalecen el soporte científico para procesos de diferenciación regional y denominación de origen del cacao. (Texto tomado de la fuente)
Presencia de variantes de vph16 en pacientes con carcinoma escamocelular invasivo de cuello uterino como posible factor predictivo de la respuesta clínica al tratamiento
(Universidad Nacional de Colombia, 2026) Morales Camacho, Monica Alejandra; Moreno Acosta, Pablo; Acosta Forero, Bernarda Jinneth; Morales Camacho, Monica Alejandra [Monica-Morales-31?ev]; Moreno Acosta, Pablo [Pablo-Moreno-Acosta]; Grupo de Investigación de Biología del Cáncer; Radiobiología Clínica y Molecular y Celular
El cáncer de cuello uterino representa un importante problema de salud pública debido a sus elevadas tasas de incidencia y mortalidad, particularmente en países de ingresos bajos. Su desarrollo se asocia principalmente con la infección persistente por virus del papiloma humano (VPH) de alto riesgo. El VPH16, genotipo perteneciente a la especie Alphapapillomavirus 9, es el más frecuente y responsable de aproximadamente el 50–60 % de los casos de cáncer de cuello uterino en el mundo. La variabilidad genética intraespecífica del VPH16 se clasifica en linajes y sublinajes. Su distribución y posible relación con la respuesta a la radioterapia o quimiorradioterapia en el cáncer de cuello uterino localmente avanzado han sido objeto de estudio en el marco de la línea de investigación del Instituto Nacional de Cancerología (INC), «Diagnóstico y tratamiento del cáncer en Colombia», orientada a comprender los determinantes biológicos de la respuesta al tratamiento. En este contexto, el presente estudio tuvo como objetivo evaluar la presencia de variantes de VPH16 y determinar su asociación con la respuesta al tratamiento en pacientes con carcinoma de cuello uterino localmente avanzado. Se conformó una cohorte retrospectiva de 300 pacientes con estadios FIGO IB1–IVA, atendidas en el INC entre 2007 y 2022, cuyas muestras de tejido fueron fijadas en formol tamponado al 10 % e incluidas en parafina (FFPE). La respuesta al tratamiento se evaluó mediante los criterios RECIST 1.1, utilizando examen clínico e imágenes diagnósticas. La detección del ADN del VPH se realizó mediante PCR con los cebadores consenso GP5+/GP6+, y la genotipificación se llevó a cabo mediante secuenciación de la región L1. En los casos positivos para VPH16, se secuenciaron las regiones E6, E7 y LCR con el fin de determinar los linajes y variantes presentes. Se detectó ADN de VPH en el 91,3 % de las muestras, siendo VPH16 el genotipo más frecuente. Del total de pacientes, 242 recibieron quimiorradioterapia concurrente y 58 recibieron radioterapia exclusiva, 227 presentaron respuesta completa y 73 presentaron respuesta no completa. El linaje A fue predominante (76,8 %), seguido del linaje D (23,2 %), con predominio del sublinaje D2. En el análisis bivariado, la deleción LCR_A7861 se asoció con la respuesta al tratamiento, sin embargo, dicha asociación no se mantuvo significativa tras el ajuste multivariado, en el cual los niveles de hemoglobina emergieron como la variable significativamente asociada con la respuesta al tratamiento. Este estudio amplía el conocimiento sobre la distribución de VPH16 y confirma el predominio de los linajes A y D en la población colombiana. Aunque no se observó una asociación directa entre las variantes de VPH16 y la respuesta al tratamiento, estos resultados no descartan un posible papel biológico indirecto de la infección por VPH16 sobre la radiosensibilidad, a través de su influencia en el microambiente tumoral y en vías celulares relacionadas con la respuesta al tratamiento. (Texto tomado de la fuente)
Verificar la asociación de los genes COP9, ATP6V1B2 y eIF4G1 con el cáncer de cuello uterino como alternativa para su diagnóstico
(Universidad Nacional de Colombia, 2026) Herrera Parra, Laura Marcela; Lopéz Pazos, Silvio Alejandro; Villareal Ascencio, Jose Miguel
El cáncer de cuello uterino (CCU) nace en la parte inferior del útero y está estrechamente relacionado con infecciones persistentes de virus del papiloma humano (VPH), predisposición genética y factores como el tabaquismo o un sistema inmune debilitado. Mundialmente, ocupa el cuarto lugar en incidencia y mortalidad en mujeres, siendo más común en países en desarrollo debido a limitaciones en la detección, vacunación y tratamiento. La falta de diagnóstico temprano impacta la calidad de vida de las pacientes, ya que tratamientos como la cirugía, la quimioterapia y la radioterapia pueden generar efectos adversos físicos y emocionales. En este contexto, la identificación de biomarcadores representa una estrategia prometedora para mejorar la detección temprana del cáncer. Entre las proteínas de interés destacan COP9, ATP6V1B2 y eIF4G1, cuyos niveles alterados se han asociado con proliferación celular anormal y progresión tumoral. Este estudio evaluó su potencial como biomarcadores mediante análisis de patentes, caracterización bioinformática y diseño de primers específicos, proponiendo bases teóricas para el desarrollo de futuras pruebas moleculares y proteómicas orientadas al diagnóstico temprano. De manera complementaria, el análisis de vigilancia tecnológica evidenció un crecimiento sostenido de patentes relacionadas con el diagnóstico molecular, mientras que el modelamiento estructural y las redes de interacción aportaron evidencia bioinformática sobre la posible participación de COP9, ATP6V1B2 y eIF4G1 en procesos celulares asociados con la progresión tumoral. Como aporte adicional, la evaluación experimental preliminar permitió verificar la amplificación de los genes de interés mediante los primers diseñados, obteniéndose los productos esperados en ADN periférico y evidenciando su detectabilidad en muestras biológicas. En conjunto, estos resultados respaldan el potencial de estos genes como candidatos para futuros estudios orientados al desarrollo de herramientas diagnósticas tempranas para el cáncer de cuello uterino. (Texto tomado de la fuente)
Caracterización de mecanismos de resistencia a ceftazidima/avibactam (CAZ/AVI) en aislamientos clínicos de Enterobacterales y Pseudomonas spp. de una institución de salud de tercer nivel de complejidad de Bogotá D.C.
