Detección y tipificación molecular de Metapneumovirus Aviar en aves comerciales y silvestres de Colombia

Abstract

La industria avícola global, como principal productora de proteína de origen animal, enfrenta desafíos importantes en salud y producción debido a la alta densidad de aves alojadas y los riesgos asociados con enfermedades. Uno de los principales problemas es el Complejo Respiratorio Aviar (CRA), una afección multifactorial que involucra patógenos como el Metapneumovirus Aviar (aMPV), el cual es frecuentemente subdiagnosticado en múltiples regiones del mundo. El virus tiene la capacidad de afectar principalmente aves comerciales, mientras que las aves silvestres se consideran reservorios y vectores del mismo. Este estudio tuvo como objetivo identificar la presencia y el subtipo de aMPV en muestras de aves comerciales y silvestres en Colombia. Se recolectaron 273 muestras que incluían hisopos de las vías respiratorias superiores y del tracto reproductivo, tanto de aves comerciales como silvestres. En primera instancia se empleó un protocolo de RT- PCR convencional para identificar el gen N del virus en las muestras. En la segunda fase utilizó un protocolo de RT-PCR anidada dirigida al gen G, lo que permitió detectar el subtipo B de aMPV en 23 muestras (8.42%). La región amplificada y secuenciada del gen G mostró una alta similitud genética con cepas vacunales, clasificando todos los virus como 'vaccine-like' o derivados de vacuna. Sin embargo, la secuenciación del gen G completo o del genoma completo (WGS) ofrecería una comprensión más integral de la identidad de las cepas detectadas. En aves comerciales, aMPV-B se identificó en 21 muestras, independientemente de la presencia de síntomas o posibles comorbilidades, y en pruebas solicitadas para detectar otros agentes del CRA, lo que indica una posible falta de información específica sobre su prevalencia y añade complejidad al diagnóstico, debido a las dificultades para diferenciarlo de otras infecciones. En aves silvestres, dos muestras dieron positivo, indicando una posible circulación entre aves silvestres y domésticas. Estos resultados resaltan la importancia de implementar estrategias diagnósticas y de investigar al aMPV y su impacto en la salud aviar. Este estudio, por lo tanto, sienta las bases para futuras investigaciones y acciones de control que contribuirán a mejorar la salud avícola y la conservación de especies silvestres en Colombia (Texto tomado de la fuente).

The global poultry industry, as the leading producer of animal-derived protein, faces significant health and production challenges due to the high density of housed birds and the risks associated with diseases. One of the main issues is the Avian Respiratory Complex (ARC), a multifactorial condition involving pathogens such as Avian Metapneumovirus (aMPV), a frequently underdiagnosed agent in various regions worldwide. The virus primarily affects commercial birds, while wild birds are considered reservoirs and vectors of the virus. This study aimed to identify the presence and subtype of aMPV in samples from both commercial and wild birds in Colombia. A total of 273 samples were collected, including swabs from the upper respiratory tract and reproductive tract from both commercial and wild birds. A 2-phase detection and typing strategy was employed. In the first phase, conventional RT-PCR was used to identify the N gene of the virus in the samples. Then, in the second phase, a nested RT-PCR protocol targeting the G gene was used, allowing the detection of the aMPV subtype B in 23 samples (8.42%). The amplified and sequenced region of the G gene showed high genetic similarity to vaccine strains, classifying all viruses as 'vaccine-like' or vaccine-derived. However, amplifying the full G gene or conducting whole genome sequencing would provide a more comprehensive understanding of the identity of the detected strains. In commercial birds, aMPV-B was identified in 21 samples, regardless of the presence of symptoms or possible comorbidities, and in tests requested to detect other ARC agents, suggesting a potential lack of specific information regarding its prevalence and adding complexity to the diagnosis due to difficulties in distinguishing it from other infections. In wild birds, two samples tested positive, indicating possible circulation between wild and domestic birds. These findings highlight the importance of implementing diagnostic strategies and further investigating aMPV and its impact on avian health. This study, therefore, lays the groundwork for future research and control measures that will contribute to improving poultry health and the conservation of wild species in Colombia.