Análisis metagenómico de leche de bovinos con sospecha de tuberculosis o brucelosis bovina en pequeños centros de producción de la región Sumapaz, Colombia

Abstract

La industria láctea es una de las principales actividades económicas pecuarias de la región del Sumapaz pero no se cuenta con las medidas higiénicas necesarias, representando un riesgo de contaminación en productos lácteos con diferentes contaminantes como bacterias patógenas, entre estas B. abortus y M. bovis, causantes de enfermedades zoonóticas que aún siguen siendo de seguimiento en salud pública en el país, la brucelosis y la tuberculosis bovina (TBB). Como solución, se ha generalizado el uso indiscriminado de antibióticos para controlar la salud animal, aumentando la Resistencia a Antimicrobianos (RAM). El objetivo del presente trabajo fue identificar la contaminación bacteriana y la presencia de genes de resistencia (ARG) en muestras de leche y derivados de bovinos con sospecha de tuberculosis o brucelosis bovina en pequeños centros de producción de la región del Sumapaz. Para esto, se eligieron 5 rutas que acoplan leche de un promedio de 60 productores de aproximadamente 12 veredas del municipio de Fusagasugá, Cundinamarca. Se estandarizó un protocolo de extracción de ADN para detección de patógenos por PCR y secuenciación por medio de un análisis metagenómico utilizando un enfoque metagenómico de escopeta y la plataforma Illumina®. Se encontró que las muestras estuvieron libres de B. abortus, sin embargo, se detectó una abundancia relativa baja (0.003%) de M. tuberculosis en todas las muestras, sugiriendo la presencia de M. bovis. Se detectaron otras especies patógenas principalmente de la familia Enterobacteriaceae y se evidenció la presencia de genes de resistencias en todas las muestras estudiadas, involucrados en la resistencia a fármacos y biocidas mediados por bombas de eflujo e inhibidores de betalactámicos. En conclusión, estos productos lácteos no son seguros y es necesario implementar más medidas de control en la región que permitan disminuir la contaminación en la leche (Texto tomado de la fuente).

The dairy industry is one of the main livestock economic activities in the Sumapaz region, but the necessary hygienic measures are not available, representing a risk of contamination in dairy products with different contaminants such as pathogenic bacteria, including B. abortus and M. bovis. , causing zoonotic diseases that are still being monitored in public health in the country, brucellosis and bovine tuberculosis (TBB). As a solution, the indiscriminate use of antibiotics to control animal health has been evidenced, increasing Antimicrobial Resistance (AMR). The objective of this work was to identify bacterial contamination and the presence of resistance genes (ARG) in samples of milk and derivatives from bovines with suspected bovine tuberculosis or brucellosis in small production centers in the Sumapaz region. For this, 5 routes were chosen that bring milk from an average of 60 producers from approximately 12 villages in the municipality of Fusagasugá, Cundinamarca. A DNA extraction protocol was standardized for PCR detection and sequencing by metagenomic analysis using a shotgun metagenomic approach and the Illumina® platform. The samples were found to be free of B. abortus, however, a low relative abundance (0.003%) of M. tuberculosis was detected in all samples, suggesting the presence of M. bovis. Other pathogenic species were detected, mainly from the Enterobacteriaceae family, and the presence of resistance genes was evident in all the samples studied, involved in resistance to drugs and biocides mediated by efflux pumps and beta-lactam inhibitors. In conclusion, these dairy products are not safe and it is necessary to implement more control measures in the region to reduce contamination in milk (Texto tomado de la fuente).