(Universidad Nacional de Colombia, 2026-05-12) Leal Avendaño, Rafael Leal; Abril Riaño, Deisy Julieth; Leal Castro, Aura Lucia; Laboratorio de Genética Molecular Bacteriana-Universidad el Bosque
Ceftazidime/avibactam (CAZ/AVI) es una de las últimas opciones terapéuticas contra aislamientos productores de serin-carbapenemasas. Aunque su comercialización en Colombia fue aprobada en 2018, en Bogotá la resistencia a CAZ/AVI alcanzó el 39,8% en 2023. El objetivo de este estudio fue caracterizar los mecanismos de resistencia a CAZ/AVI en aislamientos de Enterobacterales y Pseudomonas aeruginosa (P. aeruginosa) mediante secuenciación de segunda y tercera generación. Se incluyeron 67 aislamientos obtenidos entre 2021 y 2023 en una institución de salud de tercer nivel en Bogotá, Colombia. La resistencia a CAZ/AVI se confirmó mediante E-test, la detección de metalo-β-lactamasas por sinergia con EDTA y la identificación de genes de carbapenemasas (KPC, GES, VIM, NDM e IMP) por PCR. Se seleccionaron 5 de 67 aislamientos como los más representativos para secuenciación genómica, considerando como criterios principales: valores elevados de CMI >256 µg/mL, con el fin de priorizar fenotipos de alta resistencia y diversidad de mecanismos de resistencia, incluyendo aislamientos con presencia de una carbapenemasas tipo serina o ausencia de genes de carbapanemasas, de los cuales tres aislamentos de P. aeruginosa fueron secuenciados con MinION (Oxford Nanopore®), y dos aislamientos uno de Enterobacter cloacae (E.cloacae) y otro de Enterobacter hormaechei (E. hormaechei) fueron secuenciados con Illumina ® y MinION (Oxford Nanopore®). Los marcos abiertos de lectura se anotaron con Prokka 1.14.6, los genes de resistencia se identificaron con ResFinder y CARD, los elementos genéticos móviles con PlasmidFinder e ISFinder. Entre los hallazgos más relevantes se destaca la detección de blaKPC-71, por primera vez en América, movilizado en un NTEKPC-IIg en un aislamiento de P. aeruginosa. Además, en los otros tres aislamientos de P.aeruginosa se identificaron mutaciones en los reguladores transcripcionales negativos de la bomba de eflujo MexAB-OprM, específicamente en nalC (G34D, G71E, E153Q, S209R) y mexR (V126E). En el aislamiento de E. cloacae se detectó el gen blaKPC-33, y en E. hormaechei se hallaron mutaciones en la bomba de eflujo AcrAB-TolC (acrA S232N, acrB V278I/N205S, ramA V64A y tolC A203V/F463L). Nuestros resultados sugieren que la resistencia a CAZ-AVI puede estar mediada por una combinación de mecanismos intrínsecos y adquiridos, resaltando la importancia de la vigilancia genómica para implementar medidas de control que limiten su diseminación. (Texto tomado de la fuente)
Identificación de biomarcadores transcriptómicos relacionados con procesos oncogénicos en cáncer orofaríngeo VPH positivos
(Universidad Nacional de Colombia, 2025) Cantillo Serrano, Luisa Fernanda; Lopez Kleine, Liliana; Rodriguez García, Josefa Antonia; Cantillo Serrano, Luisa Fernanda [0001994461]; Lopez Kleine, Liliana [0000893013]; Grupo de Investigación en Bioinformática y Biología de Sistemas
La infección por el virus del papiloma humano (VPH) es la infección de transmisión sexual más común en Colombia y el mundo. Dependiendo del genotipo viral, el VPH puede causar lesiones benignas como las verrugas, o inducir procesos de transformación maligna, especialmente cuando se trata de genotipos de alto riesgo, que están asociados con diversos tipos de cáncer, incluido el carcinoma de células escamosas de cabeza y cuello (HNSCC, por sus siglas en inglés), particularmente en la región orofaríngea. Aunque tradicionalmente el cáncer orofaríngeo se ha relacionado con el consumo de tabaco y alcohol, en los últimos años, se ha observado un incremento sostenido de casos relacionados con la infección por VPH, asociado a cambios en los comportamientos sexuales y el incremento en la incidencia de infecciones de transmisión sexual. El carcinoma de orofaringe asociado a VPH (VPH+) constituye una entidad biológica y clínicamente distinta, con diferencias en la respuesta inmune, los perfiles moleculares y el pronóstico en comparación carcinoma de orofaringe No asociado a VPH (VPH-), lo que resalta la importancia de identificar biomarcadores transcripcionales diferenciales en tumores asociados a VPH para avanzar en la comprensión de los mecanismos oncogénicos mediados por el virus y contribuir al desarrollo de herramientas diagnósticas y estrategias terapéuticas más específicas. El objetivo de este proyecto fue identificar y validar biomarcadores transcriptómicos asociados a procesos oncogénicos en carcinoma de orofaringe asociado a VPH mediante el análisis bioinformático de datos públicos y su validación experimental en muestras de pacientes colombianos. Contemplamos el análisis de la expresión génica diferencial, la construcción de redes de coexpresión y la evaluación de la relevancia biológica de los genes priorizados con el fin de establecer una base molecular solida que facilite la caracterización de esta enfermedad en el contexto latinoamericano. Nuestros resultados sugieren que el VPH modula la expresión génica y el microambiente inmune en el cáncer orofaríngeo, favoreciendo un perfil con mejor pronóstico, donde ASCL4 se perfila como un biomarcador clave y una potencial diana terapéutica. (Texto tomado de la fuente)
Identificación de Genes asociados a la Terneza de la carne de Ovinos Criollos Colombianos mediante escaneo genómico
(Universidad Nacional de Colombia, 2025) Ortiz Sanchez, Yurany Teresa; Ariza Botero, Manuel Fernando; Ortiz Sanchez, Yurany Teresa [0001392995]; Ortiz Sanchez, Yurany Teresa [77DCgo8AAAAJ&hl]; Ortiz Sanchez, Yurany Teresa [0000000169282219]; Susan Lorena Castro Molina; Yurany Teresa Ortiz Sanchez [Yurany-Ortiz-Sanchez]; Genetica Molecular Animal; Ortiz, Yurany [56399233300]; Daniel Cardona Cifuentes
Las tendencias de los mercados y las condiciones cambiantes de los mismos han llevado a productores de carne a repensar el cómo y porque tener producciones que brinden calidad y sustentabilidad a mediano y largo plazo, en ese sentido el recurso genético criollo ha tomado relevancia en diversos escenarios; es por ello que el objetivo principal de este estudio es la identificación de genes asociados a la terneza de la carne de Ovinos de Pelo Criollos (OPCC),sabiendo que la terneza de la carne es una de las características más apetecidas por el mercado actual; para ello se obtuvieron los datos fenotípicos (terneza Kg/Fuerza) de una población de 160 animales, machos (54) y hembras (106), provenientes de dos zonas del país Pie de Monte llanero (PDML=121) y Valles Interandinos (VI=39), criados en un régimen nutricional de solo pastoreo con una asociación de gramíneas propias de la zona; quienes fueron llevados a beneficio entre los (4-12) meses de edad, durante el beneficio fue extraído el musculo Longissimus dorsi (LD), a fin de realizar las pruebas de terneza de la carne mediante el método de Warner Blaztler una vez obtenidos estos valores fueron analizados mediante un modelo de efectos fijos (sexo, zonba de origen, grupo de sacrificio y la edad como covariable) a través del procedimiento LSMEANS del Modelo General Linealizado de SAS®. Los resultados obtenidos no evidenciaron diferencias (P>0,05) para la terneza entre machos y hembras, sin embargo, si se observó un efecto significativo entre animales localizados en diferentes regiones, lo que lleva a pensar en un efecto del medio ambiente en el desarrollo de la característica. Dentro del estudio también se obtuvieron los datos genotípicos, a través de la extracción de ADN genomico del musculo Longissimus dorsi y posterior procesamiento mediante el chip OvineSNP50 BeadChip Data Sheet. Con los genotipos obtenidos a través del chip y los datos fenotípicos se realizaron tres análisis diferentes dos de ellos encaminados a descubrir genes que estuviesen tentativamente asociados a la característica; el primero con un enfoque frecuentista donde se aplicó un modelo de efectos fijos (SNPs, sexo, zona de origen, grupo de sacrificio, la edad y el área bajo la curva tomadas como covariables) y se procesó a través del programa S.A.S. ®, como resultado de este enfoque se encontraron 2038 SNP significativos a los que se sometió a la prueba de Bonferroni y se confirmó la asociación de 3 SNP dentro del genoma del ovino, se realizó la búsqueda dentro de la base de datos NCBI, del SNP OAR3_130491628.1 cuyo cambio nucleotidico es [C/T], fue identificado dentro del cromosoma 3 ovino, se encontró asociado a una porción exónica del gen MGAT4C el cual ha sido mapeado en el brazo q del cromosoma (NCBI/Map view); cercano al gen DCN (Decorin), que se describe como responsable de la degradación del colágeno post mortem, la proteína sintetizada a partir de este gen desarrolla un papel importante sobre la fibrillogenesis, debido a las alteraciones en la formación de la fibrilla muscular y desestabilización en las fibras de colágeno. El segundo estudio se abordó desde los modelos matemáticos de tipo bayesiano (Bayes C) modelado a través del programa GS3; Como resultado de la asociación de los 43.490 SNPs con las medidas de terneza de la carne (fuerza de corte, dureza y fuerza corregida) para el musculo Longissimus dorsi; se encontró que ninguno de los SNP genotipificado fue asociado al Bayes Factor (BF< 3); sin embargo, Teniendo en cuenta la naturaleza del modelo se tomaron las soluciones individuales mayores en valor absoluto, de los primeros 30 SNP para la terneza de la carne (fuerza de corte, dureza, fuerza corregida), se rastrearon dentro de la base de datos NCBI; dejando como resultado que tres genes mostraron una asociación sugestiva con la terneza: TRPC6, implicado en la homeostasis de calcio en músculo esquelético; ADAMTS17, asociado con el remodelado de la matriz extracelular; y CACNB2, involucrado en la regulación de canales de calcio tipo L. Estos genes podrían estar relacionados con el sistema CAPN-CAST, clave en la proteólisis post-mortem y el desarrollo de la terneza. (Texto tomado de la fuente)
Características microbiológicas asociadas a la virulencia de mutantes defectivos en los transportadores de membrana CtpF y MmpL7 de Mycobacterium tuberculosis
(Universidad Nacional de Colombia, 2025) Ricaurte, Sergio Nicolas; Soto Ospina, Carlos Yesid; Maya Hoyos, Milena; Bioquímica y Biología Molecular de las Micobacterias
La tuberculosis (TB) es una enfermedad infecciosa causada por el bacilo acido-alcohol resistente Mycobacterium tuberculosis (Mtb), una micobacteria que ataca principalmente a los pulmones, pero puede propagarse a otros órganos del hospedero. Esta enfermedad es considerada un problema de salud pública ocasionado principalmente por deficiencias en el diagnóstico, la baja eficacia de la única vacuna autorizada conocida como BCG, el surgimiento de cepas de Mtb resistentes y extremadamente resistentes a fármacos antituberculosos, y la coinfección con el virus de inmunodeficiencia humana (VIH). Para establecer estrategias efectivas de control contra la TB es relevante conocer los mecanismos moleculares que Mtb utiliza para ser un patógeno exitoso. En este sentido, es importante conocer los componentes estructurales del bacilo tuberculoso relacionados con su virulencia, tales como los sistemas de regulación, los lípidos de envoltura, los antígenos inmunodominantes, etc. Por lo tanto, conocer cómo las alteraciones de estos elementos podrían afectar las interacciones hospedero-patógeno permitirá conocer mejor los procesos implicados en la infección por TB, y desarrollar mejores estrategias de control. Estudios previos han demostrado que la deleción individual del gen ctpF de Mtb, que codifica para una ATPasa tipo P implicada en el eflujo de Ca2+ y en la respuesta frente al estrés oxidativo, así como también la del gen mmpL7 que codifica una proteína transmembranal involucrada en el transporte del lípido dimicocerosato de ftiocerol (PDIM), generan una atenuación de la virulencia de Mtb, evidenciando la importancia de estos transportadores en los procesos de infección. Por lo anterior, el objetivo del presente trabajo fue evaluar diferentes características microbiológicas asociadas con la virulencia de cepas mutantes de Mtb defectivas en los genes ctpF y mmpL7 (MtbH37Rv∆ctpF y MtbH37Rv∆mmpL7) comparadas con las exhibidas por la cepa salvaje MtbH37Rv. Inicialmente, se identificó que la deleción de los genes ctpF y mmpL7 altera la morfología de colonia, ocasionando que las cepas mutantes presenten una menor rugosidad de superficie. Además, las dos cepas mutantes poseen una menor hidrofobicidad relativa respecto a la cepa salvaje. Asimismo, para el caso de MtbH37Rv∆ctpF se evidenció una menor producción de biopelícula, la cual podría alterar las interacciones del bacilo con la superficie del medio, como lo observado con la alteración de su capacidad motil por deslizamiento. Adicionalmente, se evaluó el perfil cromatográfico de los lípidos PDIM y triacilglicéridos (TAG) de las cepas mutantes y la cepa salvaje, mediante cromatografía en capa fina (TLC). Así, la cepa MtbH37RvΔctpF mostró alteraciones en el perfil de los manósidos de fosfatidilinositol (PIM) y en los dimicolatos de trehalosa (TDM), conocidos como factor cuerda, los que están estrechamente relacionados con la organización estructural de la pared celular y la virulencia del bacilo tuberculoso. Por otro lado, en la cepa MtbH37RvΔmmpL7 se evidenció una acumulación intracelular de PDIM, lo que sugiere un defecto en su transporte hacia la superficie celular. Asimismo, al evaluar el perfil transcripcional de los genes asociados con la biosíntesis de PDIM, se observó una regulación negativa en la transcripción de los genes drrC, mas y lppX en las dos cepas mutantes, sugiriendo una disminución en la producción de este lípido en MtbH37RvΔctpF y MtbH37RvΔmmpL7. Por último, se estudió la producción de los antígenos: blanco antigénico de secreción temprana 6 kDa (ESAT-6), y la proteína de filtrado de cultivo 10 kDa (CFP-10) en las cepas mutantes. Se observó que para las dos cepas mutantes ambos son secretados al medio de cultivo, indicando que, a pesar de la atenuación sugerida por lo observado con las características asociadas con la virulencia mencionadas anteriormente, las cepas mutantes conservan su inmunogenicidad para desencadenar una respuesta en el sistema inmune del hospedero. En general, los resultados obtenidos en este estudio demuestran que las cepas MtbH37RvΔctpF y MtbH37RvΔmmpL7 presentan fenotipos relacionados con diversas características microbiológicas asociadas con la atenuación de Mtb. A pesar de esta atenuación, ambas cepas conservan su capacidad inmunomoduladora al secretar los antígenos ESAT-6 y CFP-10. Así, estos hallazgos destacan el potencial de las cepas mutantes evaluadas como candidatas para el diseño racional de una vacuna anti-TB basada en una cepa viva atenuada que incorpore ambas mutaciones. (Texto tomado de la fuente)
Estudio exploratorio en especies del grupo Fusarium oxysporum f.sp. cubense (FOC) Raza 1 patogénicos provenientes de banano (Var. Gros Michel)
(Universidad Nacional de Colombia, 2025) Rodríguez Rodríguez, Diana Alexandra; Hoyos Carvajal, Lilliana María; Hernández Ortiz, Juan Pablo;
La marchitez vascular del banano, causada por Fusarium oxysporum f. sp. cubense (FOC), representa una de las amenazas más importantes para la producción sostenible de musáceas a nivel mundial y a lo largo del tiempo se ha definido como una unidad taxonómica homogénea. Sin embargo, análisis recientes sugieren una diversidad críptica subestimada dentro de este grupo. En este trabajo, se propuso caracterizar morfológica, genética y funcionalmente varios aislamientos asociados a la Raza 1 de FOC, con el fin de esclarecer la polifilia y variabilidad patogénica de este grupo. Se evaluaron tres aislamientos de FOC R1 provenientes de banano (Musa spp.) en el Urabá antioqueño y un aislamiento proveniente de Gulupa (Passiflora edulis Sims) mediante un enfoque polifásico que incluyó caracterización morfológica, pruebas de patogenicidad e inferencias filogenéticas multilocus (tef1α, rpb1 y rpb2). Los resultados revelan la existencia de linajes filogenéticos distintos, con evidencia funcional de diferencias en virulencia y patrones de infección. El aislamiento Villa Ester mostró cercanía con F. phialophorum, mientras que los aislamientos Varonesa e Isla Bonita se agruparon con F. duoseptatum. El aislamiento F-F05 se posicionó como un linaje basal relacionado a F. tardichlamydosporum. Este estudio confirma que FOC R1 no es un grupo monofilético y destaca la necesidad de redefinir su taxonomía dadas las implicaciones para el mejoramiento genético del banano y la vigilancia fitosanitaria en América Latina. (Texto tomado de la fuente)
Estudio genómico y transcriptómico de la resistencia a cadmio(II) de Serratia sp. 5b
(Universidad Nacional de Colombia, 2025) Nonsocua Triviño, Kevin Stiven; de Brito Brandão, Pedro Filipe; Nonsocua Triviño, Kevin Stiven [000900005105447X]; Grupo de Estudios para la Remediación y Mitigación de Impactos Negativos al Ambiente Germina
Serratia sp. 5b es una cepa previamente aislada de suelos agrícolas contaminados con cadmio (Cd(II)), a la que se le ha determinado experimentalmente una concentración mínima inhibitoria (CMI) de 4 mM y la capacidad para reducir la concentración del metal en solución. No obstante, no se conocía su identidad taxonómica a nivel de especie ni se había determinado cuáles genes están implicados en la resistencia a Cd(II). En este estudio se integraron de forma transversal aproximaciones filogenómicas, genómicas y transcriptómicas con el propósito de identificar taxonómicamente la cepa y dilucidar los mecanismos moleculares que sustentan su resistencia al Cd(II). El análisis filogenómico, basado en 1.052 genes ortólogos de copia única, indicó que la especie de Serratia sp. 5b corresponde a Serratia surfactantfaciens, al formar un clado monofilético con soporte bootstrap del 100 %, lo cual fue ratificado por un valor ANI del 99,18 %. A nivel genómico, el ensamblaje presentó 18 contigs, una longitud total de 4,99 Mbp y una completitud estimada en 99,88 %. Se identificaron diez genes putativos relacionados con resistencia a Cd(II), dsbA, dsbB, fieF, mntH, robA, ychH, ygiW, zinT, zitB y zntA, todos ubicados en el cromosoma y sin asociación a plásmidos ni elementos genéticos móviles. Asimismo, el análisis de variantes detectó mutaciones no sinónimas en fieF y zntA, siendo este último el único con alteraciones estructurales localizadas en regiones flexibles. Por otro lado, el análisis transcriptómico reveló una respuesta génica dependiente de la concentración de Cd(II), con 428, 1.852 y 638 genes diferencialmente expresados (DEGs) al comparar las condiciones control vs 0,15 mM Cd(II), control vs 0,50 mM Cd(II), y 0,15 mM Cd(II) vs 0,50 mM Cd(II), respectivamente. Se observó una sobreexpresión progresiva de genes asociados al transporte de cationes, defensa antioxidante y reparación del ADN, destacándose zntA, zinT, mntA, znuC, trxB y recA. El análisis funcional evidenció una activación gradual de rutas implicadas en metabolismo energético, transporte activo y organización de membranas, con procesos exclusivos bajo condiciones de alta exposición. La validación experimental mediante RT-qPCR de genes seleccionados reprodujo la tendencia observada en RNA-seq, indicando la confiabilidad de los resultados transcriptómicos. En conjunto, estos hallazgos demuestran que Serratia surfactantfaciens 5b presenta una respuesta transcripcional compleja y coordinada frente a Cd(II), basada en mecanismos de exclusión, secuestro intracelular y adaptación fisiológica. (Texto tomado de la fuente).
Comparison of the metabolic profile in defined medium of the wild type strain Vibrio Natriegens and a strain with rationally fused chromosomes
(Universidad Nacional de Colombia, 2025) Millán Aldana, Nohora Angélica; Chaib De Mares, Maryam; Schindler, Daniel; Millán Aldana, Nohora Angélica [rh=0001522416]; Millán Aldana, Nohora Angélica [0009000685519689]; Biología Molecular Teórica y Evolutiva
Vibrio natriegens is a fast-growing, halophilic bacterium that has emerged as a promising chassis for biotechnology, particularly for sustainable applications that leverage its ability to grow in seawater-based media. Despite its advantages, a deeper understanding of its regulatory and metabolic networks is required to optimize its use in industrial settings. This thesis aimed to characterize the metabolic and growth dynamics differences between two strains of V. natriegens: the wild-type (WT) and a synthetic strain with a single fused chromosome (synSC1.0), including an assessment of the growth effects of deleting hfq, a key global post-transcriptional regulator. Metabolomic profiling was performed under defined media across different growth phases using bioreactor cultivation and LC-MS-based analysis. Results showed that both WT and synSC1.0 strains shared highly similar metabolite usage patterns, particularly in central carbon metabolism, with no major shifts in growth rate or biomass production under standard conditions. However, synSC1.0 exhibited slightly altered responses in stress-associated metabolites, suggesting nuanced regulatory differences that could be attributable to its modified genome architecture. To probe post-transcriptional control, hfq was deleted in both strains using CRISPR-based genome engineering. Deletion of hfq only marginally affected growth but resulted in increased final cell densities in both strains. This phenotype likely reflects altered quorum sensing following Hfq loss. The findings provide insights for future engineering of V. natriegens as a sustainable microbial chassis.
Diseño y evaluación del principio activo de un prototipo de formulación de Bacillus velezensis para el control de Botrytis cinerea en rosas
(2025) Boyacá Olaya, Laura Marcela; Uribe Velez, Daniel; Serrano Bermúdez, Luis Miguel; Microbiologia Agricola
El sistema productivo de rosas de corte para exportación se ve constantemente afectado por factores bióticos donde destacan agentes fitopatógenos como Botrytis cinerea, el cual cobra importancia debido a su persistencia y generación de signos y síntomas durante la postcosecha, representando un gran reto su manejo y control. Su control acarrea el uso intensivo de fungicidas de síntesis química, llevando a problemáticas ambientales, generación de resistencia y efectos sobre la salud de los usuarios. En este contexto, en los últimos años el Grupo de Microbiología Agrícola del IBUN, ha venido desarrollando diferentes alternativas de control biológico basados en diferentes grupos microbianos. El objetivo de este trabajo fue seleccionar una cepa del género Bacillus spp con potencial biocontrolador frente a B. cinerea y establecer sus condiciones de cultivo para ser usado como principio activo para prototipos de formulación. Para esto se seleccionó el aislamiento con mayor potencial biocontrolador, posteriormente se seleccionaron las condiciones nutricionales y fisicoquímicas del cultivo que permitieran alcanzar recuentos superiores de 1010 UFC/mL de esporas y una buena actividad de los metabolitos secundarios, partiendo de un medio nutricionalmente definido. La cepa IBUN 2755 correspondiente a Bacillus velezensis fue la que presentó mejor potencial biocontrolador frente a B. cinerea. La selección de las condiciones de cultivo se determinó con un diseño experimental de superficie de respuesta en el que se consideraron cuatro factores. Se logró recuentos de esporas superiores a 1,75x1010 UFC/mL en matraz agitado, cuando se utilizó un volumen efectivo del 19%, pH de 7,9 y concentraciones óptimas de dos componentes de fuentes complejas de nitrógeno. Los resultados indican, por un lado, el potencial de la cepa IBUN 2755 como principio activo de un prototipo de formulación frente a B. cinerea, esto debido a su capacidad de producir densidades celulares altas y metabolitos secundarios termoestables con adecuada actividad biocontroladora. Por el otro lado, la disminución lograda en los tiempos de producción y en los requerimientos nutricionales, permite sugerir que dicho formulado de biocontrolador podría llegar a ser económicamente rentable gracias a los avances logrados en la reducción en los costos de producción. (Texto tomado de la fuente)
Secuenciación dirigida de nueva generación como estrategia para el diagnóstico de tuberculosis resistente a medicamentos en Colombia
(Universidad Nacional de Colombia, 2025-08-26) Vasquez Chaves, Luisa Fernanda; Puerto Castro, Gloria Mercedes; Murcia Aranguren, Martha Isabel; Luisa Fernanda Vasquez Chaves; Grupo de Micobacterias – Instituto Nacional de Salud
Introducción: La tuberculosis continúa siendo un problema de salud pública de gran magnitud a nivel global; a pesar de que es una enfermedad prevenible y curable, para el año 2023, se convirtió en la principal causa de muerte en el mundo ocasionada por un solo agente infeccioso, superando al COVID-19. La Organización Mundial de la Salud (OMS) reportó 400 mil casos de tuberculosis resistente a rifampicina (RR) y multirresistente (TB-RR/MDR), con un incremento notable para América y el Sudeste Asiático. En la región de las Américas, se estima que se presentan hasta 15 mil casos de TB-RR/MDR anualmente; sin embargo, solo el 61% de los casos nuevos y el 68% de los previamente tratados tienen acceso a pruebas de susceptibilidad para rifampicina, y menos del 20% acceden a pruebas de susceptibilidad para fluoroquinolonas a pesar de que existen sistemas de vigilancia utilizando pruebas a susceptibilidad a fármacos usando métodos fenotípicos y genotípicos basados en PCR, que presentan limitaciones de masificación, implementación y tiempos de respuesta. Colombia está entre los diez países de América con mayor número de casos notificados de TB- RR/MDR. En 2022, el Instituto Nacional de Salud (INS) informó que, de 17.595 casos de tuberculosis identificados, 473 (2,7%) fueron de TB farmacorresistente, lo que representa un incremento del 33% en comparación con 2021. Objetivo: Evaluar un panel de secuenciación dirigida de próxima generación por Oxford Nanopore para el diagnóstico de tuberculosis resistente a medicamentos en Colombia, como método complementario a la vigilancia de la resistencia a los medicamentos. Metodología: se realizó un estudio experimental para el diseño y estandarización de un panel de secuenciación de nueva generación usando la tecnología Oxford Nanopore para la determinación de susceptibilidad a medicamentos usados para el tratamiento de la TB sensible y farmacorresistente en Colombia. El panel fue comparado con los métodos de referencia para pruebas de susceptibilidad en TB (pruebas fenotípicas en medio líquido) y para secuenciación de genoma por la tecnología de Illumina. Resultados: Se realizó la estandarización de un panel para secuenciación dirigida por Oxford Nanopore que comprende 24 genes asociados con farmacorresistencia en TB e involucra más de mil mutaciones, para todos los medicamentos usados en el tratamiento, incluidos los de primera línea y los de los grupos A, B y C de la OMS. El panel tuvo un desempeño comparado con la prueba fenotípica así, en concordancia para la identificación de mutaciones asociadas a resistencia del 89% con las mejores fuerzas de concordancia en la identificación de mutaciones asociadas a resistencia para Clofazimina y Bedaquilina con índices Kappa de 0.78 y 0.79 respectivamente. La sensibilidad se ubicó entre el 58 y el 80% y la especificidad entre el 82 y el 100%. Al comparar el desempeño del panel estandarizado con la secuenciación de genoma completo por Illumina, la concordancia fue del 94% con una alta fuerza de concordancia para Rifampicina, Linezolid, Bedaquilina y Clofazimina, con índices Kappa de 1 para cada antibiótico respectivamente. La sensibilidad se presentó del 67 al 100% y la especificidad del 85 al 100%. Se presentaron resultados no concordantes con una frecuencia del 8.3% entre el panel de secuenciación y los resultados fenotípicos indicando la posible presencia de mecanismos de resistencia intrínsecos que no son detectados por metodologías moleculares. Conclusión: el panel estandarizado tiene un buen desempeño y concordancia para identificar las mutaciones asociadas a todos los fármacos utilizados para el tratamiento de la TB en Colombia, superando las limitaciones de las pruebas fenotípicas y permitiendo al Laboratorio Nacional de Referencia de Colombia en el Instituto Nacional de Salud disponer de nuevas herramientas con tecnología de punta para la vigilancia de la farmacorresistencia con miras al mejoramiento de la salud pública. (Texto tomado de la fuente).
Evaluación de bacterias fermentadoras abe de suelo Rizosférico para producción de solventes
(Univesridad Nacional de Colombia, 2025) Castro Tibabisco , Karol Tatiana; Guerrero Fajardo, Carlos Alberto; Campos Rincon, Ivonne Maritza; Castro Tibabisco, Karol Tatiana [0000000344730606]; Aprovechamiento Energético de Recursos Naturales
Este estudio tiene como objetivo evaluar la producción de solventes (acetona, butanol y etanol) mediante fermentación ABE (Acetona-Butanol-Etanol) utilizando bacterias anaerobias aisladas de suelos rizosféricos de cultivo de papa Solanum tuberosum, a su vez se usaron residuos agroindustriales para evaluar la fermentación en los aislados y en 3 cepas de referencia conocidas. Se seleccionaron, se caracterizaron varias cepas, incluyendo Clostridium beijerinckii, Clostridium sacharoperacetonicum y Clostridium acetobutylicum ATCC 824, para su capacidad de producir solventes a partir de almidones extraídos de estos residuos agrícolas. La fermentación se realizó bajo condiciones anaerobias controladas, con una duración de 120 horas, cuantificándose los productos mediante cromatografía líquida (HPLC). Los resultados mostraron que el almidón de ñame fue el sustrato que generó mayores concentraciones de butanol, alcanzando hasta 4.5 g/L en las cepas más eficientes. Las cepas aisladas mostraron ser competitivas frente a las cepas de referencia, indicando el potencial de los residuos agrícolas como fuentes sostenibles para la producción de biocombustibles. Las conclusiones destacan la viabilidad de estos procesos en el contexto de la economía circular y la sostenibilidad industrial (Texto tomado de la fuente).
Caracterización morfológica y molecular de Trypanosoma spp. en anuros de ecosistemas tropicales en Colombia
(Universidad Nacional de Colombia, 2025) Ospina Rios, Angélica Tatiana; Matta Camacho, Nubia Estela; Aponte Gutiérrez, Andrés Felipe; Ospina Rios, Angélica Tatiana [0009000834331218]; Matta Camacho, Nubia Estela [0000000317750804]; Aponte Gutiérrez, Andrés Felipe [0000000213086769]; Grupo de Estudio Relación Parásito Hospedero (GERPH)
El segundo grupo más biodiverso de Colombia, los anuros, son susceptibles a infecciones por parásitos como Trypanosoma spp. pero son escasas las investigaciones relacionadas en el país. Este estudio analizó 434 muestras (56 especies de anuros de 7 localidades de Colombia) depositadas en la colección biológica Grupo de Estudio Relación Parásito Hospedero (GERPH), con el objetivo de determinar la diversidad morfológica, molecular y las relaciones filogenéticas de Trypanosoma spp. Se realizó diagnóstico microscópico, y descripciones morfológicas usando 13 variables cuantitativas y 11 categóricas. Se aplicaron análisis estadísticos (PCA, ANOSIM, PERMANOVA, Distancia de Gower) para evaluar segregación entre morfotipos. Se desarrolló cultivo de Trypanosoma de Rhinella horribilis en medio NNN y se estandarizó protocolo de PCR anidada para amplificar un fragmento de 18S rRNA de 900 pb. Se realizaron análisis filogenéticos de máxima verosimilitud y distancias genéticas usando las secuencias obtenidas y varias reportadas en otros hospederos. Mediante morfología se lograron caracterizar 12 morfotipos de Trypanosoma en anuros. Las pruebas estadísticas comprobaron la utilidad del uso de datos mixtos para la clasificación de morfotipos. Se logró el mantenimiento ex situ del modelo animal Rhinella horribilis, permitiendo la estandarización del cultivo de Trypanosoma y la obtención del control positivo para pruebas moleculares. El protocolo molecular permitió obtener y asignar secuencias BarCode a cuatro morfotipos. Filogenéticamente, se estableció correspondencia del morfotipo I con Trypanosoma tungarae, el morfotipo II con una nueva especie, la cual denominamos Trypanosoma homochattoni n.sp., y los morfotipos III y IV con un complejo relacionado con Trypanosoma tokoloshi (Texto tomado de la fuente).
Producción de un material de referencia para la detección de Mycobacterium bovis a nivel de ácidos nucleicos, para ser utilizado en métodos de medición basados en PCR
(Universidad Nacional de Colombia, 2025-09-08) Lota Mendoza, Camila Alejandra; Soto Ospina, Carlos Yesid; Leguizamon Guerrero, John Emerson; Lota Mendoza, Camila Alejandra [0001665342]; Lota Mendoza, Camila Alejandra [0009000068908355]; Camila-Lota-Mendoza; Bioquímica y Biología Molecular de las Micobacterias; Grupo de Investigación en Metrología Química y Bioanálisis - GIMQB (Instituto Nacional de Metrología)
La tuberculosis bovina (TBB) es una enfermedad zoonótica, que afecta principalmente al ganado bovino. La TBB es causada por el bacilo ácido-alcohol resistente Mycobacterium bovis, que afecta la producción lechera y cárnica generando grandes pérdidas en el sector ganadero. A pesar de que existen diferentes métodos para identificar y cuantificar M. bovis utilizando ADN, la carencia de materiales de referencia (MR) trazables y certificados no permite la comparabilidad entre los resultados. Con el ánimo de fortalecer el sistema nacional de medidas sanitarias a través de la generación de herramientas metrológicas, el presente trabajo plantea la obtención de un MR para la identificación fiable de ADN de M. bovis mediante métodos basados en la PCR, con especial énfasis en la amplificación isotérmica (LAMP), toda vez que es un método fácil y económico para ser aplicado en campo. Para cumplir este objetivo, se optimizó el cultivo y la extracción de ADN genómico de M. bovis, obteniendo ADN con alta concentración y relaciones de calidad y pureza adecuadas, de acuerdo con su relación ABS 280\260 y ABS 230\260, y mediante análisis electroforético. Por otra parte, en la validación del MR se desarrolló un protocolo de amplificación de ADN de M. bovis mediante qPCR (PCR en tiempo real) y ddPCR (PCR digital en gotas), utilizando como molde los genes CysA3 y Mb3145. La optimización del método demostró que utilizando el gen CysA3 se obtienen mejores valores en las relaciones de precisión (<5% para qPCR y <8% por ddPCR), mayor eficiencia y especificidad en comparación del gen Mb3145. En la caracterización de un piloto de MR, tanto el nivel de mayor concentración (± 50000 copias/µL) como el nivel de menor concentración (500 copias/µL) demostraron ser homogéneos y estables durante 8 semanas. La asignación de valor (asignación de la propiedad) de los niveles fue de 62825 copias/µL y 419 copias/µL para el nivel más alto y bajo, respectivamente. Finalmente, se realizó la puesta a punto de un método basado en PCR LAMP para la detección de ADN de M. bovis, utilizando el MR obtenido y caracterizado, determinó la sensibilidad del método, la que llego hasta 50 copias/µL. Por otra parte, el método pudo diferenciar de manera específica ADN de M. bovis de otras especies micobacterianas. A futuro, se propondrá el MR de ADN de M. bovis obtenido, para la identificación de M. bovis mediante técnicas de PCR. Por otra parte, la identificación de M. bovis por LAMP puede tener un uso potencial para la detección fácil y a bajo costo de la TBB en pequeños y medianos centros de producción ganadera de nuestro país. (Texto tomado de la fuente)
Variaciones del perfil genómico de virulencia en aislamientos clínicos de Klebsiella pneumoniae productores de carbapenemasas mediante secuenciación de genoma completo (WGS)
(Univerisidad Nacional de Colombia, 2025) Melo Ortiz, Derly Dallana; Barreto Hernandez, Emiliano; Leal Castro, Aura Lucía; Bioinformática
Klebsiella pneumoniae, es un patógeno oportunista asociado a infecciones nosocomiales y comunitarias, representa un desafío clínico debido a su alta virulencia y resistencia antimicrobiana. Este estudio evaluó las variaciones genómicas de 70 aislamientos clínicos de K. pneumoniae productoras de carbapenemasas recolectadas entre 2020 y 2021 en un hospital colombiano, empleando secuenciación de genoma completo (WGS). Los aislamientos fueron obtenidos de diversas fuentes clínicas, predominando sangre (37,14%), orina (30%) y secreciones orotraqueales (14,28%) (Figura 8-1). Las características epidemiológicas revelaron que el 54% de los aislamientos provenían de infecciones intrahospitalarias, con una alta prevalencia en pacientes mayores de 60 años (57%) y una tasa de mortalidad del 40% (Tabla 8-1). El análisis bioinformático identificó 5518 genes en los cromosomas bacterianos, destacando los genes de adherencia, sistemas de secreción (T6SS), mecanismos antifagocíticos (genes del operón capsular), bombas de eflujo y sideróforos básicos como la enterobactina. Asimismo, se detectaron 679 genes en plásmidos, principalmente relacionados con la producción de sideróforos de alta afinidad como la aerobactina y yersiniabactina, así como toxinas genotóxicas como la colibactina. Las divergencias filogenéticas observadas reflejan adaptaciones genéticas que favorecen la colonización en ambientes hospitalarios (Figuras 8-6). La tipificación molecular (MLST) reveló la prevalencia de diversos tipos de secuencia (ST), siendo el ST1082 el más frecuente (43%), seguido por ST236 (11%) y ST258 (10%), este último vinculado a brotes epidémicos y resistencia a carbapenémicos. Además, se identificó un caso del linaje hipervirulento ST23, recientemente alertado por la OMS debido a su capacidad para causar infecciones graves en personas sanas (Figura 8-7). El análisis filogenético mediante ANI permitió identificar cinco clústeres clonales, destacando el clúster 1 como un clado genéticamente distinto, posiblemente adaptado a nichos específicos. Este hallazgo refuerza la necesidad de monitorear linajes emergentes y desarrollar estrategias efectivas de control (Figura 8-8). En conclusión, los resultados subrayan la relevancia de integrar herramientas genómicas para caracterizar factores de virulencia y rastrear la diseminación de cepas de K. pneumoniae. La combinación de resistencia antimicrobiana e hipervirulencia enfatiza la urgencia de enfoques terapéuticos integrales para mitigar el impacto clínico de este patógeno emergente. (Texto tomado de la fuente).
Estudio de la bioprecipitación de plomo mediado por bacterias ureolíticas y su potencial aplicación en suelo agrícola
(Universidad Nacional de Colombia, 2025) Pineda Fernández, Laura Sofía; de Brito Brandão, Pedro Filipe; Grupo de Estudios para la Remediación y Mitigación de Impactos Negativos al Ambiente Germina
El plomo se ha convertido en una problemática ambiental como resultado del aumento en las emisiones por actividades antropogénicas, y representa un riesgo para la salud y el medio ambiente debido a su potencial toxicidad sobre los seres vivos. Para mitigar el impacto negativo que puede tener este metal, recientemente se ha explorado el método de precipitación de carbonatos inducida por microorganismos (MICP) utilizando bacterias ureolíticas para inmovilizar Pb(II) precipitándolo como carbonato poco soluble, reduciendo así su biodisponibilidad para organismos como las plantas en el suelo. Este proyecto tuvo como objetivo evaluar la capacidad de precipitación de carbonatos de bacterias ureolíticas tolerantes al Pb(II) y su desempeño en la inmovilización del metal en suelo agrícola. Los aislados Bacillus sp. 92g2, Serratia sp. 89b, y Serratia sp. 5b fueron seleccionados dada su alta actividad ureolítica y la capacidad de remover más del 90% del Pb(II) en solución. Después de estudiar el aporte de diferentes mecanismos de inmovilización de Pb(II) con estos aislados, se encontró que, para los aislados del género Serratia, la contribución más importante a la remoción total del metal en solución es la biosorción de Pb(II) sobre la biomasa, mientras que para Bacillus sp. 92g2 la contribución más relevante proviene de la coprecipitación del metal con la matriz de carbonatos formada. La capacidad de precipitación de carbonatos fue comprobada para los tres aislados a través del análisis de los precipitados obtenidos, usando las técnicas de IR, DRX y SEM-EDX. Por último, con el ensayo de aplicación en suelo sólo se encontró una disminución del 20% en la fracción intercambiable del metal después de 13 días de haber inoculado Serratia sp. 5b con un medio suplementado con urea y Ca(II), y del 10% después de adicionar solo medio con urea y Ca(II). Sin embargo, esta disminución no se vio reflejada en un aumento en la fracción de Pb(II) unida a carbonatos. Este trabajo permitió determinar que los aislados Bacillus sp. 92g2, Serratia sp. 5b y Serratia sp. 89b tienen una alta capacidad de remoción de Pb(II) en solución a través de mecanismos de biosorción, adsorción, y coprecipitación del metal, aunque bajo las condiciones experimentales trabajadas no resultó efectivo el tratamiento de inmovilización en suelo agrícola (Texto tomado de la fuente).
Identificación de una firma de miRNAs con potencial utilidad como biomarcador para el triaje de mujeres positivas para la infección por el virus del papiloma humano de alto riesgo (VPH-AR)
(Universidad Nacional de Colombia, 2024-10-21) Mejia Guarnizo, Lidy Vannessa; Rodríguez García, Josefa Antonia; Lopez Kleine, Liliana; Trujillo, Clara Esperanza; Instituto Nacional de Cancerología. Grupo de investigación en Biología del Cáncer
El cáncer de cuello uterino (CCU) es el cuarto tipo de cáncer más común en mujeres a nivel mundial y el tercero en países en vías de desarrollo. La infección persistente por el virus del papiloma humano de alto riesgo (VPH-AR) es un factor clave en el desarrollo de neoplasia intraepitelial cervical (NIC) de grados 1 a 3. Aunque la detección de VPH-AR supera a la citología en eficacia, su valor predictivo para NIC2/3 es limitado debido a la naturaleza transitoria de muchas infecciones. Por ello, es crucial encontrar métodos complementarios para mejorar la detección y el diagnóstico. Los microRNAs (miRNAs) se presentan como biomarcadores prometedores por su alteración en diversos cánceres. Nuestro estudio tuvo como objetivo determinar los perfiles de expresión de miARNs en pacientes con lesiones de alto grado (NIC2/3) y bajo grado (SL/NIC1) positivas para VPH- AR, con el fin de identificar una firma molecular que permita diferenciar entre NIC2/3 y NIC1, y evaluar el papel de estos miARNs en la carcinogénesis cervical. Para ello, realizamos un estudio en dos fases. En la fase de descubrimiento, secuenciamos (small RNAseq) muestras de cepillados cervicales de mujeres VPH-AR+ con lesiones de bajo grado (SL/NIC1, n=31) y alto grado (NIC2/3, n=33). Construimos perfiles de expresión diferencial de miARNs y realizamos agrupamientos (clustering) por k-medias, curvas ROC y regresión lineal bivariada para identificar los miARNs con mayor potencial discriminativo. Los estudios de enriquecimiento funcional y el análisis de datos externos (GEO) respaldaron nuestros hallazgos. En la fase de validación, mediante RT-qPCR utilizamos un grupo independiente de 30 muestras para evaluar la capacidad de los miARNs con curvas ROC calculando el AUC de los miRNAs para la detección de NIC2/3. Identificamos 19 miARNs con expresión diferencial significativa. De estos, cuatro (hsa-miR-1271-5p,hsa-miR-9-5p, hsa-miR-501-3p, y hsa-miR-1246) reunieron la mayoría de las características analizadas y se destacó su implicación en la regulación de genes clave en la infección por VPH, lo que sugiere su potencial como biomarcadores para discriminar NIC2/3. Además, se observó que el uso prolongado de anticonceptivos se asoció con un mayor riesgo de NIC2/3. En la fase de validación, tres miARNs (hsa-miR-1271, hsa-miR- 501, y hsa-miR-9-5p) presentaron una expresión significativamente mayor en lesiones NIC2/3 (p < 0.05) y su expresión aumentó con la progresión de la enfermedad (NIC1, NIC2, NIC3). El miARN hsa-miR-501 mostró el mayor AUC (88%) para la detección de NIC2/3, y su combinación con hsa-miR-1271 y hsa-miR-9-5p mejoró la precisión del modelo a un AUC de 94%. Estos resultados, que se correlacionan entre ambas fases del estudio, subrayan el potencial de los miARNs identificados como biomarcadores prometedores para el tamizaje de lesiones cervicales preneoplásicas, con implicaciones significativas para su futura aplicación clínica en la detección de la lesión de alto grado y estratificación del riesgo. (Texto tomado de la fuente).

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